More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0470 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0470  hypothetical protein  100 
 
 		 288 aa  600  1e-170  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129901  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000198  EAL domain protein  48.25 
 
 		 262 aa  234  9e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000396049  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0662  putative signaling protein  41.96 
 
 		 266 aa  214  9e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260634  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05954  hypothetical protein  44.11 
 
 		 272 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000218  diguanylate phosphodiesterase  41.44 
 
 		 272 aa  180  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05928  hypothetical protein  48.68 
 
 		 171 aa  140  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1618  diguanylate phosphodiesterase  33.86 
 
 		 446 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991621  normal  0.575282 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  35.54 
 
 		 426 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  35.32 
 
 		 419 aa  125  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2834  diguanylate phosphodiesterase  32.52 
 
 		 440 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 424 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2085  diguanylate phosphodiesterase  34.3 
 
 		 423 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  35.12 
 
 		 426 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  35.12 
 
 		 426 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  33.9 
 
 		 428 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2848  EAL domain-containing protein  32.26 
 
 		 427 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197533  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  37.04 
 
 		 428 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  37.04 
 
 		 428 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  37.04 
 
 		 428 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  36.95 
 
 		 423 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 426 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 447 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  36.89 
 
 		 428 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 426 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  36.63 
 
 		 428 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  36.89 
 
 		 428 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 		 427 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  30.89 
 
 		 427 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  35.22 
 
 		 429 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0677  EAL domain-containing protein  31.02 
 
 		 482 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0823154  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  31.4 
 
 		 403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  30.99 
 
 		 403 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1766  EAL domain-containing protein  31.02 
 
 		 474 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.561967  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1192  EAL domain-containing protein  31.02 
 
 		 474 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.252573  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  34.01 
 
 		 464 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  34.01 
 
 		 515 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  34.15 
 
 		 464 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 780 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  34.54 
 
 		 411 aa  106  4e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0415  diguanylate phosphodiesterase  32.79 
 
 		 422 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.404943 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  33.76 
 
 		 424 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  32.93 
 
 		 441 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.78 
 
 		 777 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.47 
 
 		 790 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  31.97 
 
 		 425 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3887  diguanylate phosphodiesterase  32.5 
 
 		 421 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0192627  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2214  diguanylate phosphodiesterase  32.35 
 
 		 428 aa  97.8  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.706339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05932  hypothetical protein  48.98 
 
 		 99 aa  97.8  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0546  diguanylate phosphodiesterase  30.31 
 
 		 424 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49841  normal  0.628054 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  31.69 
 
 		 424 aa  96.3  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3188  diguanylate phosphodiesterase  30.71 
 
 		 436 aa  95.9  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.338182  normal  0.117578 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2561  diguanylate phosphodiesterase  32.1 
 
 		 424 aa  95.5  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0195477 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1925  diguanylate phosphodiesterase  32.1 
 
 		 424 aa  95.9  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2537  diguanylate phosphodiesterase  32.1 
 
 		 424 aa  95.9  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0778  diguanylate phosphodiesterase  30.71 
 
 		 436 aa  94.7  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.263766  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2261  EAL domain-containing protein  30.92 
 
 		 424 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.807134  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  30.92 
 
 		 424 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0770  diguanylate phosphodiesterase  31.88 
 
 		 414 aa  94.7  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.294803  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  31.69 
 
 		 424 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  31.69 
 
 		 422 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  31.69 
 
 		 424 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2138  cyclic diguanylate phosphodiesterase  31.69 
 
 		 422 aa  94  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  30.92 
 
 		 424 aa  94  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  31.69 
 
 		 422 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  31.69 
 
 		 422 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5868  diguanylate phosphodiesterase  31.28 
 
 		 424 aa  93.2  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145256  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0192  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 		 429 aa  92.8  6e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2106  diguanylate phosphodiesterase  31.47 
 
 		 290 aa  90.1  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.43 
 
 		 773 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2032  EAL domain protein  25.93 
 
 		 396 aa  85.1  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  31.17 
 
 		 379 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  31.17 
 
 		 357 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  31 
 
 		 413 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.19 
 
 		 734 aa  81.6  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.93 
 
 		 583 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  30.74 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  37.59 
 
 		 416 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  30.62 
 
 		 256 aa  80.9  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  32.59 
 
 		 265 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.93 
 
 		 583 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6278  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.21 
 
 		 1064 aa  80.5  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.719663  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.28 
 
 		 584 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31 
 
 		 585 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31 
 
 		 585 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31 
 
 		 585 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31 
 
 		 585 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.54 
 
 		 584 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  30.54 
 
 		 584 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.65 
 
 		 660 aa  79.3  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0655415 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  29.44 
 
 		 431 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  32.75 
 
 		 931 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  30.87 
 
 		 582 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  30 
 
 		 921 aa  77.8  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  31.49 
 
 		 454 aa  77.4  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 596 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  31.7 
 
 		 265 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1031  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.74 
 
 		 769 aa  77.8  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  31.44 
 
 		 283 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3076  diguanylate phosphodiesterase  29 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  30.47 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>