More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1183 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1183  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  622  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2018  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 292 aa  338  8e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.132801  normal  0.140237 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1367  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 302 aa  291  8e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2334  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 291 aa  286  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0654  regulatory protein, LysR  49.66 
 
 		 299 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.480101 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0321  transcriptional regulator LysR family  48.96 
 
 		 294 aa  275  6e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.916325  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4556  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 292 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230121  normal  0.746697 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3484  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 292 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.5787  normal  0.103031 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5852  LysR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 309 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4035  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 299 aa  259  4e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647876 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1379  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 295 aa  259  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1260  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 292 aa  254  9e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5661  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.145828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00909  transcriptional regulator LysR family  45.14 
 
 		 296 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0474149  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2888  transcriptional regulator, LysR family  46.74 
 
 		 293 aa  242  5e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0176531 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3403  transcriptional regulator, LysR family  45.49 
 
 		 292 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0831  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 303 aa  232  6e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0434505  normal  0.363474 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3798  LysR family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 301 aa  232  7.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0213693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0995  transcriptional regulator  43.45 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1440  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3633  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000486892 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2094  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0347604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3458  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3867  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0459798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2991  transcriptional regulator, LysR family  32.61 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0194845  normal  0.0299844 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2689  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 300 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.876751  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2422  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.57 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.727626  normal  0.292199 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3265  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000583732 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0005  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000472408 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2067  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 298 aa  148  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.016585 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1110  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1718  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3443  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3405  transcriptional regulator, LysR family  32.61 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3529  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 297 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589302  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3860  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0575  transcriptional activator NhaR  30.63 
 
 		 313 aa  142  5e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000414941  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5521  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 295 aa  143  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.0878172 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0315  transcriptional activator protein NhaR  31.94 
 
 		 301 aa  143  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0037078  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3133  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 308 aa  142  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0292  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2444  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3707  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4489  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 292 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0808  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.461181 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3463  transcriptional activator NhaR  32.65 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0794  transcriptional activator NhaR  32.65 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000965689  normal  0.230148 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3591  transcriptional activator NhaR  32.65 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000348545  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3167  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000877646  normal  0.0154692 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1027  transcriptional activator NhaR  31.62 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2751  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1134  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.328516  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2907  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4462  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0605302 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1044  transcriptional activator NhaR  31.96 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0870  transcriptional activator NhaR  32.3 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3182  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.574811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3656  transcriptional activator NhaR  31.29 
 
 		 317 aa  136  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.231756  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0695  transcriptional activator NhaR  31.88 
 
 		 297 aa  136  6.0000000000000005e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000192027  normal  0.0162728 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1233  transcriptional activator NhaR  32.53 
 
 		 302 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.498359  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0581  transcriptional activator NhaR  30.72 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000122436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2804  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000208854 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2604  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.704513 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1268  transcriptional activator NhaR  30.43 
 
 		 311 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0610  transcriptional regulator, LysR family  29.71 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1191  transcriptional activator NhaR  30.82 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2017  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3250  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1235  transcriptional activator NhaR  30.82 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00019  DNA-binding transcriptional activator  30.61 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.537169  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0018  transcriptional activator NhaR  30.61 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00020  hypothetical protein  30.61 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.592554  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0018  transcriptional activator NhaR  30.61 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.278045  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3577  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000233722  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0017  transcriptional activator NhaR  30.72 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0020  transcriptional activator NhaR  30.72 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000511976  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0020  transcriptional activator NhaR  30.72 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0536334  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3637  transcriptional activator NhaR  30.61 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1149  transcriptional activator NhaR  30.93 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.291866  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1138  transcriptional activator NhaR  30.58 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.823681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1861  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3036  transcriptional activator NhaR  31.27 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.440521 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3122  transcriptional activator NhaR  30.93 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.896078  normal  0.207163 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1338  transcriptional activator NhaR  30.93 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2858  transcriptional activator NhaR  30.93 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2940  transcriptional activator NhaR  30.93 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1946  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.652063  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0209  transcriptional activator NhaR  32.19 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000105029  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0044  transcriptional activator NhaR  30.69 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0045  transcriptional activator NhaR  30.58 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.87006  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0043  transcriptional activator NhaR  30.58 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.73078  hitchhiker  0.00860797 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3850  transcriptional activator NhaR  31.76 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0044  transcriptional activator NhaR  30.69 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.491871  normal  0.174595 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3124  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.381105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0045  transcriptional activator NhaR  30.58 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2776  transcriptional activator NhaR  30.8 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3348  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 293 aa  130  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0584  transcriptional activator NhaR  29.35 
 
 		 295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0017275  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2939  transcriptional activator NhaR  31.27 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4158  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 309 aa  129  9.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>