More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_1298 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009486  Tpet_1298  ribosomal protein S3  100 
 
 		 209 aa  418  1e-116  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000309982  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1388  ribosomal protein S3  99.52 
 
 		 209 aa  417  1e-116  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000147374  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0959  ribosomal protein S3  77.99 
 
 		 209 aa  346  1e-94  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000272726  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1132  ribosomal protein S3  67.94 
 
 		 209 aa  301  4.0000000000000003e-81  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000175092  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  62.32 
 
 		 220 aa  252  3e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0784  ribosomal protein S3  56.67 
 
 		 210 aa  249  2e-65  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.60019  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0987  ribosomal protein S3  58.45 
 
 		 245 aa  249  2e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.499926  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 222 aa  245  4e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1561  ribosomal protein S3  55.34 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2251  30S ribosomal protein S3  55.83 
 
 		 213 aa  241  5e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000614716  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 219 aa  241  6e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0271  ribosomal protein S3  57.21 
 
 		 231 aa  241  6e-63  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000386927  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0285  ribosomal protein S3  55.29 
 
 		 227 aa  239  2e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00105887  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1232  SSU ribosomal protein S3P  56.31 
 
 		 223 aa  239  2e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855016 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  55.56 
 
 		 221 aa  239  2e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2909  SSU ribosomal protein S3P  57.49 
 
 		 226 aa  239  2.9999999999999997e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  53.4 
 
 		 219 aa  238  6.999999999999999e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0666  30S ribosomal protein S3  54.85 
 
 		 213 aa  236  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00146093  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4020  ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 260 aa  236  1e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.251089  hitchhiker  0.00000649383 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0464  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 226 aa  236  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0085  30S ribosomal protein S3  54.37 
 
 		 213 aa  236  2e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0561951 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  55.12 
 
 		 210 aa  236  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  54.11 
 
 		 261 aa  235  4e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0411  30S ribosomal protein S3  55.29 
 
 		 234 aa  235  4e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000407392  normal  0.239149 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3993  30S ribosomal protein S3  53.62 
 
 		 285 aa  234  5.0000000000000005e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000371657 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2768  30S ribosomal protein S3  54.37 
 
 		 212 aa  234  5.0000000000000005e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000286487  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2059  30S ribosomal protein S3  51.94 
 
 		 213 aa  234  5.0000000000000005e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00063998  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  56.52 
 
 		 220 aa  234  6e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1759  30S ribosomal protein S3  53.4 
 
 		 212 aa  234  7e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.341094  normal  0.399462 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  57 
 
 		 228 aa  234  8e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  55.07 
 
 		 218 aa  233  1.0000000000000001e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1346  ribosomal protein S3  52.91 
 
 		 395 aa  233  2.0000000000000002e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1179  ribosomal protein S3  55.83 
 
 		 262 aa  233  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484191  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  54.37 
 
 		 249 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0059  ribosomal protein S3  52.17 
 
 		 275 aa  231  6e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000192317  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  52.66 
 
 		 256 aa  230  9e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  55.07 
 
 		 214 aa  230  1e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1178  ribosomal protein S3  55.56 
 
 		 223 aa  230  1e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000314343  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0344  30S ribosomal protein S3  51.69 
 
 		 293 aa  230  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.212701  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  51.21 
 
 		 308 aa  229  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  53.62 
 
 		 236 aa  229  2e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0056  ribosomal protein S3  51.92 
 
 		 271 aa  229  2e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000000180668  hitchhiker  1.0517300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  51.94 
 
 		 210 aa  229  3e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0873  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 221 aa  229  3e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000095133  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3789  30S ribosomal protein S3  51.21 
 
 		 298 aa  228  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.461405  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1270  30S ribosomal protein S3  51.69 
 
 		 294 aa  228  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00251085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  51.94 
 
 		 223 aa  228  6e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  52.66 
 
 		 243 aa  228  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0764  ribosomal protein S3  54.59 
 
 		 222 aa  228  6e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000320467  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  53.62 
 
