More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_1270 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009486  Tpet_1270  diaminopimelate epimerase  100 
 
 
236 aa  477  1e-134  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000437124  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1416  diaminopimelate epimerase  100 
 
 
236 aa  477  1e-134  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1874  diaminopimelate epimerase  42.13 
 
 
232 aa  179  4e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0071  diaminopimelate epimerase  38.56 
 
 
245 aa  176  2e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1841  diaminopimelate epimerase  36.29 
 
 
247 aa  123  3e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0348  diaminopimelate epimerase  34.73 
 
 
249 aa  117  1.9999999999999998e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1165  diaminopimelate epimerase  34.21 
 
 
277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0072  diaminopimelate epimerase  34.03 
 
 
247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5091  diaminopimelate epimerase  35.57 
 
 
259 aa  111  9e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000217016  normal  0.274183 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1614  diaminopimelate epimerase  35.37 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0054  diaminopimelate epimerase  36.51 
 
 
249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000506343  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0127  diaminopimelate epimerase  34 
 
 
261 aa  108  8.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1883  diaminopimelate epimerase  35.25 
 
 
249 aa  107  2e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1516  diaminopimelate epimerase  35.25 
 
 
249 aa  107  2e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2316  diaminopimelate epimerase  32.02 
 
 
274 aa  106  3e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1455  diaminopimelate epimerase  34.78 
 
 
257 aa  105  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0568169  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1702  diaminopimelate epimerase  34.84 
 
 
249 aa  105  5e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0259  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 
277 aa  105  5e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0077  diaminopimelate epimerase  31.8 
 
 
276 aa  104  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1439  diaminopimelate epimerase  36.32 
 
 
272 aa  102  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2160  diaminopimelate epimerase  34.29 
 
 
272 aa  101  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2046  diaminopimelate epimerase  34.43 
 
 
257 aa  101  1e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0018  diaminopimelate epimerase  31.6 
 
 
260 aa  100  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0560  diaminopimelate epimerase  32.03 
 
 
274 aa  99.8  3e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00795649 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1771  diaminopimelate epimerase  33.47 
 
 
247 aa  100  3e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0208  diaminopimelate epimerase  33.59 
 
 
261 aa  99.8  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0882102 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4694  diaminopimelate epimerase  33.63 
 
 
261 aa  99  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.483748  normal  0.0110449 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0107  diaminopimelate epimerase  35.08 
 
 
272 aa  98.6  8e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0492  diaminopimelate epimerase  35.08 
 
 
247 aa  98.2  9e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0342  diaminopimelate epimerase  29.84 
 
 
270 aa  98.2  9e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00240422  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3514  diaminopimelate epimerase  33.66 
 
 
302 aa  98.2  9e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0771524 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2694  diaminopimelate epimerase  29.72 
 
 
268 aa  97.1  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000359695  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0044  Diaminopimelate epimerase  33.05 
 
 
274 aa  97.1  2e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.315608 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12773  Diaminopimelate epimerase  33.91 
 
 
261 aa  97.1  2e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0218  diaminopimelate epimerase  30.92 
 
 
266 aa  97.1  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0648  diaminopimelate epimerase  30.16 
 
 
279 aa  96.7  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.312023  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0057  diaminopimelate epimerase  30.68 
 
 
287 aa  95.9  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.809521 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  30.58 
 
 
276 aa  95.5  6e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0805  hypothetical protein  32.89 
 
 
258 aa  95.5  6e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.15567 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1297  diaminopimelate epimerase  29.37 
 
 
282 aa  95.1  7e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0270469  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0677  diaminopimelate epimerase  36.32 
 
 
271 aa  95.1  8e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.190367 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1230  diaminopimelate epimerase  30.83 
 
 
307 aa  94.4  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.017842 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1446  diaminopimelate epimerase  31.3 
 
 
280 aa  94.4  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.788738  normal  0.737233 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3982  diaminopimelate epimerase  33.18 
 
