269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0940 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0940  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
64 aa  127  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.54984e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003714  LSU ribosomal protein L35p  95.31 
 
 
64 aa  123  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.81829e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02081  50S ribosomal protein L35  92.19 
 
 
64 aa  121  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1758  50S ribosomal protein L35  87.5 
 
 
64 aa  117  8e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00368421  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28670  50S ribosomal protein L35  67.21 
 
 
64 aa  79.3  2e-14  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.7021e-09 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2506  50S ribosomal protein L35  67.21 
 
 
64 aa  79.3  2e-14  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.684912  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2220  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  77  7e-14  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.30929e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2328  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  77  7e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  8.25235e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2150  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  77  7e-14  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.91739e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2186  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  77  7e-14  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  7.22256e-05  normal  0.0355999 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2026  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  77  8e-14  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0783263  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1707  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  77  8e-14  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0213276  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2489  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  77  8e-14  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  6.37036e-06  hitchhiker  7.46157e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2016  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  76.3  1e-13  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.10298e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1767  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  75.9  2e-13  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  8.52967e-08  normal  0.0187188 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2045  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  75.5  2e-13  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.99534e-09  hitchhiker  0.00708309 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2051  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  75.9  2e-13  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0770661  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2019  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  75.5  2e-13  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000101706  normal  0.0487659 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1953  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
65 aa  75.9  2e-13  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.215037  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1957  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  75.5  2e-13  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.32572e-07  normal  0.347549 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2301  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  75.5  2e-13  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2030  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  75.1  3e-13  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  7.22543e-05  hitchhiker  2.19314e-05 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2122  50S ribosomal protein L35  60.94 
 
 
64 aa  75.1  3e-13  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.15801e-07  normal  0.0294636 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1933  50S ribosomal protein L35  63.93 
 
 
64 aa  74.7  4e-13  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  7.71602e-05  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2380  ribosomal protein L35  63.93 
 
 
64 aa  74.7  4e-13  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.113129  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2164  50S ribosomal protein L35  63.93 
 
 
64 aa  74.7  4e-13  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  1.05441e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1969  50S ribosomal protein L35  63.93 
 
 
64 aa  74.7  4e-13  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00375988  hitchhiker  0.00635162 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2010  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.800044 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1915  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414534  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1959  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.43205e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1463  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.3269  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1474  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0002542  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1430  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000901433  normal  0.0165189 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1838  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.21921e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1446  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.109072  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2435  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  5.80293e-07  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1925  ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.59648e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01675  hypothetical protein  61.54 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0162765  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1798  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.0614e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01686  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100016  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1890  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  73.9  6e-13  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2261  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
64 aa  73.6  9e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.46297e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2182  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  73.6  9e-13  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0779373  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2217  ribosomal protein L35  58.46 
 
 
94 aa  73.2  1e-12  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000246908  normal  0.126884 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3223  50S ribosomal protein L35  62.3 
 
 
64 aa  72.8  2e-12  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2467  50S ribosomal protein L35  62.3 
 
 
64 aa  72.8  2e-12  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00110477  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3479  50S ribosomal protein L35  62.3 
 
 
64 aa  72.8  2e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0370445  normal  0.0138501 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1714  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  72.8  2e-12  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.06642e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2623  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  72.8  2e-12  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.43878e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1822  50S ribosomal protein L35  61.54 
 
 
65 aa  72.8  2e-12  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  8.37501e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1978  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  72  3e-12  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0378736  normal  0.0703875 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0695  ribosomal protein L35  57.81 
 
 
65 aa  71.6  4e-12  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0980955  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20440  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
64 aa  71.2  5e-12  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.836721  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2146  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 
65 aa  70.9  6e-12  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00145013  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1726  50S ribosomal protein L35  60 
 
 
65 aa  70.5  7e-12  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0353101  normal  0.481897 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1318  ribosomal protein L35  54.69 
 
 
64 aa  70.5  7e-12  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.35652  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2907  ribosomal protein L35  59.02 
 
 
101 aa  69.7  1e-11  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471347  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1452  ribosomal protein L35  52.31 
 
 
65 aa  69.3  1e-11  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.150894  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2612  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  68.9  2e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0594985  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1579  50S ribosomal protein L35  62.3 
 
 
64 aa  69.3  2e-11  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2241  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  68.9  2e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00115942  hitchhiker  0.00480689 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0489  ribosomal protein L35  56.92 
 
 
65 aa  68.2  4e-11  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351657  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1142  50S ribosomal protein L35  56.06 
 
 
65 aa  68.2  4e-11  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.61072e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1009  50S ribosomal protein L35P  58.46 
 
 
65 aa  67.8  5e-11  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0922518  hitchhiker  0.0085078 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1665  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 
65 aa  67.8  5e-11  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1801  50S ribosomal protein L35  54.84 
 
 
64 aa  67.4  7e-11  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00132404  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2318  50S ribosomal protein L35  59.02 
 
 
65 aa  66.6  1e-10  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.44382e-09  normal  0.192028 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1413  50S ribosomal protein L35  53.12 
 
 
65 aa  66.6  1e-10  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.96271e-12  normal  0.451536 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0914  ribosomal protein L35  53.12 
 
 
65 aa  66.2  1e-10  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2595  50S ribosomal protein L35  50.79 
 
 
64 aa  66.2  1e-10  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  5.19025e-07  hitchhiker  0.00116473 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1517  50S ribosomal protein L35  53.12 
 
 
65 aa  66.6  1e-10  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00941946  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2497  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
65 aa  65.9  2e-10  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00340395  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0876  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 
65 aa  65.5  2e-10  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  1.62638e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0766  50S ribosomal protein L35  51.52 
 
 
65 aa  65.1  3e-10  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1998  50S ribosomal protein L35  59.02 
 
 
65 aa  65.1  3e-10  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0506186  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1008  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  65.1  3e-10  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2059  ribosomal protein L35  53.33 
 
 
63 aa  64.7  4e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.617937  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0045  ribosomal protein L35  52.31 
 
 
65 aa  64.3  5e-10  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1886  50S ribosomal protein L35P  53.85 
 
 
67 aa  64.3  6e-10  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101932 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1579  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 
65 aa  63.5  9e-10  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2626  50S ribosomal protein L35  51.56 
 
 
65 aa  62.8  1e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.18579e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2301  50S ribosomal protein L35  59.02 
 
 
65 aa  63.2  1e-09  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000837102  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1373  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  62.8  1e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140505  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1420  ribosomal protein L35  48.44 
 
 
65 aa  63.2  1e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.90106e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1614  50S ribosomal protein L35  51.56 
 
 
64 aa  63.2  1e-09  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  1.48702e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02483  50S ribosomal protein L35  52.31 
 
 
65 aa  62.8  2e-09  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00760288  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0995  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.6  3e-09  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1737  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.6  3e-09  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.713888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0965  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.6  3e-09  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.511335  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1094  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.6  3e-09  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0139822  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2852  50S ribosomal protein L35  53.97 
 
 
67 aa  61.6  3e-09  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0103934 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1556  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.6  3e-09  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1537  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.6  3e-09  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689804  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2754  50S ribosomal protein L35  53.85 
 
 
65 aa  62  3e-09  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.10263  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1401  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.6  3e-09  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158617  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4617  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.6  3e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00520028  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1454  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.6  3e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.190157  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1477  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.6  3e-09  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.567723  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2593  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.6  3e-09  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1892  50S ribosomal protein L35  55.38 
 
 
65 aa  61.6  3e-09  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265203  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>