109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_4002 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_4002  domain of unknown function DUF1727  100 
 
 
412 aa  821    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0442  domain of unknown function DUF1727  77.4 
 
 
425 aa  574  1.0000000000000001e-163  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.624005  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5269  hypothetical protein  70.44 
 
 
408 aa  531  1e-149  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235064  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4901  hypothetical protein  69.92 
 
 
408 aa  527  1e-148  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4990  hypothetical protein  69.92 
 
 
408 aa  527  1e-148  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13744  ligase  69.7 
 
 
413 aa  523  1e-147  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00431951  normal  0.370504 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5520  hypothetical protein  70.73 
 
 
425 aa  508  1e-143  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33342  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1291  hypothetical protein  71.24 
 
 
406 aa  504  9.999999999999999e-143  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1034  domain of unknown function DUF1727  50.68 
 
 
394 aa  353  4e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0648  domain of unknown function DUF1727  46.31 
 
 
412 aa  341  2e-92  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0468  hypothetical protein  46.84 
 
 
424 aa  331  2e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.748006 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3222  hypothetical protein  45.06 
 
 
415 aa  313  1.9999999999999998e-84  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0406463 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3448  hypothetical protein  45.54 
 
 
420 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766091 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0913  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  43.75 
 
 
429 aa  311  1e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323703  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2661  hypothetical protein  46.7 
 
 
410 aa  306  4.0000000000000004e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.857902  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4348  domain of unknown function DUF1727  44.34 
 
 
418 aa  305  9.000000000000001e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0229746  normal  0.964565 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2714  putative ligase  43.86 
 
 
418 aa  295  1e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0282  Mur ligase  44.39 
 
 
416 aa  276  6e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4298  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  40.84 
 
 
411 aa  268  1e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6531  hypothetical protein  42.39 
 
 
417 aa  256  4e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.830465  normal  0.333233 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1706  hypothetical protein  45.39 
 
 
421 aa  256  5e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0418667  hitchhiker  0.00728652 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1442  domain of unknown function DUF1727  36.11 
 
 
408 aa  192  7e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1627  domain of unknown function DUF1727  29.74 
 
 
462 aa  186  7e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1250  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  28.67 
 
 
455 aa  173  5e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000012325  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1599  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  29.84 
 
 
445 aa  168  1e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.709076  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0450  hypothetical protein  29.02 
 
 
445 aa  167  4e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0500  hypothetical protein  31.8 
 
 
491 aa  167  4e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.496593  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0514  hypothetical protein  29.02 
 
 
445 aa  164  4.0000000000000004e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265585  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1788  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  27.87 
 
 
452 aa  162  8.000000000000001e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3108  domain of unknown function DUF1727  29.1 
 
 
448 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1559  domain of unknown function DUF1727  30.02 
 
 
445 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181708 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3012  domain of unknown function DUF1727  29.1 
 
 
448 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4285  hypothetical protein  29.91 
 
 
447 aa  161  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0588  hypothetical protein  33.41 
 
 
469 aa  160  3e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.414158  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0008  hypothetical protein  27.88 
 
 
446 aa  160  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1345  domain of unknown function DUF1727  32.89 
 
 
476 aa  159  8e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000649333  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3614  hypothetical protein  31 
 
 
463 aa  159  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.529006  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3270  domain of unknown function DUF1727  32.06 
 
 
458 aa  158  2e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.704416  normal  0.0775739 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2069  domain of unknown function DUF1727  26.06 
 
 
467 aa  155  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0981076  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1153  domain of unknown function DUF1727  31.47 
 
 
474 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3016  hypothetical protein  32.78 
 
 
436 aa  151  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1233  Mur ligase family protein  28.18 
 
 
441 aa  151  2e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.198792  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0884  mur ligase family protein  28.47 
 
 
447 aa  150  3e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1392  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthetase MurC-like protein  27.19 
 
 
451 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0524526  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1206  Mur ligase family protein  26.97 
 
 
451 aa  150  4e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0554717  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3001  domain of unknown function DUF1727  31.22 
 
 
744 aa  150  4e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.954679 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1208  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  27.38 
 
 
449 aa  149  9e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.970096  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0996  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  28.8 
 
 
455 aa  148  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00110541  normal  0.028804 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2945  domain of unknown function DUF1727  33.92 
 
