245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3659 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 128 aa  253  6e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  77.48 
 
 		 141 aa  177  4e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  71.93 
 
 		 176 aa  164  4e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  69.83 
 
 		 161 aa  163  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  69.83 
 
 		 161 aa  163  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  69.83 
 
 		 161 aa  163  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  69.91 
 
 		 140 aa  159  1e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  71.3 
 
 		 182 aa  156  7e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  68.81 
 
 		 325 aa  145  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  67.62 
 
 		 145 aa  143  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  64.22 
 
 		 156 aa  140  4e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  68.27 
 
 		 277 aa  140  8e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  61.32 
 
 		 128 aa  138  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  62.73 
 
 		 128 aa  137  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  64.42 
 
 		 175 aa  137  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  65.38 
 
 		 233 aa  135  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  57.14 
 
 		 170 aa  124  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  58.25 
 
 		 191 aa  122  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  58.88 
 
 		 145 aa  121  3e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  58.25 
 
 		 191 aa  121  4e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  58.04 
 
 		 165 aa  120  5e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  59.62 
 
 		 162 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  57.28 
 
 		 183 aa  118  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  44.86 
 
 		 117 aa  87.8  4e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  50.49 
 
 		 156 aa  86.7  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0336  DNA-binding protein, putative  39.74 
 
 		 133 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00628261  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_277  DNA-binding protein  39.74 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000765574  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_217  hypothetical protein  40.28 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0315  helix-turn-helix domain-containing protein  39.74 
 
 		 133 aa  53.5  0.0000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138688  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 99 aa  52.8  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1142  transcriptional regulator, XRE family  46.38 
 
 		 111 aa  52  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000709447  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 255 aa  51.6  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  37.36 
 
 		 223 aa  51.2  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 131 aa  51.2  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 197 aa  50.8  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  40.32 
 
 		 186 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  40.32 
 
 		 186 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 196 aa  50.1  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  40.32 
 
 		 186 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  40.32 
 
 		 186 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 186 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 83 aa  49.7  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1064  transcriptional regulator, XRE family  39.73 
 
 		 206 aa  49.7  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0300833  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  40.32 
 
 		 186 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  40.32 
 
 		 152 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3325  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 132 aa  48.9  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.951431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  30.1 
 
 		 105 aa  48.9  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  31.19 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 112 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  33 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  40.62 
 
 		 236 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  40.62 
 
 		 236 aa  48.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 189 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 252 aa  47.8  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  32 
 
 		 107 aa  47.8  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  32 
 
 		 107 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  32 
 
 		 107 aa  47.8  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  32 
 
 		 107 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  32 
 
 		 107 aa  47.8  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 130 aa  47.4  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  33 
 
 		 107 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 250 aa  47.4  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 181 aa  47.4  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  33 
 
 		 107 aa  47  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4011  transcriptional regulator SinR  32 
 
 		 107 aa  47  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0025622  hitchhiker  0.000000000000530943 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 192 aa  47.4  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 192 aa  47.4  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  37.97 
 
 		 256 aa  47  0.00008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 201 aa  47  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 76 aa  47  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0985  DNA binding protein  41.82 
 
 		 115 aa  46.6  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000123712  unclonable  0.0000012964 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 71 aa  47  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 205 aa  46.2  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 190 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 193 aa  46.2  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 190 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 145 aa  46.2  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 71 aa  47  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 110 aa  46.6  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  43.28 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0188  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 229 aa  46.2  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.054457 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 179 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1263  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 117 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197496  normal  0.35007 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 76 aa  45.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 193 aa  45.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 192 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 77 aa  46.2  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  40.35 
 
 		 195 aa  46.2  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 192 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 192 aa  45.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 179 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 179 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 190 aa  46.2  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 179 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 179 aa  46.2  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 179 aa  46.2  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 187 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  41.79 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 107 aa  45.4  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>