More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0979 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0979  GGDEF family protein  100 
 
 		 667 aa  1370    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02383  response regulator  30.23 
 
 		 655 aa  301  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003400  GGDEF family protein  31.48 
 
 		 657 aa  290  5.0000000000000004e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00535181  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2347  hypothetical protein  24.13 
 
 		 382 aa  100  8e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  24.05 
 
 		 684 aa  90.9  7e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  23.87 
 
 		 628 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05578  hypothetical protein  27.27 
 
 		 650 aa  81.6  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  23.96 
 
 		 610 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  23.19 
 
 		 650 aa  77  0.0000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1602  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.09 
 
 		 418 aa  74.7  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2348  putative membrane associated GGDEF protein  25.28 
 
 		 260 aa  74.7  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  25.6 
 
 		 592 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0467  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.12 
 
 		 1263 aa  74.3  0.000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  22.24 
 
 		 593 aa  74.3  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 547 aa  73.2  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  23.4 
 
 		 628 aa  73.6  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  23.94 
 
 		 631 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.57 
 
 		 1021 aa  72.8  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2597  hypothetical protein  27.36 
 
 		 1238 aa  72.8  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0183256  normal  0.576788 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  30.33 
 
 		 977 aa  72.8  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  24.55 
 
 		 622 aa  72  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  23.53 
 
 		 636 aa  71.6  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  25.59 
 
 		 485 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  28.49 
 
 		 361 aa  71.2  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  24.75 
 
 		 621 aa  70.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  24.39 
 
 		 585 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2328  diguanylate cyclase  27.87 
 
 		 347 aa  70.5  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 459 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  29.88 
 
 		 661 aa  69.7  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  33.59 
 
 		 251 aa  69.3  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 257 aa  68.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 260 aa  68.9  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  26.58 
 
 		 426 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 257 aa  68.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 366 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0513  membrane associated GGDEF protein  27.92 
 
 		 446 aa  68.6  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  33.57 
 
 		 1004 aa  68.6  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03282  hypothetical FOG: GGDEF domain protein  20.82 
 
 		 712 aa  68.2  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  22.49 
 
 		 646 aa  67.4  0.0000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  22.49 
 
 		 646 aa  67.4  0.0000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  23.35 
 
 		 646 aa  67  0.0000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  30.99 
 
 		 358 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  26.85 
 
 		 532 aa  67  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0963  hypothetical protein  30.34 
 
 		 1550 aa  67  0.000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.424465 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3193  diguanylate cyclase  23.68 
 
 		 627 aa  67  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.17 
 
 		 728 aa  67  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  29.05 
 
 		 554 aa  67  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4871  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.1 
 
 		 636 aa  66.6  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 382 aa  66.2  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02711  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.17 
 
 		 605 aa  65.5  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.407326  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  28.04 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 559 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  29.44 
 
 		 1099 aa  65.1  0.000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.71 
 
 		 668 aa  65.1  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 342 aa  65.1  0.000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0841  GGDEF family protein  36.05 
 
 		 372 aa  64.7  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214515  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.71 
 
 		 668 aa  64.7  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0340  diguanylate cyclase  28.22 
 
 		 428 aa  65.1  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2535  GGDEF  37.93 
 
 		 350 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.388449  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 632 aa  64.3  0.000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  22.06 
 
 		 581 aa  63.9  0.000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  28.3 
 
 		 443 aa  64.3  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0190  cyclic nucleotide-binding protein  34.56 
 
 		 346 aa  63.9  0.000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0274907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3175  sensory box protein  32.81 
 
 		 627 aa  63.9  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  22.94 
 
 		 589 aa  63.9  0.000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  30.51 
 
 		 517 aa  63.9  0.000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2704  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.63 
 
 		 494 aa  63.9  0.000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0570321  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 485 aa  63.9  0.000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01192  hypothetical protein  22.86 
 
 		 761 aa  63.9  0.000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.69 
 
 		 789 aa  63.5  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  24.19 
 
 		 474 aa  63.9  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  25.81 
 
 		 490 aa  63.2  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2807  GGDEF domain protein  34.09 
 
 		 385 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.685296  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  25.18 
 
 		 599 aa  63.5  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  28.18 
 
 		 360 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2653  diguanylate cyclase  27.06 
 
 		 397 aa  63.2  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.170151 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  24.53 
 
 		 575 aa  63.5  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.82 
 
 		 463 aa  63.2  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3627  signal transduction protein  36.78 
 
 		 709 aa  63.5  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 496 aa  63.9  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  23.33 
 
 		 625 aa  63.2  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2797  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 494 aa  62.8  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129294  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  30.08 
 
 		 485 aa  62.8  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2866  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 401 aa  62.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.692442 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2890  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 494 aa  62.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00707629  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.98 
 
 		 463 aa  62.8  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.52 
 
 		 796 aa  62.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3982  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.16 
 
 		 464 aa  63.2  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.679076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  23.13 
 
 		 642 aa  62  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  22.92 
 
 		 581 aa  62  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 642 aa  62  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  29.47 
 
 		 345 aa  62  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  26.88 
 
 		 353 aa  62  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  25.75 
 
 		 560 aa  62.4  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.76 
 
 		 991 aa  62  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  27.98 
 
 		 1079 aa  62.4  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 485 aa  62  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  22.92 
 
 		 581 aa  62  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  22.92 
 
 		 581 aa  62  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  28.95 
 
 		 523 aa  62.4  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>