More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0580 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  647    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  71.48 
 
 		 309 aa  483  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  70.49 
 
 		 307 aa  475  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 310 aa  280  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 		 306 aa  277  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  44.71 
 
 		 306 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 302 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 302 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 304 aa  267  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 307 aa  264  2e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 308 aa  256  3e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  44.19 
 
 		 307 aa  255  6e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  44.26 
 
 		 304 aa  255  7e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 309 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 308 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 308 aa  252  7e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 300 aa  251  1e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.76 
 
 		 307 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  43.58 
 
 		 304 aa  249  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 310 aa  249  4e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 301 aa  248  8e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 319 aa  246  4e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 296 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  42.51 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 299 aa  236  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  40.14 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 307 aa  236  4e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 354 aa  235  7e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 309 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  40.13 
 
 		 319 aa  232  8.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 296 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  37.24 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 323 aa  226  4e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 311 aa  225  6e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  36.9 
 
 		 311 aa  224  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 323 aa  222  7e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.03 
 
 		 311 aa  221  9e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 327 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 327 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 341 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 310 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 310 aa  208  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 310 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 325 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 325 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 320 aa  205  6e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 331 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 324 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 331 aa  199  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 310 aa  199  7e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 303 aa  197  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 362 aa  183  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 300 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 310 aa  179  8e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>