More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_4060 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
136 aa  273  5e-73  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  64.75 
 
 
150 aa  166  8e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1479  carboxymuconolactone decarboxylase  49.6 
 
 
133 aa  129  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.1 
 
 
132 aa  127  8.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001374  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.93 
 
 
125 aa  124  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210016  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  50.41 
 
 
128 aa  123  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4266  carboxymuconolactone decarboxylase  50.41 
 
 
128 aa  123  9e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  50.41 
 
 
128 aa  123  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0086  Carboxymuconolactone decarboxylase  50.41 
 
 
128 aa  123  9e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2188  carboxymuconolactone decarboxylase  46.77 
 
 
129 aa  122  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0083  carboxymuconolactone decarboxylase  49.59 
 
 
128 aa  121  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
128 aa  121  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4049  carboxymuconolactone decarboxylase  47.9 
 
 
134 aa  119  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1817  Carboxymuconolactone decarboxylase  47.93 
 
 
152 aa  118  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.291528 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3873  carboxymuconolactone decarboxylase  45.08 
 
 
125 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2209  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  47.11 
 
 
132 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231556  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2239  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  43.22 
 
 
122 aa  115  9.999999999999999e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1373  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  45.16 
 
 
132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378973  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0034  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  45.16 
 
 
132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0633482  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1134  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  45.16 
 
 
132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1863  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  45.16 
 
 
132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2370  putative carboxymuconolactone decarboxylase  46.67 
 
 
148 aa  115  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.006176  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  49.22 
 
 
275 aa  115  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7471  Carboxymuconolactone decarboxylase  50.4 
 
 
299 aa  115  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3680  Carboxymuconolactone decarboxylase  48.33 
 
 
152 aa  113  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2219  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  44.35 
 
 
132 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2385  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  44.35 
 
 
132 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2257  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  44.35 
 
 
132 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769981  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1568  carboxymuconolactone decarboxylase  49.02 
 
 
109 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2083  Carboxymuconolactone decarboxylase  48.54 
 
 
123 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.995495 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2653  Carboxymuconolactone decarboxylase  46.15 
 
 
138 aa  111  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5696  carboxymuconolactone decarboxylase  45.08 
 
 
130 aa  110  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1703  Carboxymuconolactone decarboxylase  41.8 
 
 
131 aa  109  1.0000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.232307  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2477  Carboxymuconolactone decarboxylase  49.48 
 
 
118 aa  108  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.333736 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0944  carboxymuconolactone decarboxylase  48.87 
 
 
132 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292875  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0837  putative carboxymuconolactone decarboxylase  49.48 
 
 
110 aa  107  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02340  Carboxymuconolactone decarboxylase  46.72 
 
 
138 aa  106  8.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0293457  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1430  carboxymuconolactone decarboxylase  46.67 
 
 
145 aa  103  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.346703  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1753  carboxymuconolactone decarboxylase  46.67 
 
 
144 aa  103  8e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165068 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2098  carboxymuconolactone decarboxylase  38.89 
 
 
295 aa  102  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.327283  normal  0.0268513 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1781  carboxymuconolactone decarboxylase  46.67 
 
 
144 aa  102  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1867  carboxymuconolactone decarboxylase  45.83 
 
 
144 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159406  hitchhiker  0.000781215 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6236  carboxymuconolactone decarboxylase  45.83 
 
 
144 aa  100  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1843  carboxymuconolactone decarboxylase  45.83 
 
 
144 aa  100  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19287  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5144  carboxymuconolactone decarboxylase  45.83 
 
 
144 aa  100  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0349025  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3042  Alpha/beta hydrolase  39.67 
 
 
380 aa  98.6  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.440112  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2473  Carboxymuconolactone decarboxylase  41.23 
 
 
260 aa  90.9  6e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15664  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0016  carboxymuconolactone decarboxylase  37.6 
 
 
261 aa  88.6  3e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3222  Carboxymuconolactone decarboxylase  37.93 
 
