267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_0669 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009486  Tpet_0669  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
86 aa  176  1e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  2.39992e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0693  50S ribosomal protein L28  100 
 
 
70 aa  143  8e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  2.18766e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1024  ribosomal protein L28  64.29 
 
 
73 aa  100  7e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1027  50S ribosomal protein L28  64.06 
 
 
70 aa  89  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.807018  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1833  ribosomal protein L28  59.68 
 
 
63 aa  82  3e-15  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  3.22971e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1329  ribosomal protein L28  57.81 
 
 
63 aa  77.8  5e-14  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0072  ribosomal protein L28  54.84 
 
 
66 aa  77.4  6e-14  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1088  50S ribosomal protein L28  58.06 
 
 
64 aa  77  8e-14  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0368802  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1846  50S ribosomal protein L28  57.81 
 
 
69 aa  76.3  1e-13  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2425  50S ribosomal protein L28  57.81 
 
 
69 aa  76.3  1e-13  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00488373  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1351  ribosomal protein L28  51.61 
 
 
63 aa  75.9  2e-13  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  3.1136e-09  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0315  ribosomal protein L28  56.45 
 
 
64 aa  73.6  1e-12  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0997058 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2515  50S ribosomal protein L28  56.45 
 
 
73 aa  72.4  2e-12  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00246839 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0861  50S ribosomal protein L28  56.67 
 
 
63 aa  71.6  3e-12  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.582934  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1384  50S ribosomal protein L28  53.23 
 
 
69 aa  70.9  5e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.626686  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1410  ribosomal protein L28  51.61 
 
 
65 aa  70.9  6e-12  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1582  50S ribosomal protein L28  51.61 
 
 
62 aa  70.9  6e-12  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.169175  normal  0.0677157 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11200  LSU ribosomal protein L28P  48.44 
 
 
63 aa  70.5  8e-12  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00741345  normal  0.589072 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3105  50S ribosomal protein L28  53.23 
 
 
69 aa  70.1  9e-12  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00824796 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2199  ribosomal protein L28  58.93 
 
 
62 aa  70.1  9e-12  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000434288  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3209  50S ribosomal protein L28  46.88 
 
 
63 aa  69.7  1e-11  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  2.52463e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1054  50S ribosomal protein L28  46.88 
 
 
63 aa  69.7  1e-11  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.60448e-09 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3158  50S ribosomal protein L28  48.44 
 
 
63 aa  69.7  1e-11  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  3.4404e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2282  50S ribosomal protein L28  43.75 
 
 
64 aa  68.9  2e-11  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000117846  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2705  50S ribosomal protein L28  56.45 
 
 
73 aa  69.3  2e-11  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.148445  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2611  50S ribosomal protein L28  56.45 
 
 
73 aa  69.3  2e-11  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.214698  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1870  50S ribosomal protein L28  51.67 
 
 
63 aa  68.9  2e-11  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.252757  hitchhiker  0.00588786 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2281  ribosomal protein L28  53.12 
 
 
63 aa  68.9  2e-11  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.921868  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2306  ribosomal protein L28  53.23 
 
 
63 aa  68.6  3e-11  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000277359  hitchhiker  0.00207431 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1489  50S ribosomal protein L28  50.85 
 
 
64 aa  67.8  4e-11  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1978  ribosomal protein L28  55 
 
 
63 aa  68.2  4e-11  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1599  ribosomal protein L28  54.84 
 
 
63 aa  67.8  5e-11  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.118931  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2234  50S ribosomal protein L28  50 
 
 
63 aa  67.8  5e-11  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000532075  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1980  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 
64 aa  67  7e-11  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.14482  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10800  LSU ribosomal protein L28P  50 
 
 
64 aa  67  7e-11  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.53049  normal  0.175156 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1914  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 
64 aa  67  7e-11  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.244589  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4214  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 
64 aa  67.4  7e-11  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.220896  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1934  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 
64 aa  67  7e-11  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1345  50S ribosomal protein L28  49.15 
 
 
63 aa  67  8e-11  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.222058  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05560  LSU ribosomal protein L28P  48.39 
 
 
63 aa  67  8e-11  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8027  50S ribosomal protein L28  50 
 
 
65 aa  67  8e-11  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102567  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1508  50S ribosomal protein L28  51.56 
 
 
63 aa  67  8e-11  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1277  50S ribosomal protein L28  48.39 
 
 
63 aa  67  9e-11  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.726545 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0971  50S ribosomal protein L28  46.03 
 
 
63 aa  67  9e-11  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.560189  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1167  50S ribosomal protein L28  48.39 
 
 
63 aa  67  9e-11  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.422025  unclonable  2.08051e-08 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0475  50S ribosomal protein L28  49.15 
 
 
64 aa  67  9e-11  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.373803  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0500  50S ribosomal protein L28  49.15 
 
 
64 aa  67  9e-11  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.146333  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2153  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 
64 aa  66.6  1e-10  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.757041  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09970  LSU ribosomal protein L28P  50 
 
 
62 aa  66.6  1e-10  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  7.86411e-07  hitchhiker  1.65787e-06 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1367  50S ribosomal protein L28  48.39 
 
 
61 aa  65.5  2e-10  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.23268  normal  0.35924 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3202  ribosomal protein L28  51.67 
 