 
474 aa  147  5e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.833945  hitchhiker  0.00605856 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0013  domain of unknown function DUF1727  27.15 
 
 
444 aa  145  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0985  domain of unknown function DUF1727  26.23 
 
 
443 aa  144  3e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000265712  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0966  hypothetical protein  28.44 
 
 
464 aa  144  4e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0440  hypothetical protein  27.83 
 
 
467 aa  143  4e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1430  Mur ligase family protein  27.59 
 
 
437 aa  143  6e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.67526  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1946  hypothetical protein  26.71 
 
 
437 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.102068  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1980  hypothetical protein  26.71 
 
 
437 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.270286  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2009  hypothetical protein  28.89 
 
 
466 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000964515  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0443  domain of unknown function DUF1727  31.03 
 
 
463 aa  139  1e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1255  hypothetical protein  28.19 
 
 
507 aa  136  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2036  domain of unknown function DUF1727  32.26 
 
 
430 aa  128  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000388378 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2306  hypothetical protein  31.78 
 
 
429 aa  124  4e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0105732  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0076  Mur ligase middle domain protein  31.82 
 
 
472 aa  120  4.9999999999999996e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000585492 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17860  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  27.59 
 
 
445 aa  120  4.9999999999999996e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.934196  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1785  domain of unknown function DUF1727  28.07 
 
 
446 aa  117  3e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0144804  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1027  domain of unknown function DUF1727  32.5 
 
 
456 aa  107  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.964533  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1231  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  38.64 
 
 
490 aa  92.8  9e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.661721  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1327  Mur ligase middle domain protein  23.81 
 
 
470 aa  68.6  0.0000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000399076  decreased coverage  0.000242236 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4538  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  29.02 
 
 
502 aa  62.8  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0149307 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0758  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  26.79 
 
 
495 aa  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0405  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  27.08 
 
 
493 aa  50.8  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000987576 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2195  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  27.8 
 
 
449 aa  48.9  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.253495  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3521  UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase  27.95 
 
 
441 aa  48.5  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3144  UDP-N-acetylmuramate  25.86 
 
 
479 aa  48.5  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0686  UDP-N-acetylmuramate  24.14 
 
 
461 aa  48.5  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09480  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  28.95 
 
 
471 aa  47.4  0.0005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0452016  normal  0.0351394 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0384  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  24.07 
 
 
439 aa  47  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3572  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  24.07 
 
 
439 aa  47  0.0007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000106941 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3443  UDP-N-acetylmuramate  25.79 
 
 
448 aa  46.2  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.239443  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1410  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  25.83 
 
 
544 aa  45.1  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0279398  normal  0.017352 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3745  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  23.65 
 
 
439 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000131872 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3774  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  27.72 
 
 
491 aa  45.1  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00975768  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0485  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  24.31 
 
 
439 aa  45.4  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3912  UDP-N-acetylmuramate  23.93 
 
 
487 aa  45.8  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1335  UDP-N-acetylmuramoylalanine/D-glutamate ligase  30.08 
 
 
444 aa  45.4  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2094  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  25.69 
 
 
475 aa  45.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0467874  hitchhiker  0.00000530734 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4221  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  24.69 
 
 
439 aa  44.7  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3479  hypothetical protein  23.62 
 
 
1279 aa  44.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.165023 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3172  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  35.58 
 
 
465 aa  44.7  0.003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  decreased coverage  0.00926215  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0769  UDP-N-acetylmuramate  24.05 
 
 
458 aa  44.3  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1142  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetases  25.6 
 
 
509 aa  44.3  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2456  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  26.15 
 
 
465 aa  44.3  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5098  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  32.81 
 
 
455 aa  44.3  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0849  UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase  29.17 
 
 
509 aa  43.9  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.106849  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1277  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  32.48 
 
 
466 aa  43.9  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.396011  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0084  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  32.98 
 
 
514 aa  43.9  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3820  UDP-N-acetylmuramate  25.21 
 
 
461 aa  43.9  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3483  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  30.61 
 
 
461 aa  43.9  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1635  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6- diamin opimelate/D-alanyl-D-alanylligase  25.58 
 
 
455 aa  43.9  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2649  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2,6-dia minopimelate ligase  25.09 
 
 
493 aa  43.9  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1983  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  24.92 
 
 
489 aa  43.5  0.007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>