More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0521 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0521  hypothetical protein  100 
 
 		 565 aa  1170    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000178  SgrR sugar-phosphate stress transcriptional activator of SgrS small RNA  65.48 
 
 		 569 aa  785    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.976786  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05812  hypothetical protein  65.43 
 
 		 568 aa  786    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0653  putative extracellular solute-binding protein  39.37 
 
 		 569 aa  447  1.0000000000000001e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0738  transcriptional regulator SgrR  36.77 
 
 		 553 aa  360  4e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3411  transcriptional regulator SgrR  35.58 
 
 		 553 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3540  transcriptional regulator SgrR  35.58 
 
 		 553 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2942  transcriptional regulator SgrR  35.58 
 
 		 553 aa  357  3.9999999999999996e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.940242 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3616  transcriptional regulator SgrR  35.96 
 
 		 552 aa  351  2e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.455862  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3805  transcriptional regulator SgrR  35.66 
 
 		 552 aa  350  4e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0624  transcriptional regulator SgrR  36.99 
 
 		 553 aa  345  1e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172958  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0585  transcriptional regulator SgrR  35.63 
 
 		 555 aa  340  4e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0616  transcriptional regulator SgrR  34.1 
 
 		 551 aa  328  2.0000000000000001e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0296144 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3588  transcriptional regulator SgrR  33.87 
 
 		 551 aa  325  2e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000489241 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0062  transcriptional regulator SgrR  34.22 
 
 		 551 aa  324  2e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0072  transcriptional regulator SgrR  33.87 
 
 		 551 aa  325  2e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0074  transcriptional regulator SgrR  34.22 
 
 		 552 aa  323  4e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.492998 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0076  transcriptional regulator SgrR  34.22 
 
 		 552 aa  323  4e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00071  DNA-binding transcriptional regulator  34.04 
 
 		 551 aa  323  7e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00070  hypothetical protein  34.04 
 
 		 551 aa  323  7e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0074  transcriptional regulator SgrR  33.69 
 
 		 551 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0117  transcriptional regulator SgrR  32.98 
 
 		 552 aa  307  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.947764  normal  0.240994 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0122  transcriptional regulator SgrR  32.98 
 
 		 552 aa  307  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0122  transcriptional regulator SgrR  32.98 
 
 		 552 aa  306  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.40957  decreased coverage  0.00940564 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0118  transcriptional regulator SgrR  33.51 
 
 		 552 aa  306  8.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.217334  normal  0.271533 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0115  transcriptional regulator SgrR  32.98 
 
 		 552 aa  306  9.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4249  HTH-type transcriptional regulator SgrR  31.82 
 
 		 596 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4085  HTH-type transcriptional regulator SgrR  31.93 
 
 		 596 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4191  HTH-type transcriptional regulator SgrR  31.99 
 
 		 596 aa  295  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.415119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4141  HTH-type transcriptional regulator SgrR  31.82 
 
 		 596 aa  293  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4069  HTH-type transcriptional regulator SgrR  31.48 
 
 		 596 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001411  putative transport protein  28.88 
 
 		 585 aa  215  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1253  hypothetical protein  27.63 
 
 		 637 aa  198  3e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00065566  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1103  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 575 aa  189  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000365076 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0496  extracellular solute-binding protein, family 5  26.12 
 
 		 566 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0515  extracellular solute-binding protein, family 5  25.95 
 
 		 566 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0559  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 566 aa  188  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.111824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0505  extracellular solute-binding protein family 5  25.95 
 
 		 566 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.679744  normal  0.144898 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1552  extracellular solute-binding protein  29.26 
 
 		 563 aa  187  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2933  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC-type transport system periplasmic component  26.9 
 
 		 559 aa  183  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000113765 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3226  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 		 567 aa  181  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3084  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  25.65 
 
 		 567 aa  181  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0617058  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3045  hypothetical protein  25.65 
 
 		 567 aa  181  4.999999999999999e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03322  hypothetical protein  26.68 
 
