92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0017 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0017  IcmF-related protein  100 
 
 		 173 aa  352  1e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  60.12 
 
 		 1187 aa  229  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  60.12 
 
 		 1182 aa  217  7.999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3720  Fis family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 1194 aa  112  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4071  hypothetical protein  32.41 
 
 		 1208 aa  81.3  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000209226 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3242  type VI secretion protein IcmF  34.42 
 
 		 1165 aa  77  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.748769  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0057  ImcF domain-containing protein  32.72 
 
 		 1205 aa  76.3  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2794  type VI secretion protein IcmF  33.55 
 
 		 1165 aa  73.6  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  38.03 
 
 		 1206 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1083  type VI secretion protein IcmF  34.42 
 
 		 1165 aa  70.5  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.199978  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3221  type VI secretion protein IcmF  38.03 
 
 		 1194 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.79348  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2627  hypothetical protein  36.17 
 
 		 1206 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3485  ImcF domain-containing protein  28.57 
 
 		 1365 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0326  putative lipoprotein  26.76 
 
 		 1177 aa  65.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0399  type VI secretion protein IcmF  26.76 
 
 		 1177 aa  65.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0992  hypothetical protein  28.12 
 
 		 1369 aa  63.9  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.894672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  32.73 
 
 		 1302 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  29.24 
 
 		 1302 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  29.24 
 
 		 1302 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  29.85 
 
 		 1157 aa  61.6  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  28.65 
 
 		 1302 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  26.42 
 
 		 1329 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  24.18 
 
 		 1268 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1099  type VI secretion protein IcmF  30.63 
 
 		 1153 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3922  type VI secretion protein IcmF  30 
 
 		 1366 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  33.58 
 
 		 1195 aa  58.2  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6108  type VI secretion protein IcmF  27.78 
 
 		 1348 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  26.4 
 
 		 1302 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  30.06 
 
 		 1302 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0228  hypothetical protein  27.66 
 
 		 1174 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.164141  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1218  hypothetical protein  28.83 
 
 		 1153 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.19667 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0226  hypothetical protein  29.27 
 
 		 1174 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  27.81 
 
 		 1208 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  31.37 
 
 		 1175 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  31.37 
 
 		 1175 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  31.54 
 
 		 1181 aa  55.5  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2775  OmpA/MotB domain-containing protein  28.87 
 
 		 831 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.414663  normal  0.366632 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  28.91 
 
 		 1172 aa  55.1  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  31.71 
 
 		 1181 aa  54.7  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2260  OmpA/MotB  29.53 
 
 		 830 aa  54.7  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2499  OmpA/MotB domain-containing protein  29.58 
 
 		 831 aa  54.3  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.306062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  27.92 
 
 		 1179 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  28.83 
 
 		 1209 aa  53.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  30.25 
 
 		 1168 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3090  OmpA domain-containing protein  28.77 
 
 		 831 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2633  OmpA/MotB domain-containing protein  28.77 
 
 		 831 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  30 
 
 		 1171 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  26.99 
 
 		 1209 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  29.41 
 
 		 1192 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  26.99 
 
 		 1209 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  26.99 
 
 		 1209 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  26.99 
 
 		 1209 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  26.99 
 
 		 1209 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  26.99 
 
 		 1209 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  26.99 
 
 		 1209 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  28.87 
 
 		 1182 aa  52.8  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  24.62 
 
 		 1152 aa  52.8  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  29.22 
 
 		 1176 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2085  putative membrane protein, SciS/IcmF-like  25.32 
 
 		 1365 aa  51.6  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.842355 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  24.83 
 
 		 1164 aa  51.6  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  28.67 
 
 		 1211 aa  50.4  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4964  OmpA/MotB  26.39 
 
 		 830 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3182  type VI secretion protein IcmF  26.14 
 
 		 1317 aa  49.7  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0388038 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1823  hypothetical protein  23.97 
 
 		 1332 aa  49.3  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  30.3 
 
 		 1176 aa  48.9  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3550  type VI secretion protein IcmF  24.31 
 
 		 1164 aa  47.8  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.267985  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3421  hypothetical protein  24.31 
 
 		 1164 aa  47.8  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  25.29 
 
 		 1212 aa  47.8  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  23.36 
 
 		 1199 aa  47.8  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1885  ImcF-like family protein  26.39 
 
 		 1164 aa  45.8  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0217268  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  25 
 
 		 1148 aa  45.1  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  27.94 
 
 		 1205 aa  44.7  0.0006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  34.11 
 
 		 1179 aa  44.3  0.0009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0274  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1154 aa  44.3  0.0009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4962  hypothetical protein  42.86 
 
 		 1310 aa  44.3  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  29.2 
 
 		 1173 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  29.66 
 
 		 1173 aa  44.3  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0731  hypothetical protein  26.32 
 
 		 443 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00636077  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0236  ImcF/SciS family protein  36.67 
 
 		 1358 aa  43.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1689  SciS protein  36.67 
 
 		 1358 aa  43.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.79205  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0327  ImcF/SciS family protein  36.67 
 
 		 1358 aa  43.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  25.97 
 
 		 1207 aa  43.5  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0928  SciS protein  36.67 
 
 		 890 aa  42.4  0.003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1215  ImcF-like family protein  36.67 
 
 		 890 aa  42.4  0.003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0717  hypothetical protein  25 
 
 		 1167 aa  42  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.319931  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0805  hypothetical protein  25 
 
 		 1167 aa  42  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00300591  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  26.28 
 
 		 1270 aa  42.4  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1026  hypothetical protein  25 
 
 		 1167 aa  42  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.170738  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2000  hypothetical protein  25 
 
 		 1167 aa  42  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  23.64 
 
 		 1220 aa  41.6  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  25.56 
 
 		 1175 aa  41.6  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2262  ImcF-related  48.78 
 
 		 1335 aa  40.8  0.01  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.295752  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>