More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0086 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05115  hypothetical protein  69.96 
 
 		 527 aa  778    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001246  GGDEF family protein  68.82 
 
 		 527 aa  748    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.436694  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0086  GGDEF family protein  100 
 
 		 526 aa  1084    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0685503  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0452  putative GGDEF protein  39.43 
 
 		 528 aa  378  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 354 aa  116  8.999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  29.29 
 
 		 568 aa  115  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 524 aa  115  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  35.27 
 
 		 965 aa  113  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  41.61 
 
 		 355 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.16 
 
 		 297 aa  111  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  37.99 
 
 		 457 aa  111  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 631 aa  111  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 342 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 342 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 545 aa  111  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 317 aa  111  4.0000000000000004e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 342 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 342 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 373 aa  110  7.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 551 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 		 297 aa  109  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 622 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 402 aa  108  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  26.36 
 
 		 560 aa  108  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 548 aa  108  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 351 aa  108  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  36.93 
 
 		 457 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 354 aa  107  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 362 aa  107  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.65 
 
 		 355 aa  107  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 354 aa  107  7e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 347 aa  107  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 523 aa  107  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 503 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 345 aa  106  8e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  37.5 
 
 		 457 aa  107  8e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 384 aa  106  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  37.28 
 
 		 458 aa  106  1e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 384 aa  105  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 502 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 227 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  26.43 
 
 		 609 aa  106  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 490 aa  106  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 378 aa  106  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 357 aa  106  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 308 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 308 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  36.36 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 308 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 546 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 304 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 625 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 625 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 544 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 502 aa  105  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 521 aa  104  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 520 aa  104  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  38.3 
 
 		 625 aa  104  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 638 aa  104  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 354 aa  104  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 471 aa  104  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 628 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 350 aa  104  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 353 aa  104  4e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 521 aa  104  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 355 aa  104  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 521 aa  104  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  37.5 
 
 		 461 aa  104  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 624 aa  103  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 645 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  34.25 
 
 		 312 aa  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 495 aa  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  39.6 
 
 		 559 aa  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 398 aa  103  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 507 aa  103  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  38.36 
 
 		 518 aa  103  6e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 457 aa  103  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  35.67 
 
 		 457 aa  103  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 356 aa  103  7e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.39 
 
 		 324 aa  103  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 457 aa  103  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 625 aa  103  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 520 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 263 aa  103  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  38.99 
 
 		 712 aa  103  8e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  36.88 
 
 		 325 aa  103  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 608 aa  103  8e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 621 aa  103  8e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 490 aa  103  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 342 aa  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 628 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 474 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05729  putative diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 661 aa  102  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.23 
 
 		 496 aa  103  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 628 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 349 aa  103  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 427 aa  102  1e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3488  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 302 aa  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.464189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  35.75 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>