More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1194 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  100 
 
 		 284 aa  583  1.0000000000000001e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.9 
 
 		 585 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.9 
 
 		 585 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  48.32 
 
 		 584 aa  232  5e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.32 
 
 		 583 aa  232  5e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.9 
 
 		 585 aa  232  6e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.32 
 
 		 583 aa  232  6e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.32 
 
 		 584 aa  232  6e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.9 
 
 		 585 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.9 
 
 		 584 aa  230  2e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.09 
 
 		 581 aa  229  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  46.86 
 
 		 584 aa  229  4e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.46 
 
 		 590 aa  223  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  46.58 
 
 		 582 aa  222  7e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.61 
 
 		 580 aa  222  7e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  46.15 
 
 		 601 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.81 
 
 		 572 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.76 
 
 		 584 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  44.87 
 
 		 409 aa  218  8.999999999999998e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.65 
 
 		 596 aa  216  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  42.8 
 
 		 590 aa  216  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  46.32 
 
 		 357 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  45.89 
 
 		 379 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  45.06 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  43.64 
 
 		 590 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.33 
 
 		 606 aa  204  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.7 
 
 		 605 aa  204  1e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  42.42 
 
 		 592 aa  203  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.4 
 
 		 590 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.59 
 
 		 632 aa  190  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.87 
 
 		 599 aa  177  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.13 
 
 		 611 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.6 
 
 		 883 aa  169  4e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.93 
 
 		 797 aa  168  9e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.56 
 
 		 615 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.62 
 
 		 613 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.62 
 
 		 613 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 		 612 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.19 
 
 		 766 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  35.44 
 
 		 475 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.62 
 
 		 612 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.62 
 
 		 612 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 		 773 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.75 
 
 		 753 aa  162  7e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.13 
 
 		 598 aa  161  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.71 
 
 		 637 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  34.62 
 
 		 254 aa  159  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.25 
 
 		 610 aa  160  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.55 
 
 		 633 aa  160  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.91 
 
 		 613 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.72 
 
 		 786 aa  154  1e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.51 
 
 		 616 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.2 
 
 		 610 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.76 
 
 		 587 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.89 
 
 		 627 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.37 
 
 		 616 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  34.31 
 
 		 351 aa  147  3e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.91 
 
 		 613 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  34.47 
 
 		 437 aa  144  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.04 
 
 		 594 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.04 
 
 		 594 aa  143  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.4 
 
 		 599 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.9 
 
 		 734 aa  138  7.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  32.89 
 
 		 239 aa  136  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.15 
 
 		 859 aa  135  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0136706  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 		 254 aa  135  6.0000000000000005e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  31.08 
 
 		 255 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  32.17 
 
 		 256 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  34.25 
 
 		 266 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  31.8 
 
 		 367 aa  132  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  31.6 
 
 		 360 aa  130  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  31.6 
 
 		 362 aa  131  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 		 332 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0563  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.47 
 
 		 846 aa  130  3e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  33.92 
 
 		 259 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 864 aa  129  7.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  32.6 
 
 		 256 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.17 
 
 		 1158 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  37.1 
 
 		 362 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  34.09 
 
 		 257 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  33.03 
 
 		 603 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  31.22 
 
 		 257 aa  126  5e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 		 416 aa  125  6e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  34.14 
 
 		 371 aa  125  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0836  diguanylate phosphodiesterase  32.22 
 
 		 252 aa  125  9e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.861332  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  32.43 
 
 		 252 aa  124  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  31.51 
 
 		 410 aa  124  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  32.05 
 
 		 340 aa  123  4e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  32.42 
 
 		 258 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  30.96 
 
 		 413 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  30.83 
 
 		 409 aa  122  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  32.89 
 
 		 283 aa  122  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  32.42 
 
 		 258 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  32.26 
 
 		 447 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.17 
 
 		 848 aa  121  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.2 
 
 		 676 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  30.14 
 
 		 259 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  32 
 
 		 265 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  30.43 
 
 		 257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  32.92 
 
 		 406 aa  119  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.252984 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>