More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpen_0461 on replicon NC_008698
Organism: Thermofilum pendens Hrk 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  100 
 
 
338 aa  691    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  53.07 
 
 
331 aa  355  5.999999999999999e-97  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  52.76 
 
 
331 aa  355  7.999999999999999e-97  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  51.41 
 
 
321 aa  351  1e-95  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  50.31 
 
 
328 aa  343  2e-93  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000787218 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  51.56 
 
 
333 aa  342  7e-93  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.17 
 
 
338 aa  330  2e-89  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.74 
 
 
333 aa  322  7e-87  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.74 
 
 
333 aa  322  7e-87  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.19 
 
 
335 aa  321  9.000000000000001e-87  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.74 
 
 
333 aa  321  9.999999999999999e-87  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  48.16 
 
 
359 aa  316  3e-85  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  47.74 
 
 
331 aa  314  9.999999999999999e-85  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  45.92 
 
 
331 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  46.33 
 
 
332 aa  291  8e-78  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  44.24 
 
 
484 aa  291  1e-77  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  44.69 
 
 
475 aa  289  4e-77  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  44.69 
 
 
503 aa  287  1e-76  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  47.04 
 
 
411 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  42.99 
 
 
481 aa  282  7.000000000000001e-75  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  50.69 
 
 
302 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  46.2 
 
 
322 aa  266  2.9999999999999995e-70  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  49.32 
 
 
299 aa  265  8e-70  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1369  pseudouridylate synthase TruB domain protein  49.4 
 
 
251 aa  256  3e-67  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.862548  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  41.84 
 
 
286 aa  249  4e-65  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  43.69 
 
 
310 aa  247  3e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  50.41 
 
 
295 aa  241  1e-62  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  45.32 
 
 
304 aa  237  2e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  44.17 
 
 
282 aa  232  6e-60  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  42.76 
 
 
299 aa  230  3e-59  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  46.09 
 
 
343 aa  228  8e-59  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  39.03 
 
 
314 aa  216  4e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0057  PUA domain-containing protein  44.92 
 
 
233 aa  207  2e-52  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.510728 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  36.65 
 
 
304 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  29.57 
 
 
299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  35.14 
 
 
302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  33.09 
 
 
303 aa  129  6e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  30.6 
 
 
309 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  31.02 
 
 
309 aa  127  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  32.22 
 
 
309 aa  124  3e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  29.29 
 
 
298 aa  124  3e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  31.83 
 
 
305 aa  122  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  31.11 
 
 
309 aa  122  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  30.53 
 
 
307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  30.58 
 
 
304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  32.49 
 
 
302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  30.58 
 
 
304 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  30.8 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  30.45 
 
 
305 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  31.92 
 
 
305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  31.54 
 
 
306 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  32.55 
 
 
307 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  30.41 
 
 
371 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  30.8 
 
 
305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  33.21 
 
 
310 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  27.57 
 
 
297 aa  116  5e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  31.96 
 
 
309 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  35.5 
 
 
294 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  30.69 
 
 
299 aa  115  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  29.24 
 
 
312 aa  115  8.999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  28.47 
 
 
300 aa  115  8.999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  28.46 
 
 
303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  29.19 
 
 
310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  32.5 
 
 
303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  34.54 
 
 
306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  30.27 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  33.33 
 
 
309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  31.94 
 
 
303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  29.64 
 
 
292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  31.42 
 
 
304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  29.56 
 
 
318 aa  112  7.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  30.1 
 
 
305 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  32 
 
 
305 aa  112  9e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  32 
 
 
305 aa  112  9e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  32.82 
 
 
318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  27.97 
 
 
317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  33.82 
 
 
305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  30.38 
 
 
305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  31.91 
 
 
295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  31.91 
 
 
295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  30.04 
 
 
313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  32.68 
 
 
310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  28.63 
 
 
324 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  30.83 
 
 
308 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  28.63 
 
 
324 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
328 aa  110  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  29.53 
 
 
300 aa  110  3e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  28.63 
 
 
324 aa  110  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  31.43 
 
 
310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  32.68 
 
 
310 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  31.89 
 
 
310 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  32.05 
 
 
318 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  32.67 
 
 
304 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1222  tRNA pseudouridine synthase B  32.53 
 
 
294 aa  109  7.000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.732593  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  29.85 
 
 
294 aa  109  8.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  29.41 
 
 
305 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  30.22 
 
 
300 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05391  tRNA pseudouridine synthase B  32.52 
 
 
323 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  29.64 
 
 
311 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  28.67 
 
 
301 aa  107  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>