More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0131 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00148  penicillin-binding protein 1b  51.02 
 
 
841 aa  715    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3453  penicillin-binding protein 1B  51.02 
 
 
844 aa  711    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.9649  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3685  penicillin-binding protein 1B  47.93 
 
 
774 aa  695    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3334  penicillin-binding protein 1b  50.76 
 
 
826 aa  758    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0656  penicillin-binding protein 1B  46.6 
 
 
779 aa  679    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0633  penicillin-binding protein 1B  47.06 
 
 
768 aa  684    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3463  penicillin-binding protein 1b  50.89 
 
 
826 aa  759    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.995661  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0153  penicillin-binding protein 1b  51.02 
 
 
844 aa  710    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.267501  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0160  penicillin-binding protein 1b  51.16 
 
 
844 aa  713    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03443  hypothetical protein  75 
 
 
796 aa  1226    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3123  penicillin-binding protein 1B  46.73 
 
 
789 aa  684    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000774308 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2971  peptidoglycan glycosyltransferase  46.26 
 
 
779 aa  687    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0131  penicillin-binding protein 1B  100 
 
 
777 aa  1584    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3510  penicillin-binding protein 1b  51.02 
 
 
844 aa  715    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.933967  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1000  penicillin-binding protein 1b  50.89 
 
 
824 aa  759    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0140  penicillin-binding protein 1b  51.02 
 
 
840 aa  711    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2602  penicillin-binding protein transpeptidase  65.2 
 
 
791 aa  1026    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.809187  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3742  penicillin-binding protein 1B  47.93 
 
 
791 aa  695    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0689  penicillin-binding protein 1b  50.07 
 
 
841 aa  718    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.50279 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3894  peptidoglycan glycosyltransferase  47.99 
 
 
787 aa  711    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00147  hypothetical protein  51.02 
 
 
841 aa  715    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002568  multimodular transpeptidase-transglycosylase  74.8 
 
 
790 aa  1220    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3792  penicillin-binding protein 1B  47.11 
 
 
790 aa  687    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.692226  decreased coverage  0.000000907679 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3110  penicillin-binding protein 1b  50.89 
 
 
826 aa  765    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0158  penicillin-binding protein 1b  51.02 
 
 
844 aa  710    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00472  penicillin-binding protein 1B  45.45 
 
 
742 aa  655    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0218  penicillin-binding protein 1b  49.41 
 
 
840 aa  714    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2815  penicillin-binding protein 1b  51.65 
 
 
827 aa  764    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692041  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0225  penicillin-binding protein 1b  49.41 
 
 
840 aa  714    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3164  penicillin-binding protein 1B  47.93 
 
 
768 aa  714    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3981  penicillin-binding protein 1b  52.61 
 
 
836 aa  763    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289458  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0705  penicillin-binding protein 1B  47.4 
 
 
790 aa  701    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.559633  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0206  penicillin-binding protein 1b  49.28 
 
 
840 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0222  penicillin-binding protein 1b  49.28 
 
 
840 aa  712    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3868  penicillin-binding protein 1B  47.93 
 
 
774 aa  695    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0825  penicillin-binding protein 1B  46.53 
 
 
754 aa  669    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.524532  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1168  penicillin-binding protein 1b  50.89 
 
 
826 aa  770    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0624  penicillin-binding protein 1B  46.93 
 
 
764 aa  679    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3406  penicillin-binding protein 1B  46.79 
 
 
764 aa  677    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3270  penicillin-binding protein 1B  46.63 
 
 
766 aa  714    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1036  penicillin-binding protein 1b  51.49 
 
 
833 aa  767    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.970019  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0152  penicillin-binding protein 1b  51.02 
 
 
844 aa  710    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.94433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0583  penicillin-binding protein 1B  47.93 
 
 
774 aa  695    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0207  penicillin-binding protein 1b  49.41 
 
 
840 aa  714    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0623  penicillin-binding protein 1B  46.66 
 
 
764 aa  676    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.494369 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0489  penicillin-binding protein 1B  43.44 
 
 
781 aa  627  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.290067  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5415  penicillin-binding protein 1B  45.53 
 
 
775 aa  616  1e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62200  penicillin-binding protein 1B  45.25 
 
 
774 aa  617  1e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.379753 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1002  penicillin-binding protein 1B  44.31 
 
 
772 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000067337 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4301  penicillin-binding protein  42.02 
 
 
769 aa  599  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.33062  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4681  penicillin-binding protein 1B  42.01 
 
 
773 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0467702  hitchhiker  0.00000000000605496 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4792  penicillin-binding protein 1B  43.05 
 
