More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3447 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_3447  ferredoxin  100 
 
 
340 aa  698    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3782  ferredoxin  51.58 
 
 
352 aa  352  7e-96  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00690243  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0319  ferredoxin  48.83 
 
 
346 aa  320  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0329  ferredoxin  48.83 
 
 
346 aa  320  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.106229 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4115  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  47.63 
 
 
345 aa  310  2e-83  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13604  hemoglobine-related protein hmp  47.81 
 
 
358 aa  301  8.000000000000001e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.714491  normal  0.806459 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5309  ferredoxin  47.94 
 
 
356 aa  301  2e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.185586 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0310  oxidoreductase FAD-binding subunit  48.04 
 
 
339 aa  300  3e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1462  ferredoxin  46.9 
 
 
358 aa  298  8e-80  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.611989  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4710  ferredoxin  47.28 
 
 
350 aa  297  2e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.748194  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4796  ferredoxin  47.28 
 
 
350 aa  297  2e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5095  ferredoxin  46.99 
 
 
350 aa  295  6e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.276207 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2893  ferredoxin  44.57 
 
 
347 aa  288  7e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200106  normal  0.439628 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18640  flavodoxin reductase family protein  45.72 
 
 
355 aa  270  2e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3520  ferredoxin  46.55 
 
 
351 aa  263  4e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2520  ferredoxin  43.7 
 
 
366 aa  255  8e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0320  ferredoxin  41.95 
 
 
348 aa  245  9e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3851  ferredoxin  44.19 
 
 
360 aa  243  3e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3517  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  42.11 
 
 
346 aa  240  2e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.611569  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2882  oxidoreductase FAD-binding subunit  40.71 
 
 
341 aa  236  4e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.07552  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2674  ferredoxin  41.49 
 
 
330 aa  236  4e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.333884  normal  0.0191308 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1416  ferredoxin  39.26 
 
 
353 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.15311  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1546  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  36.52 
 
 
354 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729888  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0543  ferredoxin  40.8 
 
 
339 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00032188 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2130  ferredoxin  32.5 
 
 
361 aa  202  7e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.896649  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4306  oxidoreductase FAD-binding subunit  36.47 
 
 
329 aa  194  2e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.264864  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2973  oxidoreductase FAD-binding subunit  35.4 
 
 
341 aa  184  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2468  ferredoxin  33.63 
 
 
344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3712  ferredoxin  33.93 
 
 
339 aa  180  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.709133  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3785  ferredoxin  33.93 
 
 
339 aa  180  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.870039  normal  0.280135 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3725  ferredoxin  33.93 
 
 
339 aa  180  4e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4186  ferredoxin  33.33 
 
 
346 aa  178  1e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3723  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  31.5 
 
 
358 aa  166  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.571859 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4806  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  33.33 
 
 
358 aa  165  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.234643 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3091  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  32.01 
 
 
357 aa  164  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.255521  hitchhiker  0.000372207 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3372  oxidoreductase FAD-binding subunit  32.87 
 
 
369 aa  159  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26490  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  33.15 
 
 
360 aa  157  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.365765  normal  0.166146 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5188  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  32.11 
 
 
356 aa  157  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726966  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03005  Phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  31.92 
 
 
349 aa  157  4e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05340  phenylacetate-CoA oxygenase, PaaK subunit  27.61 
 
 
357 aa  155  8e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.000116603  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1564  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  28.65 
 
 
348 aa  155  9e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.517649 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3728  ferredoxin  32.72 
 
 
356 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.600358 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2334  oxidoreductase FAD-binding subunit  32.68 
 
 
669 aa  152  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.896317 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0900  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  31.44 
 
 
389 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4069  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  33.03 
 
 
369 aa  151  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.194384 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3491  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  32.77 
 
 
364 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.168778 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4563  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  32.77 
 
 
364 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.659135 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2831  ferredoxin  31.21 
 
 
358 aa  150  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0794308  normal  0.972856 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0932  ferredoxin  33.05 
 
 
358 aa  149  6e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3352  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  34.65 
 
 
358 aa  149  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2622  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.78 
 
 
358 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.367598 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0608  ferredoxin reductase protein  32.39 
 
 
363 aa  147  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2468  oxidoreductase FAD-binding region  32.02 
 
 
625 aa  147  3e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.82591  normal  0.524788 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2253  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.99 
 
 
356 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2635  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.36 
 
 
358 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.0570519 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2263  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.99 
 
 
356 aa  146  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.379907  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1577  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.99 
 
 
356 aa  146  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1479  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.99 
 
 
356 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3274  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.61 
 
 
358 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.60541  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1175  oxidoreductase FAD-binding subunit  31.09 
 
 
371 aa  145  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4468  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.99 
 
 
369 aa  145  1e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.488012  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2485  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.61 
 
 
358 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.960936  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1903  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.06 
 
 
368 aa  142  6e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3739  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.94 
 
 
358 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184178  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1828  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  31 
 
 
362 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.488384  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0654  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.14 
 
 
351 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2477  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  33.13 
 
 
367 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3155  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  32.51 
 
 
353 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3218  ferredoxin  29.59 
 
 
355 aa  139  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.33819  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0381  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  30.96 
 
 
365 aa  139  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155408  hitchhiker  0.00902786 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5288  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  32.54 
 
 
363 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.632487  normal  0.142716 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6856  ferredoxin  32.47 
 
 
381 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5014  oxidoreductase FAD-binding subunit  28.2 
 
 
382 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240099  normal  0.858048 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4489  oxidoreductase FAD-binding subunit  28.2 
 
 
382 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.320814  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0484  ferredoxin  29.11 
 
 
364 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5978  ferredoxin  30.99 
 
 
364 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.430172  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3554  oxidoreductase FAD-binding subunit  28.78 
 
 
382 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3637  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.84 
 
 
365 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.206041 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1502  ferredoxin  30.91 
 
 
365 aa  136  5e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0479  putative ferredoxin, 2Fe-2S  30.23 
 
 
381 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0377  ferredoxin  30.37 
 
 
350 aa  136  5e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.88135 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2612  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  28.12 
 
 
362 aa  136  5e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0702  putative ferredoxin, 2Fe-2S  30.23 
 
 
380 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.54952  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4844  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  31.94 
 
 
356 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0431343 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0998  putative ferredoxin, 2Fe-2S  30.23 
 
 
380 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0388253  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1971  putative ferredoxin, 2Fe-2S  30.23 
 
 
380 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.851205  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2116  iron-sulfur cluster-binding protein  30.23 
 
 
381 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.994866  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0579  ferredoxin/oxidoreductase  28.19 
 
 
382 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4151  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.81 
 
 
358 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.522682  normal  0.83112 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0748  putative ferredoxin, 2Fe-2S  30.23 
 
 
380 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4880  ferredoxin  30.37 
 
 
350 aa  135  8e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.30814 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3779  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.45 
 
 
362 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0589683  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0011  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.73 
 
 
362 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3840  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  30.73 
 
 
362 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5208  oxidoreductase FAD-binding subunit  28.49 
 
 
382 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2869  putative phenylacetic acid degradation NADH oxidoreductase paaE  30.42 
 
 
337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.423535  normal  0.236927 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4285  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  29.89 
 
 
362 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.481656  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0836  putative ferredoxin, 2Fe-2S  30.23 
 
 
380 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3115  phenylacetic acid degradation NADH oxidoreductase PaaE  30.06 
 
 
362 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0136188  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4814  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  28.65 
 
 
386 aa  134  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.501777  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>