 		 226 aa  228  7e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  52.66 
 
 		 243 aa  228  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  53.4 
 
 		 228 aa  227  9e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  53.4 
 
 		 220 aa  227  1e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2318  ribosomal protein S3  55.71 
 
 		 228 aa  227  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00326782  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3437  30S ribosomal protein S3  51.69 
 
 		 299 aa  227  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0722902  normal  0.23465 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0279  30S ribosomal protein S3  51.21 
 
 		 288 aa  227  1e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000626052  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0284  30S ribosomal protein S3  51.21 
 
 		 288 aa  226  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128971  hitchhiker  0.0000000454249 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0397  30S ribosomal protein S3  51.21 
 
 		 290 aa  226  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1722  30S ribosomal protein S3  54.59 
 
 		 238 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094862  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0367  30S ribosomal protein S3  54.59 
 
 		 238 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  53.4 
 
 		 218 aa  226  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  50.49 
 
 		 210 aa  226  2e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2528  30S ribosomal protein S3  55.07 
 
 		 238 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  52.17 
 
 		 229 aa  226  3e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0320  30S ribosomal protein S3  51.44 
 
 		 268 aa  225  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000941491  decreased coverage  0.00272793 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  53.14 
 
 		 229 aa  225  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0209  30S ribosomal protein S3  50.72 
 
 		 295 aa  225  3e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.370528 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0333  30S ribosomal protein S3  51.69 
 
 		 266 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000255455  normal  0.0226177 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3453  30S ribosomal protein S3  51.69 
 
 		 266 aa  225  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000212964  decreased coverage  0.00445176 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3062  30S ribosomal protein S3  51.44 
 
 		 266 aa  225  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000122398  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0966  30S ribosomal protein S3  53.14 
 
 		 224 aa  225  4e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0153824  hitchhiker  0.00000134918 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0282  30S ribosomal protein S3  51.69 
 
 		 266 aa  225  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000274054  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2753  30S ribosomal protein S3  51.69 
 
 		 266 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000356119  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  53.62 
 
 		 244 aa  225  4e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  52.17 
 
 		 228 aa  225  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0273  30S ribosomal protein S3  51.69 
 
 		 266 aa  225  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00291944  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  52.17 
 
 		 228 aa  225  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0354  30S ribosomal protein S3  51.69 
 
 		 266 aa  225  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000020511  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1930  30S ribosomal protein S3  51.44 
 
 		 266 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000560778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2626  30S ribosomal protein S3  51.44 
 
 		 266 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0741143  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3798  30S ribosomal protein S3  51.44 
 
 		 266 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3740  30S ribosomal protein S3  51.44 
 
 		 266 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000268518  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3770  30S ribosomal protein S3  51.44 
 
 		 266 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000624926  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3484  30S ribosomal protein S3  51.44 
 
 		 266 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00131963  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3163  30S ribosomal protein S3  51.44 
 
 		 266 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000161585  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 211 aa  224  6e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  53.62 
 
 		 230 aa  224  6e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  52.66 
 
 		 223 aa  224  7e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001736  SSU ribosomal protein S3p (S3e)  53.14 
 
 		 232 aa  224  8e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0852  30S ribosomal protein S3  53.62 
 
 		 228 aa  224  8e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0329  ribosomal protein S3  55.24 
 
 		 224 aa  224  9e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000625588  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  53.4 
 
 		 218 aa  224  9e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0255  30S ribosomal protein S3  51.69 
 
 		 266 aa  224  9e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0132359  normal  0.0208099 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0200  SSU ribosomal protein S3P  50.49 
 
 		 229 aa  224  9e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0421793  normal  0.0820646 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  53.14 
 
 		 230 aa  223  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0202  30S ribosomal protein S3  53.14 
 
 		 230 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000360171  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3173  30S ribosomal protein S3  51.69 
 
 		 264 aa  223  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000329373  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00736  30S ribosomal protein S3  53.14 
 
 		 232 aa  223  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3311  30S ribosomal protein S3  51.69 
 
 		 265 aa  223  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000058787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  53.62 
 
 		 240 aa  223  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>