More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0926 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  100 
 
 
513 aa  1053    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  61.36 
 
 
515 aa  647    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  74.66 
 
 
514 aa  803    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  73.88 
 
 
514 aa  801    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  54.37 
 
 
523 aa  573  1.0000000000000001e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  53.31 
 
 
522 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  53.31 
 
 
522 aa  560  1e-158  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.14 
 
 
536 aa  552  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.43 
 
 
525 aa  550  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  53.68 
 
 
522 aa  551  1e-155  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.43 
 
 
525 aa  550  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.23 
 
 
525 aa  547  1e-154  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.82 
 
 
513 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.82 
 
 
513 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.82 
 
 
513 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.82 
 
 
513 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.82 
 
 
513 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.43 
 
 
513 aa  533  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.43 
 
 
513 aa  532  1e-150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  52.23 
 
 
513 aa  531  1e-149  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  52.23 
 
 
513 aa  531  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  52.23 
 
 
513 aa  531  1e-149  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.23 
 
 
513 aa  531  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.23 
 
 
513 aa  531  1e-149  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.23 
 
 
513 aa  531  1e-149  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  51.46 
 
 
514 aa  526  1e-148  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  52.04 
 
 
513 aa  526  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  48.25 
 
 
518 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  46.83 
 
 
518 aa  474  1e-132  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  42.2 
 
 
516 aa  432  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  42.75 
 
 
512 aa  429  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  42.33 
 
 
512 aa  429  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  42 
 
 
512 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  41.89 
 
 
512 aa  422  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  42.86 
 
 
512 aa  423  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  41.7 
 
 
512 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  41.7 
 
 
512 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  41.7 
 
 
512 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  42.14 
 
 
514 aa  421  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  41.7 
 
 
512 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  40.93 
 
 
512 aa  419  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  41.39 
 
 
512 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  41.75 
 
 
513 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  41.59 
 
 
512 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  41.59 
 
 
512 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  41.2 
 
 
512 aa  413  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  40.23 
 
 
520 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  40.04 
 
 
517 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  40.62 
 
 
519 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  40.62 
 
 
519 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  41.28 
 
 
505 aa  385  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  40.23 
 
 
519 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  40.23 
 
 
519 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  40.47 
 
 
515 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  40.19 
 
 
519 aa  375  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  38.88 
 
 
521 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  39.49 
 
 
502 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  38.21 
 
 
525 aa  354  2e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  39.42 
 
 
506 aa  352  1e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  38.49 
 
 
511 aa  348  9e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  38.3 
 
 
511 aa  347  3e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  38.61 
 
 
531 aa  347  4e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  38.72 
 
 
502 aa  345  8e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  38.57 
 
 
502 aa  345  8e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  38.57 
 
 
502 aa  345  8.999999999999999e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  38.52 
 
 
502 aa  344  2e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  38.18 
 
 
502 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  37.69 
 
 
510 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.07 
 
 
532 aa  317  3e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.85 
 
 
540 aa  281  2e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.03 
 
 
541 aa  273  4.0000000000000004e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  32.57 
 
 
527 aa  271  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  45.11 
 
 
313 aa  268  2e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  32.71 
 
 
525 aa  258  2e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  34.13 
 
 
668 aa  258  2e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.12 
 
 
668 aa  258  2e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.61 
 
 
525 aa  253  7e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.32 
 
 
539 aa  249  1e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.18 
 
 
495 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.06 
 
 
582 aa  243  6e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.81 
 
 
577 aa  242  1e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  38.46 
 
 
698 aa  241  2e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  33.18 
 
 
591 aa  240  4e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2250  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.18 
 
 
571 aa  240  5e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.28606  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.73 
 
 
532 aa  240  5.999999999999999e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.17 
 
 
710 aa  237  3e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.18 
 
 
544 aa  234  3e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.96 
 
 
636 aa  234  4.0000000000000004e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2305  putative sigma54 specific transcriptional regulator  32.42 
 
 
601 aa  233  7.000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.89 
 
 
467 aa  233  9e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0446  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.56 
 
 
481 aa  232  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0399  putative PAS/PAC sensor protein  36.56 
 
 
695 aa  231  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1360  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.13 
 
 
525 aa  231  2e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  36.31 
 
 
696 aa  231  3e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0445  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.24 
 
 
481 aa  230  4e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.27 
 
 
604 aa  230  4e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2158  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.31 
 
 
453 aa  230  5e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.37 
 
 
469 aa  230  6e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.63 
 
 
463 aa  229  6e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.37 
 
 
469 aa  230  6e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>