More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0708 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0708  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
244 aa  511  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  56.09 
 
 
239 aa  290  1e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05966  hypothetical protein  47.44 
 
 
241 aa  249  2e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000229  transcriptional regulator  47.23 
 
 
242 aa  246  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1512  regulatory protein, TetR  34.65 
 
 
246 aa  139  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2889  TetR family transcriptional regulator  44.78 
 
 
216 aa  66.6  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00514184  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2630  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 
205 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0697093  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  35.24 
 
 
227 aa  60.5  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2028  transcriptional regulator, TetR family  42.65 
 
 
194 aa  59.3  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.937171  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1906  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 
193 aa  58.9  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.812491 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3265  TetR family transcriptional regulator  36.56 
 
 
206 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.111309  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 
208 aa  57.8  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0894  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
215 aa  57  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0749762 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1118  regulatory protein TetR  44.83 
 
 
214 aa  57  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 
204 aa  57  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1637  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 
193 aa  57.4  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.890844  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2204  regulatory protein, TetR  33.64 
 
 
235 aa  57  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 
263 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  40.68 
 
 
372 aa  55.5  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13530  transcriptional regulator, TetR family  28 
 
 
186 aa  55.5  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00114254  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2002  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
191 aa  55.5  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0595533  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  28.71 
 
 
235 aa  55.1  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28300  transcriptional regulator  37.5 
 
 
280 aa  55.1  0.0000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  29.46 
 
 
244 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
250 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
213 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2348  transcriptional regulator, TetR family  30.33 
 
 
222 aa  54.3  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0187157  normal  0.0306872 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3581  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
212 aa  53.1  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4432  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
208 aa  53.1  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.21103  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1862  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 
213 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349014  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
226 aa  52.4  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1398  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
191 aa  52.4  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0697  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 
189 aa  52.4  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728261  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9138  putative transcriptional regulator, TetR family  26.44 
 
 
217 aa  52.4  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1558  regulatory protein TetR  30.34 
 
 
220 aa  52  0.000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 
249 aa  52  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  34.57 
 
 
255 aa  52  0.000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  29.61 
 
 
229 aa  52  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1989  transcriptional regulator, TetR family  34.02 
 
 
216 aa  51.6  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1191  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
219 aa  51.2  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00105223  normal  0.516093 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 
291 aa  51.2  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 
218 aa  51.6  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 
198 aa  51.2  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3159  putative transcriptional regulator, TetR family  33.67 
 
 
221 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.251281  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2693  regulatory protein TetR  37.7 
 
 
192 aa  51.6  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0770653  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3567  transcriptional regulator, TetR family  32.48 
 
 
214 aa  51.2  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0477  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
211 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178939  normal  0.0289146 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
233 aa  50.8  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000323068 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
295 aa  50.4  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1027  TetR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
210 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0873  TetR family transcriptional regulator  37.74 
 
 
186 aa  50.8  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
206 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1709  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
224 aa  50.4  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal  0.0301663 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 
196 aa  50.4  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5186  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 
185 aa  50.1  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225373  normal  0.188797 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
229 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2480  TetR family transcriptional regulator  26.76 
 
 
198 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.34 
 
 
215 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4341  putative transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 
210 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.13823  normal  0.831003 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  42 
 
 
208 aa  50.1  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3008  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 
280 aa  50.4  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
210 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  42.42 
 
 
260 aa  50.1  0.00003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3567  TetR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
217 aa  50.1  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0246266  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1289  transcriptional regulator, TetR family  36.92 
 
 
192 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3179  regulatory protein, TetR  32.14 
 
 
215 aa  50.4  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.323857 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  39.34 
 
 
215 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 
215 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1387  TetR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
210 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.649854  normal  0.844436 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  39.34 
 
 
215 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.34 
 
 
215 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0757  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 
210 aa  49.7  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0106421  normal  0.698078 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0260  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 
234 aa  49.7  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4336  TetR family transcriptional regulator  35.06 
 
 
210 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.426629 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11701  hypothetical protein  34.92 
 
 
207 aa  50.1  0.00004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.107847 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.34 
 
 
215 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.34 
 
 
215 aa  50.1  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06539  hypothetical protein  34.65 
 
 
218 aa  50.1  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.34 
 
 
215 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
242 aa  50.1  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  39.34 
 
 
215 aa  50.1  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  35.29 
 
 
224 aa  49.7  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 
223 aa  49.3  0.00005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  32.41 
 
 
203 aa  49.3  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 
192 aa  49.7  0.00005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 
260 aa  49.3  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0477  TetR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
202 aa  49.3  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0336  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 
191 aa  49.7  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.510139 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3710  regulatory protein, TetR  39.19 
 
 
230 aa  49.3  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6563  putative transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 
186 aa  49.3  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0113679 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4091  TetR family transcriptional regulator  42.37 
 
 
222 aa  49.3  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1914  transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 
205 aa  49.3  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  48.89 
 
 
210 aa  49.3  0.00006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2052  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
212 aa  49.3  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634978  normal  0.379689 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1677  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 
288 aa  48.9  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.688428  normal  0.314033 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2395  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 
205 aa  48.9  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.431985  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5561  transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 
196 aa  48.9  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.842065 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23170  transcriptional regulator, TetR family  28.97 
 
 
206 aa  48.9  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.946487  normal  0.100375 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  32.95 
 
 
217 aa  48.9  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 
207 aa  48.9  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>