190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_R0023 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010483  TRQ2_R0023  tRNA-His  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  1.7569e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0023  tRNA-His  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  8.59824e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0010  tRNA-His  96 
 
 
76 bp  83.8  5e-15  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0037  tRNA-His  94 
 
 
76 bp  75.8  1e-12  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.28441  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0408  tRNA-Asn  90.38 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  2.33964e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0407  tRNA-Asn  90.38 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000764097  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0193  tRNA-Asn  90.38 
 
 
73 bp  63.9  5e-09  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0036  tRNA-His  85.92 
 
 
76 bp  61.9  2e-08  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.435754 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  89.8 
 
 
76 bp  58  3e-07  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  87.72 
 
 
76 bp  58  3e-07  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  56  1e-06  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0021  tRNA-His  84.72 
 
 
76 bp  56  1e-06  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0049  tRNA-His  84.21 
 
 
76 bp  56  1e-06  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0014  tRNA-Asn  90.91 
 
 
73 bp  56  1e-06  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000102189  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0018  tRNA-His  87.5 
 
 
76 bp  56  1e-06  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.898186  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0012  tRNA-Asn  90.91 
 
 
73 bp  56  1e-06  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  5e-06  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  6.8563e-07  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  87.27 
 
 
76 bp  54  5e-06  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  2.93435e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0016  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  5e-06  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.27479e-28 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0014  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  5e-06  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.47676e-29 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  5e-06  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  3.21021e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0016  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  5e-06  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  3.47926e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  87.27 
 
 
76 bp  54  5e-06  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.262033  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0072  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1802  tRNA-Asn  90.48 
 
 
76 bp  52  2e-05  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  1.54266e-15 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0067  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  5.23585e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0469123  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239536  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0452  tRNA-Asn  90.48 
 
 
73 bp  52  2e-05  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.133298 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1563  tRNA-Asn  90.48 
 
 
73 bp  52  2e-05  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.185628  hitchhiker  0.000293533 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1796  tRNA-Asn  90.48 
 
 
73 bp  52  2e-05  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  6.3013e-24 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0058  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0050  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0200036 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  92.86 
 
 
77 bp  52  2e-05  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0020  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0048  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.544704  hitchhiker  0.00053111 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0061  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  87.93 
 
 
74 bp  52  2e-05  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  86.21 
 
 
76 bp  52  2e-05  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  1.3123e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  87.93 
 
 
77 bp  52  2e-05  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.984556  normal  0.270863 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  52  2e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0019  tRNA-His  88.68 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572409  normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0082  tRNA-His  85.96 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0022    88.68 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.293323 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0072  tRNA-Asn  96.55 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0044  tRNA-His  87.76 
 
 
73 bp  50.1  7e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.43676e-06 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19680  tRNA-His  87.76 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13556  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0025  tRNA-His  88.68 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA33  tRNA-His  88.68 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0022  tRNA-His  85.96 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.243573 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0021  tRNA-His  88.68 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0044  tRNA-His  88.68 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.796168  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0029  tRNA-Asn  96.55 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.25599  normal  0.694984 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0049  tRNA-Asn  86.79 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  5.56498e-05  normal  0.485056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0031  tRNA-Asn  96.55 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0027  tRNA-His  85.96 
 
 
73 bp  50.1  7e-05  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000556999  normal  0.160274 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0058  tRNA-His  88.68 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647177  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0074  tRNA-Asn  96.55 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0073  tRNA-Asn  96.55 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0046  tRNA-His  87.76 
 
 
73 bp  50.1  7e-05  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216845  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0020  tRNA-Asn  96.55 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0022  tRNA-His  84.62 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0011  tRNA-His  87.72 
 
 
77 bp  50.1  7e-05  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0008  tRNA-Asn  96.55 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0023  tRNA-Asn  96.55 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00104311  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0012  tRNA-Lys  85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  1.7213e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0038  tRNA-His  88.46 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  1.37357e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAlaVIMSS1309372  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.272937  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0019  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.399377  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309140  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAlaVIMSS1309089  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  1.12802e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  2.395e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0044  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  85.71 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0019  tRNA-His  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.322851  normal  0.248393 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAlaVIMSS1309204  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.72887  normal  0.842293 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAlaVIMSS1309163  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0020  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1158  tRNA-Phe  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.256191  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0035    85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0052  tRNA-Asn  85.45 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.292372  normal  0.128808 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0027  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0167749  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0058  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.703111  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0054  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0389191  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0057492  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  86.27 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.352047  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0025  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>