298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_R0055 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0007  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0009  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00118273  normal  0.0247339 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0057  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.32045  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0056  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0061  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381329 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0054  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0007  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0057  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.783183  normal  0.0478454 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0055  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0007  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 73 bp  111  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.818817  hitchhiker  0.0000144488 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0009  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0006  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0005  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134244  hitchhiker  0.00821182 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01900  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.952445 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26100  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 73 bp  103  6e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0005  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 73 bp  103  6e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0006  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 73 bp  103  6e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0063  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0006  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27060  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.14879  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14043  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0938748  normal  0.536997 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03370  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0006  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.652554  normal  0.867561 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0012  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.592098  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0007  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.866395  normal  0.129572 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  95.08 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0008  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56031  normal  0.0314068 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0009  tRNA-Arg  92.19 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0057  tRNA-Arg  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.921424  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0053  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376557  hitchhiker  8.69297e-22 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  90.67 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0080  tRNA-Arg  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0050  tRNA-Arg  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000344943  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0111  tRNA-Arg  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0023  tRNA-Arg  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.157994  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0070  tRNA-Arg  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135947  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0062  tRNA-Arg  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0020  tRNA-Arg  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0059  tRNA-Arg  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.673271  normal  0.352289 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0911  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0732179  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0005  tRNA-Arg  90.62 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0022  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000027529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0061  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0006  tRNA-Arg  97.67 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0063  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.257054  normal  0.817877 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0008  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.119735  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0003  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2987  ABC transporter related  100 
 
 		 1668 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000223105 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0011  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.836815 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0011  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.223913  normal  0.579153 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0048  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00527947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0014  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0054104  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2167  tRNA-Arg  88 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0098  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237653  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0007  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0012  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.75723  normal  0.670239 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0009  tRNA-Arg  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.190028  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0032  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309359  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309183  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.609025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309275  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1371  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.579151 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0041  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0038  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.427754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0043  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0006  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.981742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0048  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.153389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0007  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0847038  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0065  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.68192e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0040  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000753452  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0019  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.2337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>