More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_0458 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
311 aa  625  1e-178  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  99.04 
 
 
311 aa  620  1e-177  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  63.46 
 
 
306 aa  412  1e-114  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  61.36 
 
 
314 aa  411  1e-114  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  54.75 
 
 
319 aa  334  1e-90  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  55.03 
 
 
305 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  50.33 
 
 
326 aa  291  7e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  49.34 
 
 
306 aa  287  1e-76  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  49.01 
 
 
306 aa  286  2e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.49 
 
 
303 aa  285  7e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  48.23 
 
 
313 aa  285  8e-76  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  51.18 
 
 
331 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  47.04 
 
 
309 aa  282  6.000000000000001e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  51.75 
 
 
323 aa  278  6e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  47.64 
 
 
302 aa  278  8e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  48.65 
 
 
305 aa  278  8e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  46.96 
 
 
302 aa  276  3e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  46.62 
 
 
302 aa  276  3e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.62 
 
 
302 aa  276  3e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.62 
 
 
302 aa  276  5e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  46.62 
 
 
302 aa  276  5e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.62 
 
 
302 aa  276  5e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.62 
 
 
302 aa  275  7e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.96 
 
 
302 aa  275  9e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  48.25 
 
 
305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  49.32 
 
 
334 aa  273  2.0000000000000002e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  48.49 
 
 
304 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  48.47 
 
 
303 aa  273  3e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.67 
 
 
308 aa  273  3e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  47.22 
 
 
302 aa  272  5.000000000000001e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  47.57 
 
 
302 aa  271  1e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.7 
 
 
343 aa  270  2e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  46.36 
 
 
306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  45.21 
 
 
316 aa  268  5.9999999999999995e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  44 
 
 
315 aa  266  2.9999999999999995e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  48.16 
 
 
304 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  48.15 
 
 
300 aa  266  5e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.18 
 
 
306 aa  263  3e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  47.32 
 
 
315 aa  261  1e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  45.27 
 
 
305 aa  258  8e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.98 
 
 
303 aa  258  1e-67  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.5 
 
 
322 aa  257  2e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.97 
 
 
305 aa  256  3e-67  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.61 
 
 
301 aa  256  3e-67  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.58 
 
 
296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  44.63 
 
 
322 aa  253  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  43.65 
 
 
304 aa  253  3e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.42 
 
 
296 aa  252  5.000000000000001e-66  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  44.75 
 
 
310 aa  251  9.000000000000001e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  44.92 
 
 
320 aa  250  2e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  44.48 
 
 
341 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  45.3 
 
 
305 aa  249  5e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  45.3 
 
 
305 aa  249  5e-65  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.85 
 
 
319 aa  248  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.38 
 
 
300 aa  247  2e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.76 
 
 
300 aa  245  8e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 
341 aa  245  8e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  43.71 
 
 
302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  44.48 
 
 
326 aa  243  3e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  43.73 
 
 
313 aa  243  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  46.78 
 
 
318 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  44.16 
 
 
332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  44.77 
 
 
319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  46.74 
 
 
320 aa  242  5e-63  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.03 
 
 
343 aa  241  7.999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  44.77 
 
 
319 aa  241  1e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.3 
 
 
347 aa  240  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.48 
 
 
312 aa  240  2e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.43 
 
 
334 aa  241  2e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  45.48 
 
 
327 aa  239  4e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.48 
 
 
326 aa  239  5.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  45 
 
 
313 aa  238  6.999999999999999e-62  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  41.85 
 
 
344 aa  238  6.999999999999999e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.51 
 
 
332 aa  238  6.999999999999999e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  42.99 
 
 
334 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  42.05 
 
 
306 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  42.9 
 
 
334 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  42.9 
 
 
345 aa  236  4e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.81 
 
 
333 aa  235  7e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.29 
 
 
324 aa  235  8e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.14 
 
 
326 aa  234  1.0000000000000001e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.79 
 
 
326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.67 
 
 
312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  41.67 
 
 
304 aa  233  3e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  39.82 
 
 
377 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  43.05 
 
 
311 aa  233  5e-60  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.9 
 
 
321 aa  231  8.000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  41.64 
 
 
482 aa  231  9e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  43.63 
 
 
345 aa  231  1e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.85 
 
 
349 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  43.89 
 
 
337 aa  230  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  41.75 
 
 
323 aa  230  3e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  41.58 
 
 
328 aa  229  4e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  42.16 
 
 
426 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  43.85 
 
 
349 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  41.69 
 
 
342 aa  229  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  40.75 
 
 
336 aa  229  5e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  40.62 
 
 
342 aa  228  1e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  39.05 
 
 
329 aa  228  1e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  41.08 
 
 
324 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>