 
248 aa  88.6  3e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.02067  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0768  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.66 
 
 
250 aa  87.4  6e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.000000904176 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  40.19 
 
 
132 aa  85.9  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  57.69 
 
 
268 aa  85.5  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.4 
 
 
129 aa  85.1  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.24 
 
 
123 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3215  carboxymuconolactone decarboxylase  37.19 
 
 
124 aa  83.2  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6128  carboxymuconolactone decarboxylase  43.68 
 
 
125 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  41.74 
 
 
125 aa  79.7  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2396  Carboxymuconolactone decarboxylase  43.27 
 
 
130 aa  79.3  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.938127  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0843  carboxymuconolactone decarboxylase  36.15 
 
 
259 aa  79.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  0.096524 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0521  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  39.81 
 
 
127 aa  79  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.66457 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4713  carboxymuconolactone decarboxylase  38.13 
 
 
300 aa  79.3  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.269504 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1901  carboxymuconolactone decarboxylase  44.71 
 
 
129 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  49.37 
 
 
132 aa  77.8  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.97 
 
 
398 aa  78.2  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0470  carboxymuconolactone decarboxylase  40.2 
 
 
238 aa  77.4  0.00000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0123066  normal  0.044727 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1725  4-carboxymuconolactone decarboxylase, putative  35.78 
 
 
127 aa  76.6  0.0000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.910283  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2322  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.97 
 
 
129 aa  75.9  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.254356  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5940  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.53 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.1646 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3780  carboxymuconolactone decarboxylase  39 
 
 
218 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.971956  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2441  carboxymuconolactone decarboxylase  45.57 
 
 
276 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3257  carboxymuconolactone decarboxylase  37.8 
 
 
148 aa  75.9  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146193  normal  0.0594926 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  33.33 
 
 
125 aa  75.9  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0952  Carboxymuconolactone decarboxylase  39.25 
 
 
127 aa  75.9  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5081  Carboxymuconolactone decarboxylase  42.5 
 
 
122 aa  75.5  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4207  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.35 
 
 
135 aa  75.1  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1761  carboxymuconolactone decarboxylase  39.05 
 
 
239 aa  75.1  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0864645  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32360  Carboxymuconolactone decarboxylase protein  34.65 
 
 
256 aa  74.7  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0521  carboxymuconolactone decarboxylase  44.44 
 
 
108 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00160379  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  33.85 
 
 
132 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0608  Carboxymuconolactone decarboxylase  47.13 
 
 
99 aa  74.3  0.0000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7078  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.38 
 
 
134 aa  74.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0342158  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.77 
 
 
132 aa  73.9  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  34.38 
 
 
131 aa  73.6  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03072  4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  42.11 
 
 
108 aa  73.6  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0717  carboxymuconolactone decarboxylase  34.34 
 
 
147 aa  73.2  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.226817  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5179  carboxymuconolactone decarboxylase  49.35 
 
 
123 aa  73.6  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.351451  normal  0.0612334 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5222  Carboxymuconolactone decarboxylase  30 
 
 
126 aa  72  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2865  4-carboxymuconolactone decarboxylase, putative  36.44 
 
 
262 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.133043  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  35.2 
 
 
392 aa  72  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  31.97 
 
 
129 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2931  carboxymuconolactone decarboxylase  38.33 
 
 
129 aa  71.6  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000640912  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3459  carboxymuconolactone decarboxylase  38.46 
 
 
136 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.462387  hitchhiker  0.00164993 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4453  carboxymuconolactone decarboxylase  45 
 
 
396 aa  71.2  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0765828  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  30.71 
 
 
129 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  30.71 
 
 
129 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  30.71 
 
 
129 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3089  carboxymuconolactone decarboxylase  33.62 
 
 
265 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3552  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.52 
 
 
134 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5100  hypothetical protein  41.38 
 
 
128 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.04 
 
 
132 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>