 
281 aa  94.4  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0054397  normal  0.0200465 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0063  diaminopimelate epimerase  31.62 
 
 
273 aa  94.4  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1873  diaminopimelate epimerase  30.38 
 
 
281 aa  94.4  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00642624 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  30.92 
 
 
279 aa  93.6  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1977  diaminopimelate epimerase  31.05 
 
 
268 aa  93.2  3e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00347642  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0181  diaminopimelate epimerase  30.3 
 
 
272 aa  92.8  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00086691  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0816  diaminopimelate epimerase  35.05 
 
 
274 aa  92.8  4e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  29.26 
 
 
286 aa  92.8  4e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0454  diaminopimelate epimerase  35.51 
 
 
279 aa  92.4  6e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.691704  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0755  diaminopimelate epimerase  29.77 
 
 
292 aa  92  8e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.277533  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0714  diaminopimelate epimerase  30.59 
 
 
269 aa  90.9  1e-17  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  29.26 
 
 
286 aa  91.7  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09701  diaminopimelate epimerase  31.16 
 
 
286 aa  90.5  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0227672  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2989  diaminopimelate epimerase  28.62 
 
 
285 aa  90.1  3e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000823328  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  27.98 
 
 
269 aa  90.1  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0273  diaminopimelate epimerase  32.51 
 
 
264 aa  89.4  5e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000651876  decreased coverage  0.0000261892 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  32 
 
 
283 aa  89  6e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  29.46 
 
 
274 aa  88.6  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  28.15 
 
 
286 aa  88.2  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1404  diaminopimelate epimerase  30.77 
 
 
278 aa  88.2  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000282005 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  29.3 
 
 
274 aa  86.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0998  diaminopimelate epimerase  31.6 
 
 
260 aa  86.3  4e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  30.33 
 
 
278 aa  85.9  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2431  diaminopimelate epimerase  30.61 
 
 
275 aa  85.9  5e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.410157  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1798  diaminopimelate epimerase  31.45 
 
 
283 aa  85.9  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000300974  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0561  diaminopimelate epimerase  29.28 
 
 
282 aa  85.9  5e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00183817 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1483  diaminopimelate epimerase  35.35 
 
 
303 aa  85.9  5e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1131  diaminopimelate epimerase  32.69 
 
 
270 aa  85.1  8e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.587947 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  29.88 
 
 
274 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0304  diaminopimelate epimerase  30.62 
 
 
256 aa  84.3  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.684099  hitchhiker  0.00244199 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  29.88 
 
 
274 aa  84  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3281  diaminopimelate epimerase  32.47 
 
 
273 aa  83.6  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0128403  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  30.29 
 
 
274 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  30.29 
 
 
274 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  30.29 
 
 
274 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  30.29 
 
 
274 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  30.29 
 
 
274 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  30.29 
 
 
274 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  30.29 
 
 
274 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  30.29 
 
 
274 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2214  diaminopimelate epimerase  34.15 
 
 
302 aa  82.8  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.271575  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  27.98 
 
 
274 aa  82.4  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  29.05 
 
 
274 aa  82.4  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07270  diaminopimelate epimerase  30.48 
 
 
317 aa  82  0.000000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  29.72 
 
 
279 aa  82  0.000000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  29.57 
 
 
293 aa  81.3  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1893  diaminopimelate epimerase  30.22 
 
 
278 aa  81.3  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.593063  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0411  diaminopimelate epimerase  31.28 
 
 
290 aa  80.5  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  29.05 
 
 
274 aa  80.9  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3256  diaminopimelate epimerase  28.63 
 
 
289 aa  80.5  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.220746  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  28.9 
 
 
278 aa  80.1  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  27.8 
 
 
274 aa  79.7  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  27.8 
 
 
274 aa  79.7  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  27.8 
 
 
274 aa  79.7  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  28.77 
 
 
281 aa  79.7  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  27.8 
 
 
274 aa  79.7  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4570  diaminopimelate epimerase  36.49 
 
 
271 aa  80.1  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.604274  normal  0.276247 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>