 
63 aa  65.5  2e-10  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2323  50S ribosomal protein L28  45.31 
 
 
63 aa  65.9  2e-10  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.28928e-19  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1676  ribosomal protein L28  46.88 
 
 
63 aa  65.9  2e-10  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000538501  hitchhiker  0.00422618 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1608  ribosomal protein L28  49.15 
 
 
62 aa  65.9  2e-10  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1518  ribosomal protein L28  53.23 
 
 
62 aa  65.1  3e-10  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3274  ribosomal protein L28  45.16 
 
 
64 aa  65.1  3e-10  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0370278  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8002  LSU ribosomal protein L28P  53.23 
 
 
61 aa  65.1  3e-10  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.317284 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1744  50S ribosomal protein L28  50.85 
 
 
62 aa  65.1  3e-10  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  2.05787e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3439  ribosomal protein L28  50 
 
 
64 aa  64.7  4e-10  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2835  ribosomal protein L28  50 
 
 
63 aa  64.7  4e-10  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00627595  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0071  ribosomal protein L28  50 
 
 
63 aa  64.7  4e-10  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1289  50S ribosomal protein L28  46.88 
 
 
63 aa  64.3  5e-10  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.61707e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2056  50S ribosomal protein L28  51.61 
 
 
63 aa  64.3  5e-10  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  8.51837e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0722  50S ribosomal protein L28  45.76 
 
 
63 aa  64.3  5e-10  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0863  ribosomal protein L28  48.39 
 
 
62 aa  64.3  6e-10  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  6.49528e-09  normal  0.761868 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12990  50S ribosomal protein L28  47.62 
 
 
64 aa  63.9  6e-10  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.400597  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2112  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 
63 aa  63.5  8e-10  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.239307  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5979  ribosomal protein L28  50 
 
 
63 aa  63.5  8e-10  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4037  ribosomal protein L28  46.67 
 
 
63 aa  63.2  1e-09  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1029  50S ribosomal protein L28  45.76 
 
 
64 aa  63.2  1e-09  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.605821  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1343  LSU ribosomal protein L28P  46.77 
 
 
63 aa  63.2  1e-09  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.754318  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2786  50S ribosomal protein L28  50 
 
 
61 aa  62  2e-09  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408357  normal  0.0710246 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1163  50S ribosomal protein L28  46.88 
 
 
63 aa  62.4  2e-09  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.360169  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0821  ribosomal protein L28  48.39 
 
 
63 aa  62.4  2e-09  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3839  50S ribosomal protein L28  48.44 
 
 
63 aa  61.6  3e-09  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.14599e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0627  50S ribosomal protein L28  50 
 
 
63 aa  62  3e-09  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00471545  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2397  50S ribosomal protein L28  43.75 
 
 
63 aa  62  3e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  2.22806e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0920  50S ribosomal protein L28P  50 
 
 
62 aa  61.6  3e-09  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  1.06918e-13  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0905  ribosomal protein L28  43.75 
 
 
64 aa  61.2  4e-09  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  2.8073e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0165  50S ribosomal protein L28  48.39 
 
 
62 aa  61.2  5e-09  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  0.0994287 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4672  ribosomal protein L28  45.07 
 
 
73 aa  61.2  5e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0206  ribosomal protein L28  51.61 
 
 
61 aa  60.8  6e-09  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0670  ribosomal protein L28  48.39 
 
 
62 aa  60.8  7e-09  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  4.25645e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0072  ribosomal protein L28  46.88 
 
 
64 aa  60.1  9e-09  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0514573  hitchhiker  1.35012e-13 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3704  ribosomal protein L28  50 
 
 
62 aa  59.7  1e-08  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3608  50S ribosomal protein L28  50 
 
 
62 aa  60.1  1e-08  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0645  50S ribosomal protein L28  47.62 
 
 
62 aa  60.1  1e-08  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1987  50S ribosomal protein L28  45.31 
 
 
63 aa  59.3  2e-08  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09220  LSU ribosomal protein L28P  46.67 
 
 
66 aa  58.5  3e-08  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0555993  normal  0.483187 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1368  50S ribosomal protein L28P  53.12 
 
 
71 aa  58.5  3e-08  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.266666  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1705  50S ribosomal protein L28  43.75 
 
 
63 aa  58.2  4e-08  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3287  50S ribosomal protein L28P  48.39 
 
 
61 aa  57.4  6e-08  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0886721  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18440  LSU ribosomal protein L28P  52.46 
 
 
65 aa  57.4  7e-08  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0905979  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1602  50S ribosomal protein L28  42.37 
 
 
62 aa  57  8e-08  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0757  50S ribosomal protein L28  45.31 
 
 
62 aa  57  8e-08  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.744153  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0395  50S ribosomal protein L28  61.9 
 
 
79 aa  57  9e-08  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.249784  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1790  50S ribosomal protein L28  61.9 
 
 
79 aa  57  9e-08  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.588702  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1131  50S ribosomal protein L28  48.39 
 
 
62 aa  56.2  1e-07  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.15026 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2089  50S ribosomal protein L28  45.31 
 
 
62 aa  54.7  5e-07  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0729886  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1883  50S ribosomal protein L28  40.62 
 
 
62 aa  54.3  6e-07  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>