More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_0574 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009486  Tpet_0574  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 253 aa  518  1e-146  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000629115  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 		 253 aa  518  1e-146  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1201  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  44.57 
 
 		 261 aa  239  4e-62  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  36.95 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  37.05 
 
 		 268 aa  142  7e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  37.05 
 
 		 268 aa  142  7e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  34.52 
 
 		 279 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  34.14 
 
 		 283 aa  138  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 279 aa  137  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  36.22 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  34.8 
 
 		 269 aa  135  6.0000000000000005e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  35.37 
 
 		 273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  37.94 
 
 		 275 aa  133  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  32.94 
 
 		 280 aa  133  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.85 
 
 		 284 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  34.14 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 285 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 285 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.73 
 
 		 277 aa  124  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 282 aa  123  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.51 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 273 aa  124  2e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 		 277 aa  123  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  36.72 
 
 		 288 aa  123  3e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 277 aa  122  4e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  122  6e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 277 aa  122  7e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  34.36 
 
 		 280 aa  121  9.999999999999999e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 277 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  31.05 
 
 		 286 aa  119  6e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 277 aa  119  7e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 308 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  34.26 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 289 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 276 aa  115  7.999999999999999e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 269 aa  115  8.999999999999998e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  32.16 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 		 278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 		 284 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  34.9 
 
 		 283 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  34.12 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  34.25 
 
 		 273 aa  113  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  34.25 
 
 		 273 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  34.25 
 
 		 273 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0805  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.72 
 
 		 269 aa  112  4.0000000000000004e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.108748  normal  0.164141 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 280 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 280 aa  112  6e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 292 aa  111  8.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 		 279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  36.05 
 
 		 283 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 		 279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  32.14 
 
 		 288 aa  109  5e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  30.83 
 
 		 289 aa  108  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  34.39 
 
 		 289 aa  108  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 286 aa  108  9.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  32.56 
 
 		 285 aa  107  1e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  32.37 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  33.6 
 
 		 279 aa  106  3e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.92 
 
 		 278 aa  106  3e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 		 261 aa  106  4e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 273 aa  105  6e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.71 
 
 		 271 aa  105  6e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  31.89 
 
 		 270 aa  105  7e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 271 aa  105  9e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  32.81 
 
 		 282 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 286 aa  104  1e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.05 
 
 		 288 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  30.28 
 
 		 265 aa  103  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.54 
 
 		 279 aa  103  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  32.42 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 286 aa  102  5e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 275 aa  102  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  32.14 
 
 		 278 aa  102  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  36.99 
 
 		 270 aa  102  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00031  shikimate 5-dehydrogenase  29.53 
 
 		 279 aa  102  7e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0702833  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  31.58 
 
 		 269 aa  102  7e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  35.47 
 
 		 292 aa  102  7e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  30.92 
 
 		 271 aa  102  8e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  38.71 
 
 		 265 aa  101  1e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  31.1 
 
 		 273 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  28.91 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  29.92 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.68 
 
 		 278 aa  100  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  29.28 
 
 		 262 aa  100  2e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  29.8 
 
 		 271 aa  100  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>