114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0789 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0648  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 
245 aa  513  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.19  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0789  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 
245 aa  513  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000234402  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  74.6 
 
 
248 aa  393  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  43.29 
 
 
240 aa  176  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  37 
 
 
247 aa  148  8e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  36.56 
 
 
247 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  33.93 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  32.84 
 
 
215 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  26.02 
 
 
264 aa  98.2  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  29.44 
 
 
243 aa  96.3  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  27.59 
 
 
264 aa  95.5  7e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  32.41 
 
 
219 aa  94.4  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  28.76 
 
 
235 aa  87.4  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  28.76 
 
 
230 aa  84  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  29.5 
 
 
227 aa  83.6  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  29.02 
 
 
230 aa  82  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  28.04 
 
 
212 aa  80.9  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  35.82 
 
 
233 aa  80.1  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1094  putative phage repressor  26.91 
 
 
249 aa  79.3  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2959  prophage MuMc02, S24 family peptidase  31.21 
 
 
193 aa  78.6  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0617  putative phage repressor  28.51 
 
 
244 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  27.7 
 
 
248 aa  75.9  0.0000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  33.33 
 
 
261 aa  75.9  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  35.09 
 
 
233 aa  74.7  0.000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1980  transcriptional regulator, putative  26.98 
 
 
219 aa  73.6  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00751555  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1643  repressor protein, putative  27.27 
 
 
289 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.102671  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1192  putative phage repressor  31.88 
 
 
252 aa  71.6  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  24.09 
 
 
225 aa  71.2  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2128  putative phage repressor  31.18 
 
 
231 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1272  putative phage repressor  31.18 
 
 
263 aa  70.1  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343387  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4113  putative phage repressor  34.21 
 
 
216 aa  70.1  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0271974  hitchhiker  0.00000000858644 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  36.67 
 
 
234 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267835  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1413  putative phage repressor  31.39 
 
 
216 aa  68.9  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0602324  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1024  phage repressor  25.96 
 
 
265 aa  68.6  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.277837  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0717  phage repressor  26.61 
 
 
239 aa  68.6  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2178  putative phage repressor  32.68 
 
 
213 aa  68.6  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0386181  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  29.55 
 
 
251 aa  68.2  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0370  putative transcriptional regulator  28.26 
 
 
210 aa  67.4  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128546  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0998  putative phage repressor  26.15 
 
 
284 aa  67  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891083  hitchhiker  0.000269405 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0710  putative phage repressor  23.31 
 
 
238 aa  66.2  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1158  transcriptional regulator, putative  31.25 
 
 
270 aa  65.9  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  31.33 
 
 
292 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2378  bacteriophage CI repressor  46.67 
 
 
209 aa  64.7  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00068987  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  26.15 
 
 
222 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000799679  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1669  helix-turn-helix domain protein  43.06 
 
 
163 aa  64.7  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1326  putative phage repressor  27.91 
 
 
204 aa  64.7  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  30.5 
 
 
204 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4131  putative phage repressor  32.28 
 
 
273 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.362406 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1065  putative phage repressor  23.81 
 
 
209 aa  60.8  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.518416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0641  putative phage repressor  31.72 
 
 
263 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  26.63 
 
 
205 aa  60.1  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0189  putative phage repressor  26.81 
 
 
211 aa  58.9  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4549  putative phage repressor  27.27 
 
 
231 aa  58.5  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  29.32 
 
 
229 aa  57.8  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1096  putative phage repressor  29.19 
 
 
219 aa  58.2  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0889323  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  27.14 
 
 
236 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000205761 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4500  putative phage repressor  24.11 
 
 
234 aa  56.6  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.145923 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3589  putative phage repressor  27.78 
 
 
225 aa  56.6  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00136688  hitchhiker  0.00299337 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  32.06 
 
 
216 aa  56.6  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  23.61 
 
 
209 aa  56.2  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0232  putative phage repressor  35.71 
 
 
222 aa  55.8  0.0000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  27.93 
 
 
229 aa  55.5  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2034  putative phage repressor  23.83 
 
 
214 aa  54.7  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00109753  normal  0.0598759 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000476  hypothetical protein  42.25 
 
 
137 aa  54.3  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2620  putative phage repressor  32.26 
 
 
144 aa  53.9  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0332689 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  24.2 
 
 
239 aa  54.3  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06231  hypothetical protein  42.25 
 
 
139 aa  54.3  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  29.41 
 
 
229 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  29.41 
 
 
229 aa  53.5  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1409  putative phage repressor  29.15 
 
 
210 aa  53.1  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0696097  normal  0.123244 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1619  putative phage repressor  25.96 
 
 
237 aa  52.8  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0134521  normal 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  31.06 
 
 
231 aa  52  0.000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  25.11 
 
 
270 aa  52  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1549  Cro/CI family transcriptional regulator  33.04 
 
 
283 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188053 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  26.32 
 
 
256 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0889  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  33.09 
 
 
219 aa  50.4  0.00003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  26.63 
 
 
233 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1183  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  27.04 
 
 
217 aa  49.7  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.186199 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2330  putative phage repressor  24.12 
 
 
302 aa  50.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.965048  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  26.63 
 
 
233 aa  49.7  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0569  phage repressor protein, putative  32.26 
 
 
244 aa  49.3  0.00005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.251206  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  27.5 
 
 
233 aa  49.7  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  34.52 
 
 
214 aa  49.3  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  25.79 
 
 
256 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0818  transcriptional regulator  22.17 
 
 
211 aa  47.8  0.0001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.051861  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1013  DNA-binding protein  21.7 
 
 
203 aa  48.5  0.0001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.149474  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2335  putative phage repressor  30.56 
 
 
245 aa  47.4  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  unclonable  0.0000000160936 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1866  LexA repressor  26 
 
 
225 aa  47.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.306175  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0780  putative phage repressor  24.16 
 
 
240 aa  47.4  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00131571  decreased coverage  0.000230988 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  28 
 
 
240 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3211  putative phage repressor  32.98 
 
 
248 aa  47.4  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.02032 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0218  hypothetical protein  31.4 
 
 
187 aa  47.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.201268  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2543  putative phage repressor  28.23 
 
 
289 aa  47  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1939  LexA repressor  30.87 
 
 
201 aa  47  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269028  normal  0.116637 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1648  putative phage repressor  25.45 
 
 
230 aa  46.6  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00656681  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1124  putative phage repressor protein  31.18 
 
 
239 aa  47  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000298454  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0316  putative phage repressor protein  30.93 
 
 
244 aa  46.6  0.0004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00907838  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  22.44 
 
 
200 aa  45.4  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1020  LexA family transcriptional regulator  30.83 
 
 
201 aa  44.7  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  33.33 
 
 
264 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>