More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0518 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0518  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
295 aa  602  1.0000000000000001e-171  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000157  transcriptional regulator LysR family  77.82 
 
 
295 aa  484  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0204379  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05788  transcriptional regulator  75.43 
 
 
295 aa  478  1e-134  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3558  LysR family transcriptional regulator  48.43 
 
 
298 aa  301  1e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.755428 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02974  predicted DNA-binding transcriptional regulator  47.74 
 
 
298 aa  295  6e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02925  hypothetical protein  47.74 
 
 
298 aa  295  6e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3403  LysR family transcriptional regulator  47.74 
 
 
298 aa  295  6e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3580  LysR family transcriptional regulator  47.74 
 
 
298 aa  295  6e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4420  transcriptional regulator, LysR family  47.74 
 
 
298 aa  295  7e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0786567 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0596  transcriptional regulator, LysR family  47.74 
 
 
298 aa  295  7e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0591  LysR family transcriptional regulator  47.74 
 
 
298 aa  295  7e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3295  LysR family transcriptional regulator  47.74 
 
 
298 aa  295  7e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3530  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 
298 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.24524  normal  0.157223 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3496  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 
298 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.149256  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3426  transcriptional regulator, LysR family  46.34 
 
 
298 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0409161  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3423  transcriptional regulator, LysR family  46.34 
 
 
298 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3593  LysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 
298 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.480915  normal  0.520178 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1117  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  48.08 
 
 
297 aa  288  6e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0478  LysR family substrate binding transcriptional regulator  48.08 
 
 
297 aa  288  6e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0542  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 
297 aa  288  6e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3395  transcriptional regulator, LysR family  47.39 
 
 
298 aa  288  8e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0518  transcriptional regulator, LysR family  47.39 
 
 
298 aa  286  4e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0736  transcriptional regulator, LysR family  47.39 
 
 
298 aa  285  5e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.54796  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3521  transcriptional regulator, LysR family  46.69 
 
 
298 aa  285  8e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.81702  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4333  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 
301 aa  281  9e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 
300 aa  216  5e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 
300 aa  215  9e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  40.42 
 
 
300 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
299 aa  207  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  37.84 
 
 
297 aa  198  7e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 
335 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  36.58 
 
 
297 aa  193  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
306 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
300 aa  193  3e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
320 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
302 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
302 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
306 aa  193  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
320 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
320 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 
302 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 
359 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
302 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 
304 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
302 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
302 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
306 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
306 aa  185  9e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.46 
 
 
309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  35.46 
 
 
309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
302 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 
302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 
316 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  35.46 
 
 
309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.27656 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 
309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  0.000000000477709 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0689  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 
332 aa  181  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  37.72 
 
 
314 aa  178  8e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
297 aa  178  8e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 
297 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2629  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
309 aa  177  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0897024  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
297 aa  176  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 
303 aa  177  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
297 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
297 aa  175  8e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  33.57 
 
 
304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  33.57 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  33.57 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  33.57 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  33.57 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.59 
 
 
301 aa  172  5.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
297 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  38.35 
 
 
306 aa  172  6.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
300 aa  169  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
297 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
320 aa  169  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
297 aa  168  8e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2890  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 
326 aa  168  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.357452  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
300 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
297 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4846  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.68 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3030  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
315 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.503722  normal  0.316328 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2932  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
317 aa  162  9e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
306 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3124  transcriptional regulator, LysR family  35.8 
 
 
317 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151908  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2902  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
319 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.374405  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1784  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 
312 aa  157  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
300 aa  155  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1984  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
312 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.482578  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 
302 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1907  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3032  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.86 
 
 
300 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177105  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2532  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.99 
 
 
302 aa  147  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.1 
 
 
300 aa  146  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000020853  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>