More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_1125 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009486  Tpet_1125  diaminopimelate aminotransferase  100 
 
 
396 aa  803    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000017221  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1163  diaminopimelate aminotransferase  93.43 
 
 
396 aa  752    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00430339  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1892  diaminopimelate aminotransferase  53.37 
 
 
407 aa  439  9.999999999999999e-123  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1103  diaminopimelate aminotransferase  51.63 
 
 
407 aa  431  1e-119  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1441  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.38 
 
 
404 aa  403  1e-111  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0193  diaminopimelate aminotransferase  49.03 
 
 
421 aa  370  1e-101  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000572443  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0113  diaminopimelate aminotransferase  46.6 
 
 
413 aa  358  9e-98  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.239854  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0068  diaminopimelate aminotransferase  43.9 
 
 
411 aa  332  5e-90  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0234  diaminopimelate aminotransferase  42.33 
 
 
411 aa  328  1.0000000000000001e-88  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00102405  normal  0.710692 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0641  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  46.43 
 
 
411 aa  325  1e-87  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0709  diaminopimelate aminotransferase  39.66 
 
 
415 aa  318  1e-85  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.123026  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0550  diaminopimelate aminotransferase  40.35 
 
 
409 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000714346 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1810  diaminopimelate aminotransferase  42.31 
 
 
410 aa  311  1e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.803619  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2049  diaminopimelate aminotransferase  42.03 
 
 
409 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1275  diaminopimelate aminotransferase  40.15 
 
 
415 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.000199982  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0836  diaminopimelate aminotransferase  38.07 
 
 
423 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0000246987  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1865  diaminopimelate aminotransferase  41.52 
 
 
406 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.363137  normal  0.0244826 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0643  diaminopimelate aminotransferase  39.66 
 
 
415 aa  300  3e-80  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.166626  hitchhiker  0.00154424 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1333  diaminopimelate aminotransferase  41.4 
 
 
407 aa  298  9e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.546409  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0180  diaminopimelate aminotransferase  38.67 
 
 
415 aa  298  1e-79  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00038111  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1933  diaminopimelate aminotransferase  38.72 
 
 
413 aa  281  2e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31 
 
 
395 aa  145  1e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.2 
 
 
399 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.25 
 
 
398 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.65 
 
 
399 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2793  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.29 
 
 
377 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.368215 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.2 
 
 
375 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.25 
 
 
442 aa  120  6e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2425  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.55 
 
 
433 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0316  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.95 
 
 
402 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.05 
 
 
395 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3448  peptidase M20  27.08 
 
 
419 aa  114  3e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2188  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.26 
 
 
376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0116098 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.56 
 
 
378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1765  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.26 
 
 
377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.803337  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.2 
 
 
395 aa  110  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.14 
 
 
392 aa  110  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.34 
 
 
391 aa  110  5e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.85 
 
 
375 aa  109  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2418  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.39 
 
 
376 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.508006  decreased coverage  0.00000131595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.85 
 
 
375 aa  108  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1080  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.5 
 
 
375 aa  108  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.33 
 
 
391 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3625  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  32.4 
 
 
417 aa  108  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.209482  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.1 
 
 
386 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.81 
 
 
382 aa  107  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1814  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.14 
 
 
376 aa  107  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93447  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.81 
 
 
382 aa  107  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.73 
 
 
375 aa  106  5e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02363  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.41 
 
 
375 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.41 
 
 
375 aa  106  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2602  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.41 
 
 
375 aa  106  6e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.41 
 
 
375 aa  106  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.41 
 
 
375 aa  106  6e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.41 
 
 
375 aa  106  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  24.41 
 
 
375 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2619  hypothetical protein  29.22 
 
 
444 aa  106  7e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.913218  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1991  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.39 
 
 
381 aa  106  8e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2367  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.09 
 
 
380 aa  106  8e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0319493  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02089  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.61 
 
 
390 aa  106  9e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.569859  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.68 
 
 
410 aa  105  1e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.04 
 
 
398 aa  105  1e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  29.09 
 
 
434 aa  105  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0775  hypothetical protein  25.58 
 
 
409 aa  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0167319  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.41 
 
 
375 aa  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.43 
 
 
377 aa  104  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.68 
 
 
395 aa  105  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1992  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.09 
 
 
380 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0274072  hitchhiker  0.000000073122 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.41 
 
 
375 aa  104  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.69 
 
 
397 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.68 
 
 
395 aa  105  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.28 
 
 
375 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.28 
 
 
375 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.8 
 
 
376 aa  104  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.28 
 
 
375 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.35 
 
 
382 aa  104  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2849  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.28 
 
 
375 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.29 
 
 
376 aa  104  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000241136 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.28 
 
 
375 aa  104  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2470  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.09 
 
 
380 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00847211  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.47 
 
 
376 aa  103  4e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.99 
 
 
375 aa  103  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.66 
 
 
383 aa  103  5e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.68 
 
 
383 aa  103  6e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.04 
 
 
397 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2784  peptidase M20  31.03 
 
 
394 aa  102  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0277  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.21 
 
 
401 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1734  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.95 
 
 
377 aa  102  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.98 
 
 
363 aa  102  1e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  33.06 
 
 
437 aa  102  1e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3179  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.74 
 
 
399 aa  102  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0449668  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.86 
 
 
380 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.99 
 
 
374 aa  102  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.99 
 
 
374 aa  102  2e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.66 
 
 
379 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.52 
 
 
381 aa  101  3e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.41 
 
 
375 aa  100  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0095  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.71 
 
 
429 aa  101  3e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.276055  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.94 
 
 
376 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.4 
 
 
375 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>