81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_R0016 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009486  Tpet_R0016  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000153982  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0016  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000169837  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0041  tRNA-Met  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000311146  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0037  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0013  tRNA-Met  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000227185  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0035  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.15056  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0030  tRNA-Ile  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0052  tRNA-Met  95.35 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0042  tRNA-Met  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0046  tRNA-Met  97.37 
 
 
72 bp  67.9  0.0000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.413115  normal  0.314487 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0006  tRNA-Lys  88.41 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.507736 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_641  tRNA-Met  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000945354  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0015  tRNA-Met  86.84 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000125426  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0017  tRNA-Met  93.02 
 
 
78 bp  61.9  0.00000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000739472  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0029  tRNA-Ile  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.138289  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1239  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0026  tRNA-Met  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.963171  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0044  tRNA-Met  85.51 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.477154  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0051  tRNA-Ile  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00198263  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0019  tRNA-Ile  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012543  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0060  tRNA-Met  87.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Met-2  tRNA-Met  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000219086  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0038  tRNA-Asn  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.63633e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_R0043  tRNA-Met  87.3 
 
 
77 bp  54  0.000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.22018 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0042  tRNA-Met  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000224763  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0035  tRNA-Lys  88.14 
 
 
74 bp  54  0.000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0034  tRNA-Met  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000103036  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0015  tRNA-Met  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.012371 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0008  tRNA-Met  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0004  tRNA-Asn  100 
 
 
87 bp  54  0.000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0036  tRNA-Met  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0065  tRNA-Met  90.48 
 
 
78 bp  52  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.466048  normal  0.688575 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-1  tRNA-Met  88.68 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.596909  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0043  tRNA-Met  90.24 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0006  tRNA-Met  90.24 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07660  tRNA-Met  88.68 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.041948 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0055  tRNA-Lys  87.72 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0045  tRNA-Met  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000299678  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0040  tRNA-Met  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000293258  hitchhiker  0.00175254 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0032  tRNA-Met  88.68 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0005  tRNA-Lys  87.5 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  93.75 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  88.46 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  88.46 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0004  tRNA-Lys  87.5 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  88.46 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  88.46 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0057  tRNA-Lys  86.44 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0001  tRNA-Ile  90.7 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.541635  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0063  tRNA-Met  100 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0027  tRNA-Asn  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.103485  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0039  tRNA-Asn  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.268211  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0044  tRNA-His  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000143676 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0065  tRNA-Met  91.43 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0083  tRNA-Met  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000161068  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0045  tRNA-Met  87.23 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0033  tRNA-Met  91.43 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0029  tRNA-Met  91.43 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.513639 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0024  tRNA-Ile  88.1 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0018  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0555384  normal  0.496663 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0012  tRNA-Ile  91.18 
 
 
78 bp  44.1  0.005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00521238  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0060  tRNA-His  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_R0008  tRNA-Met  88.1 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.218909  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0076  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0047  tRNA-Met  86.21 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00104453  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_R0007  tRNA-Lys  86 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40291  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0027  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0055  tRNA-Met  91.18 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0070  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0320721  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0004  tRNA-Met  90.48 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  91.18 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0008  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0002  tRNA-Lys  94.12 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0260065  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0016  tRNA-Met  88.1 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.562679  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>