More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_0981 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009486  Tpet_0981  RNA-binding S1 domain-containing protein  100 
 
 
124 aa  242  9.999999999999999e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000445297  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1149  RNA-binding S1 domain-containing protein  97.58 
 
 
124 aa  236  5.999999999999999e-62  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000879414  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1805  RNA-binding S1 domain-containing protein  51.69 
 
 
123 aa  118  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000194904  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0168  RNA-binding S1 domain-containing protein  55.93 
 
 
119 aa  116  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000107676  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1166  RNA-binding S1 domain-containing protein  52.38 
 
 
123 aa  114  5e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000391852  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0653  RNA binding S1 domain protein  44.17 
 
 
120 aa  95.5  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000131287  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00520  RNA binding S1 domain protein  40.5 
 
 
124 aa  95.9  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.85433e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0543  hypothetical protein  39.84 
 
 
133 aa  89  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000100816  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0530  hypothetical protein  39.84 
 
 
133 aa  89  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000417558  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0146  hypothetical protein  39.84 
 
 
133 aa  88.2  4e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1301  RNA binding S1 domain protein  41.53 
 
 
140 aa  87.8  4e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000152887  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0058  hypothetical protein  37.19 
 
 
132 aa  85.9  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000238948  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2662  RNA binding S1  35.43 
 
 
140 aa  85.1  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000144376  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0265  RNA binding S1 domain-containing protein  40 
 
 
125 aa  84.3  5e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.383538  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0674  RNA binding S1  34.55 
 
 
127 aa  83.2  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.175739 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0066  RNA binding S1 domain protein  39.05 
 
 
129 aa  80.9  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3080  RNA binding S1 domain protein  33.09 
 
 
144 aa  80.9  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000220475  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0056  hypothetical protein  36.89 
 
 
132 aa  80.5  0.000000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0191  RNA binding S1 domain protein  34.45 
 
 
134 aa  80.1  0.000000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0092  RNA binding S1  35.77 
 
 
130 aa  79.3  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000304617  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0056  hypothetical protein  33.33 
 
 
152 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000148596  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3006  general stress protein 13  42.86 
 
 
124 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0142  RNA binding S1 domain protein  33.9 
 
 
128 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000417569  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0122  RNA-binding S1 domain-containing protein  34.15 
 
 
126 aa  74.7  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0056  hypothetical protein  30.67 
 
 
161 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000117621  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0812  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.91 
 
 
706 aa  73.2  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2264  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0696  hypothetical protein  29.63 
 
 
140 aa  72.4  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000983919  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.87 
 
 
711 aa  72  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.57 
 
 
705 aa  72.4  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5250  hypothetical protein  30.67 
 
 
161 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000341067  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0589  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.91 
 
 
706 aa  72  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119802  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0066  hypothetical protein  30.67 
 
 
161 aa  72  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000157952  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0070  hypothetical protein  30.87 
 
 
160 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000137683  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0059  hypothetical protein  30.87 
 
 
160 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000000544172  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0060  hypothetical protein  30.87 
 
 
160 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201317  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0056  hypothetical protein  30.87 
 
 
160 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.61011e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0056  hypothetical protein  30.87 
 
 
160 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000079318  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0060  hypothetical protein  30.87 
 
 
160 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000119651  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0067  hypothetical protein  30.87 
 
 
160 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.59 
 
 
711 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.234004 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  43.59 
 
 
711 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.59 
 
 
711 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.59 
 
 
711 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.59 
 
 
711 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.59 
 
 
711 aa  70.9  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.59 
 
 
711 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.59 
 
 
734 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.7 
 
 
706 aa  70.5  0.000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  43.59 
 
 
734 aa  70.5  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0075  RNA binding S1 domain protein  34.68 
 
 
120 aa  69.7  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000591466  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3592  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.3 
 
 
705 aa  68.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.42208  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.3 
 
 
705 aa  68.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0042224  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3999  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.3 
 
 
705 aa  68.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0265  RNA-binding S1 domain-containing protein  30.07 
 
 
164 aa  69.3  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0089  RNA binding S1  27.66 
 
 
152 aa  69.3  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3342  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.53 
 
 
722 aa  68.6  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2797  hypothetical protein  31.01 
 
 
134 aa  68.2  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000000939181  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2483  hypothetical protein  31.01 
 
 
134 aa  68.2  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000579369  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  43.59 
 
 
711 aa  68.2  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03393  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  37.08 
 
 
710 aa  67.4  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.16 
 
 
702 aa  67  0.00000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  47.46 
 
 
562 aa  66.2  0.0000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.11 
 
 
702 aa  66.6  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0967354  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.89 
 
 
713 aa  66.6  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.03 
 
 
698 aa  65.9  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.91 
 
 
710 aa  65.5  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000019638  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3344  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.11 
 
 
722 aa  65.5  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1567  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  36.97 
 
 
268 aa  65.1  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.53 
 
 
749 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.53 
 
 
703 aa  65.1  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141024  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.42 
 
 
720 aa  65.1  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.53 
 
 
721 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.53 
 
 
721 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.03 
 
 
712 aa  64.7  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01817  Polynucleotide phosphorylase  38.1 
 
 
353 aa  64.3  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00061601  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.02 
 
 
700 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.86 
 
 
705 aa  63.9  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002613  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  41.67 
 
 
711 aa  63.5  0.0000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  43.33 
 
 
678 aa  63.9  0.0000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.77 
 
 
699 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5184  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  37.37 
 
 
753 aa  63.5  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161227  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.51 
 
 
702 aa  62.8  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.84 
 
 
702 aa  63.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000150136 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  42.11 
 
 
690 aa  63.2  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3810  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.2 
 
 
774 aa  63.2  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  42.11 
 
 
692 aa  63.2  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.47 
 
 
729 aa  62.4  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.47 
 
 
729 aa  62.4  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0602  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.96 
 
 
718 aa  62.4  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.597018  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.82 
 
 
716 aa  62.4  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.382985  normal  0.134416 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0729  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  41.56 
 
 
695 aa  62.8  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.504772  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0225  RNA binding S1 domain protein  34.43 
 
 
134 aa  61.6  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000584856  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5457  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.1 
 
 
701 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3384  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.66 
 
 
704 aa  61.6  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000712799  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.55 
 
 
700 aa  61.6  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000261182  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0627  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.73 
 
 
697 aa  61.6  0.000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.55 
 
 
703 aa  61.6  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.1 
 
 
701 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3412  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.55 
 
 
700 aa  61.6  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000844924  hitchhiker  0.000972679 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.1 
 
 
722 aa  61.2  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>