More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_0071 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 309 aa  628  1e-179  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  97.09 
 
 		 309 aa  611  9.999999999999999e-175  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  54.13 
 
 		 308 aa  333  2e-90  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  56.91 
 
 		 304 aa  323  3e-87  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  47.08 
 
 		 305 aa  288  7e-77  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  40.21 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  40.21 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  40.34 
 
 		 297 aa  199  6e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 323 aa  193  3e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  37.02 
 
 		 300 aa  192  9e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  41.47 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  37.15 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  36.92 
 
 		 283 aa  187  2e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  36.13 
 
 		 306 aa  186  5e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  36.16 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  37.01 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  35.79 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 		 307 aa  177  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  37.91 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  35.84 
 
 		 311 aa  176  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  38.44 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  38.6 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  36.91 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  33.11 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  35.94 
 
 		 321 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  35.94 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  35.94 
 
 		 321 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  35.94 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  35.94 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  35.94 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  35.48 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  35.94 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  37.23 
 
 		 295 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  38.31 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  38.8 
 
 		 292 aa  172  9e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  35.46 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  34.52 
 
 		 309 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  36.52 
 
 		 295 aa  169  6e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  36.51 
 
 		 299 aa  168  8e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  34.97 
 
 		 318 aa  168  9e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  38.75 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  36.33 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  39.84 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  35.31 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  34.62 
 
 		 318 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1212  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.977984  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  35.81 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  35.34 
 
 		 301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2510  tRNA pseudouridine synthase B  37.9 
 
 		 308 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  34.39 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  35.97 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  35.97 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  34.26 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 293 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  35.61 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  35.61 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 		 322 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 		 323 aa  162  9e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  35.61 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  37.46 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 		 283 aa  161  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  39.11 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  35.99 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  33.81 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.6 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  35.19 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  33.09 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  33.45 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  34.63 
 
 		 315 aa  159  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 307 aa  159  7e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 		 310 aa  159  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  34.62 
 
 		 310 aa  159  8e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 307 aa  158  8e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  32.19 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  32.19 
 
 		 305 aa  158  9e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  38.04 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  37.3 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  36.03 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0735  tRNA pseudouridine synthase B  32.72 
 
 		 285 aa  158  1e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  36.3 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  34.95 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2436  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.437878  normal  0.907986 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  36.3 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  44.91 
 
 		 249 aa  157  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  34.6 
 
 		 307 aa  156  3e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  34 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  33.45 
 
 		 309 aa  156  4e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  34 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  35.36 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  35.64 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  34.28 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0056  tRNA pseudouridine synthase B  34.84 
 
 		 354 aa  155  6e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  32.88 
 
 		 317 aa  155  8e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>