 		 589 aa  176  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06325  hypothetical protein  27.14 
 
 		 536 aa  175  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0522  solute-binding family 5 protein  26.13 
 
 		 566 aa  170  6e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0612149  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00397  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.96 
 
 		 566 aa  169  9e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3187  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 566 aa  169  9e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00401  hypothetical protein  25.96 
 
 		 566 aa  169  9e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0368  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 566 aa  169  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0531  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 566 aa  169  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.585387  normal  0.74128 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0912  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 566 aa  169  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0481  solute-binding family 5 protein  25.96 
 
 		 566 aa  169  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0488  solute-binding family 5 protein  25.91 
 
 		 566 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.189151  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3164  extracellular solute-binding protein family 5  25.78 
 
 		 566 aa  166  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0935  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25 
 
 		 579 aa  150  6e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.13566e-23 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0799  ABC transporter substrate-binding protein  23.88 
 
 		 579 aa  150  8e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0839  ABC transporter substrate-binding protein  23.88 
 
 		 579 aa  150  8e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689681  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0932  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  24.69 
 
 		 579 aa  148  3e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1024  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.65 
 
 		 579 aa  148  3e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2347  extracellular solute-binding protein  22.81 
 
 		 578 aa  148  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0193694 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0895  putative ABC transporter, substrate-binding protein  29.12 
 
 		 586 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0748  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.82 
 
 		 579 aa  147  7.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0230399  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0743  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.12 
 
 		 579 aa  146  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601164  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2689  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 571 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.377797  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2898  extracellular solute-binding protein  22.64 
 
 		 578 aa  139  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0908192  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2687  solute-binding family 5 protein  22.39 
 
 		 578 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.240712  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2881  solute-binding family 5 protein  22.39 
 
 		 578 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.629347  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2932  extracellular solute-binding protein  23.02 
 
 		 578 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000417004  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2636  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  21.78 
 
 		 578 aa  134  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2884  extracellular solute-binding protein  21.78 
 
 		 578 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0154142 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2612  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  21.96 
 
 		 578 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.808743  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2920  solute-binding family 5 protein  22.07 
 
 		 578 aa  131  3e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00308535  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02700  hypothetical protein  27.15 
 
 		 345 aa  131  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1211  putative extracellular solute-binding protein  27.06 
 
 		 495 aa  127  5e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000690  ABC-type uncharacterized transport system component  25.96 
 
 		 555 aa  117  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2953  ABC transporter substrate-binding protein  23.02 
 
 		 554 aa  110  6e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0313683  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1843  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  27.11 
 
 		 569 aa  110  9.000000000000001e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  26.16 
 
 		 514 aa  93.2  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.45 
 
 		 505 aa  89.4  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  27.22 
 
 		 516 aa  87.4  6e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  26.3 
 
 		 516 aa  84.7  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2388  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 		 522 aa  83.6  0.000000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  32.79 
 
 		 522 aa  83.6  0.000000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  31.73 
 
 		 532 aa  83.2  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1425  extracellular solute-binding protein family 5  25.34 
 
 		 503 aa  83.2  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4744  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  31.61 
 
 		 505 aa  82  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4455  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 509 aa  81.3  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.661138  hitchhiker  0.000234808 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  33.77 
 
 		 489 aa  81.3  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1825  extracellular solute-binding protein family 5  24.44 
 
 		 502 aa  80.5  0.00000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.778707  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001577  ABC-type uncharacterized transport system component  21.69 
 
 		 551 aa  80.1  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.826243  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  24.8 
 
 		 512 aa  77  0.0000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 530 aa  75.1  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  29.33 
 
 		 532 aa  74.3  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 509 aa  74.3  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2069  extracellular solute-binding protein family 5  35.03 
 
 		 518 aa  74.3  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3853  4-phytase  29.27 
 
 		 528 aa  73.9  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0387528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 515 aa  73.9  0.000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5121  extracellular solute-binding protein family 5  30 
 
 		 522 aa  73.6  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  25.41 
 
 		 533 aa  73.2  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>