More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_4039 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 
342 aa  699    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  60.29 
 
 
346 aa  403  1e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  57.85 
 
 
353 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  57.85 
 
 
353 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  56.94 
 
 
351 aa  385  1e-106  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  57.76 
 
 
359 aa  384  1e-105  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  55.85 
 
 
353 aa  363  2e-99  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  52.96 
 
 
360 aa  353  2e-96  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  51.4 
 
 
354 aa  350  1e-95  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  53.26 
 
 
366 aa  350  3e-95  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  51.12 
 
 
357 aa  349  4e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  57.28 
 
 
311 aa  345  5e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  51.53 
 
 
358 aa  337  1.9999999999999998e-91  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  51.96 
 
 
369 aa  332  5e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  51.4 
 
 
363 aa  332  7.000000000000001e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  50.99 
 
 
353 aa  332  7.000000000000001e-90  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  50.7 
 
 
353 aa  330  2e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  50.7 
 
 
353 aa  330  2e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  52.01 
 
 
346 aa  328  1.0000000000000001e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  50.84 
 
 
369 aa  324  1e-87  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  49.44 
 
 
359 aa  318  6e-86  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  49.86 
 
 
366 aa  318  7e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  49.45 
 
 
369 aa  315  9.999999999999999e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  51.56 
 
 
352 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  50.14 
 
 
348 aa  308  8e-83  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  47.71 
 
 
360 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  45.98 
 
 
365 aa  296  4e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  46.33 
 
 
361 aa  291  1e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  47.34 
 
 
358 aa  291  1e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  43.67 
 
 
408 aa  291  2e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  49.29 
 
 
366 aa  287  2e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  47.35 
 
 
390 aa  286  5e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  44.82 
 
 
371 aa  278  1e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  46.26 
 
 
358 aa  271  9e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  50 
 
 
374 aa  264  2e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  41.79 
 
 
374 aa  246  6e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  43.07 
 
 
355 aa  236  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  42.6 
 
 
341 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  42.77 
 
 
365 aa  232  7.000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  40.48 
 
 
339 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  43.03 
 
 
314 aa  224  1e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  39.31 
 
 
350 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  43.75 
 
 
337 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  42.09 
 
 
345 aa  213  4.9999999999999996e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  39 
 
 
341 aa  209  5e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  40.3 
 
 
341 aa  188  9e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  40.12 
 
 
341 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  39.82 
 
 
341 aa  182  7e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  31.87 
 
 
337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  29.75 
 
 
344 aa  128  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  33.94 
 
 
337 aa  122  7e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  33.23 
 
 
321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  32.92 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  29.94 
 
 
608 aa  117  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  28.27 
 
 
316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.42 
 
 
436 aa  114  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.5 
 
 
495 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  32.14 
 
 
816 aa  107  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  26.77 
 
 
307 aa  101  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  29.59 
 
 
657 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  26.52 
 
 
902 aa  99.8  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  29.19 
 
 
320 aa  99.8  7e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  31.11 
 
 
825 aa  98.6  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  30.18 
 
 
766 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  27.99 
 
 
847 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  26.43 
 
 
646 aa  96.3  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  28.96 
 
 
656 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  28.32 
 
 
815 aa  95.5  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  31.79 
 
 
311 aa  95.5  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  32.34 
 
 
329 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  32.34 
 
 
329 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  29.1 
 
 
758 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  29.04 
 
 
477 aa  94.7  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  28.61 
 
 
758 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  28.61 
 
 
758 aa  93.6  5e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  29.63 
 
 
759 aa  93.2  5e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  29.19 
 
 
508 aa  93.2  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0596  ATP dependent DNA ligase  31.15 
 
 
310 aa  93.2  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.360914  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.97 
 
 
858 aa  92.8  7e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  32.41 
 
 
828 aa  92.8  8e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  26.93 
 
 
871 aa  92  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  26.93 
 
 
872 aa  90.9  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  28.81 
 
 
864 aa  90.9  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  27.19 
 
 
877 aa  90.1  5e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  30.27 
 
 
847 aa  90.1  5e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  28.79 
 
 
831 aa  89.7  7e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  30.33 
 
 
313 aa  88.6  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.83 
 
 
582 aa  87.8  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  27.98 
 
 
763 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  30.34 
 
 
534 aa  87.4  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  29.38 
 
 
644 aa  87.4  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  26.38 
 
 
818 aa  87  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  28.35 
 
 
658 aa  86.7  5e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  31.58 
 
 
845 aa  87  5e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31 
 
 
797 aa  86.7  6e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  27.47 
 
 
349 aa  85.9  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.788698 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  31.51 
 
 
328 aa  85.9  9e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03420  ATP dependent DNA ligase  27.83 
 
 
285 aa  85.5  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  26.52 
 
 
900 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  29.65 
 
 
343 aa  85.9  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>