 
774 aa  599  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000464587  hitchhiker  0.000389854 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4547  penicillin-binding protein 1B  41.88 
 
 
773 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.428177  hitchhiker  0.00000222687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4683  penicillin-binding protein 1B  41.75 
 
 
773 aa  595  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000305505 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0842  peptidoglycan glycosyltransferase  42.64 
 
 
773 aa  593  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000122469 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42560  penicillin-binding protein 1B  44.43 
 
 
780 aa  592  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0596  penicillin-binding protein 1B  44.69 
 
 
730 aa  592  1e-168  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0751  penicillin-binding protein 1B  41.37 
 
 
773 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288465  hitchhiker  0.0000000000686308 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0977  penicillin-binding protein  42.51 
 
 
773 aa  592  1e-167  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0441683  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1297  penicillin-binding protein 1B  42.91 
 
 
780 aa  585  1e-166  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0650  penicillin-binding protein 1B  42.48 
 
 
830 aa  575  1.0000000000000001e-162  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0679  penicillin-binding protein 1B  43.2 
 
 
772 aa  573  1.0000000000000001e-162  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.963541  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1154  penicillin-binding protein 1B  43.78 
 
 
776 aa  564  1.0000000000000001e-159  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1672  penicillin-binding protein, putative  42.97 
 
 
759 aa  554  1e-156  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0825  Mutator MutT  40.53 
 
 
777 aa  555  1e-156  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00304949  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2557  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1B  41.06 
 
 
778 aa  541  9.999999999999999e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000207966  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1407  penicillin-binding protein 1B  42.68 
 
 
748 aa  526  1e-148  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0297434  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1620  penicillin-binding protein 1B  40.67 
 
 
881 aa  515  1e-144  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000878907  unclonable  0.000000000879141 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1468  penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein  38.73 
 
 
827 aa  511  1e-143  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.614381  unclonable  0.0000024056 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1646  penicillin-binding protein 1B  38.73 
 
 
827 aa  509  1e-143  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.201466  hitchhiker  0.00102238 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2163  penicillin-binding protein 1B  40.03 
 
 
732 aa  499  1e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1239  peptidoglycan glycosyltransferase  37.5 
 
 
766 aa  455  1.0000000000000001e-126  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.191968  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3095  penicillin-binding protein 1B  38.29 
 
 
813 aa  454  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.911918 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01595  penicillin-binding protein 1B  38.48 
 
 
814 aa  452  1e-125  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1899  penicillin-binding protein 1B  36.05 
 
 
792 aa  444  1e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1965  peptidoglycan glycosyltransferase  36.35 
 
 
792 aa  439  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0290  1A family penicillin-binding protein  35.35 
 
 
757 aa  416  9.999999999999999e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0908  1A family penicillin-binding protein  32.34 
 
 
766 aa  343  5e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1065  penicillin-binding protein 1A  30.41 
 
 
890 aa  323  6e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.375339  normal  0.670591 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  36.25 
 
 
618 aa  307  4.0000000000000004e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2571  penicillin-binding protein 1A  37.5 
 
 
625 aa  304  3.0000000000000004e-81  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.558946  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0124  penicillin-binding protein 1A  37.36 
 
 
720 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.994879  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  38.11 
 
 
739 aa  301  4e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  35.46 
 
 
734 aa  300  5e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0041  penicillin-binding protein 1A  36.58 
 
 
735 aa  300  6e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  34.99 
 
 
643 aa  300  8e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  34.99 
 
 
643 aa  300  8e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0878  1A family penicillin-binding protein  33.58 
 
 
626 aa  300  8e-80  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.209414  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  35.29 
 
 
734 aa  294  3e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1342  penicillin-binding protein, 1A family  35.87 
 
 
824 aa  295  3e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2868  1A family penicillin-binding protein  38.49 
 
 
669 aa  295  3e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0010427  normal  0.721279 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  35.12 
 
 
732 aa  294  4e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1371  penicillin-binding protein, 1A family  35.87 
 
 
824 aa  293  7e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0926  penicillin-binding protein 1A  34.8 
 
 
640 aa  293  1e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  35.35 
 
 
714 aa  292  1e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0950  penicillin-binding protein 1A  33.89 
 
 
776 aa  290  7e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0897  1A family penicillin-binding protein  36.17 
 
 
691 aa  289  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.376717 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  37.08 
 
 
770 aa  289  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1662  penicillin-binding protein, 1A family  36.51 
 
 
742 aa  289  2e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.460487 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  35.85 
 
 
714 aa  288  2e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>