174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_R0004 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  98.36 
 
 
74 bp  113  6e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  96.72 
 
 
74 bp  105  1e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0031  tRNA-Met  91.43 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0028  tRNA-Met  91.43 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.260556 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0028  tRNA-Met  91.43 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.882337  normal  0.0510984 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0032  tRNA-Met  93.44 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366508  normal  0.496339 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  94 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  92.59 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0022  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  95.45 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0037  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  91.53 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16830  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  90.74 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  90.74 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  90.57 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  88.52 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0064  tRNA-Ile  91.49 
 
 
67 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.773067  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0055  tRNA-Met  87.93 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0266099  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0021  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213808  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  90 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  88.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  88.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  88.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  88.68 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  88.46 
 
 
77 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  84.21 
 
 
77 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  88.46 
 
 
77 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  88.14 
 
 
76 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11950  tRNA-Met  86.44 
 
 
77 bp  54  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0612113  normal  0.0857463 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  87.04 
 
 
74 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  87.04 
 
 
77 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-1  tRNA-Met  91.89 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0025  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0688964  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  85.25 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000188757  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  86.79 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0968  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228229  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0003  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240347  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  86.79 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0048  tRNA-Lys  88.68 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0038  tRNA-Met  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.545151  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0018  tRNA-Met  93.94 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000793329  hitchhiker  0.000000622773 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0043  tRNA-Lys  88.68 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0523959 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2668  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347183  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2409  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0019  tRNA-Met  93.94 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0002  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.584734  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0085  tRNA-Met  93.94 
 
 
79 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0015  tRNA-Met  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0103939  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  85.71 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0073  tRNA-Met  86.54 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000840179  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>