More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3317 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_3317  Citrate (pro-3S)-lyase  100 
 
 
280 aa  560  1e-158  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1361  HpcH/HpaI aldolase  59.21 
 
 
295 aa  313  1.9999999999999998e-84  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0742022  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4087  HpcH/HpaI aldolase  57.85 
 
 
271 aa  289  4e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.106602  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2556  HpcH/HpaI aldolase  57.41 
 
 
267 aa  287  1e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.404937 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3627  HpcH/HpaI aldolase  59.16 
 
 
272 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0858993  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3700  HpcH/HpaI aldolase  59.16 
 
 
272 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3632  HpcH/HpaI aldolase  59.16 
 
 
272 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0974176  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3913  HpcH/HpaI aldolase  54.34 
 
 
282 aa  271  1e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.939389  normal  0.094583 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12520  citrate lyase beta subunit citE  57.03 
 
 
273 aa  268  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2925  HpcH/HpaI aldolase  58.87 
 
 
310 aa  266  2e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.253914  normal  0.147089 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1391  HpcH/HpaI aldolase  52.57 
 
 
277 aa  252  6e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.375922  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1409  HpcH/HpaI aldolase  54.78 
 
 
279 aa  244  1.9999999999999999e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000390566 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06890  citrate lyase beta subunit  51.97 
 
 
292 aa  235  6e-61  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2104  HpcH/HpaI aldolase  53.21 
 
 
285 aa  227  1e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.87307  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00470  citrate lyase beta subunit  52.71 
 
 
296 aa  222  4.9999999999999996e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1313  putative citrate lyase beta subunit  49.44 
 
 
275 aa  201  8e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3848  HpcH/HpaI aldolase  51.09 
 
 
296 aa  196  5.000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.71 
 
 
280 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.71 
 
 
280 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.71 
 
 
280 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  39.35 
 
 
280 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  38.3 
 
 
290 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  36.33 
 
 
268 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000904095  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  39.02 
 
 
270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3238  HpcH/HpaI aldolase  36.53 
 
 
281 aa  139  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0803  HpcH/HpaI aldolase  40.55 
 
 
293 aa  136  4e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  37.04 
 
 
278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3436  HpcH/HpaI aldolase  39.19 
 
 
278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  36.26 
 
 
269 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3048  Citryl-CoA lyase  40 
 
 
288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.128546 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  37.27 
 
 
291 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  34.89 
 
 
282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  37.04 
 
 
291 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  38.33 
 
 
285 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  36.3 
 
 
277 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  33.21 
 
 
287 aa  129  7.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  38.4 
 
 
276 aa  129  7.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  37.4 
 
 
289 aa  129  7.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  32.2 
 
 
276 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1535  Citryl-CoA lyase  40.07 
 
 
283 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  36.33 
 
 
271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3511  citrate (pro-3S)-lyase  37 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  31.23 
 
 
294 aa  127  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2682  citrate (pro-3S)-lyase  34.3 
 
 
283 aa  126  5e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  36.6 
 
 
278 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3520  Citryl-CoA lyase  34.89 
 
 
284 aa  124  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.897264  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  36.98 
 
 
270 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  38.6 
 
 
288 aa  124  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  35.42 
 
 
279 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  37.82 
 
 
276 aa  124  3e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  36.19 
 
 
275 aa  122  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.76 
 
 
280 aa  122  5e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  37.5 
 
 
275 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  33.1 
 
 
296 aa  122  6e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  34.62 
 
 
275 aa  122  9e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5039  Citryl-CoA lyase  32.98 
 
 
282 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  36.03 
 
 
280 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  36.03 
 
 
280 aa  121  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3163  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  32.62 
 
 
280 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.517185  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  34.17 
 
 
274 aa  119  6e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  34.47 
 
 
274 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  38.83 
 
 
290 aa  118  9e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  34.98 
 
 
274 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  34.98 
 
 
274 aa  118  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  32.86 
 
 
304 aa  118  9.999999999999999e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2324  Citrate (pro-3S)-lyase  40.41 
 
 
347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  38.95 
 
 
271 aa  117  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  32.26 
 
 
269 aa  116  5e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1253  Citryl-CoA lyase  37.41 
 
 
287 aa  115  5e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1878  HpcH/HpaI aldolase  38.11 
 
 
279 aa  115  6e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.820651  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  33.33 
 
 
293 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  34.16 
 
 
291 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0359  Citryl-CoA lyase  37.64 
 
 
277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0268  Citryl-CoA lyase  33.33 
 
 
292 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283754  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  29 
 
 
293 aa  112  5e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  35.89 
 
 
406 aa  112  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  34.86 
 
 
292 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2705  citrate lyase  32.5 
 
 
296 aa  112  8.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  35.4 
 
 
278 aa  112  8.000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  34.86 
 
 
292 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  36.16 
 
 
283 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4171  Citryl-CoA lyase  33.1 
 
 
305 aa  112  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00188553  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4179  citrate lyase  33.1 
 
 
302 aa  112  9e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0092  HpcH/HpaI aldolase  32.08 
 
 
293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  35.42 
 
 
279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2630  citrate (pro-3S)-lyase  33.82 
 
 
285 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  36.84 
 
 
270 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3907  HpcH/HpaI aldolase  31.6 
 
 
293 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  34.67 
 
 
274 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0970  putative citrate lyase beta chain  33.82 
 
 
285 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0082  citrate (pro-3S)-lyase  33.82 
 
 
285 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  37.12 
 
 
267 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  37.12 
 
 
267 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  32.74 
 
 
295 aa  109  6e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0606  Citryl-CoA lyase  31.91 
 
 
282 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  34.39 
 
 
278 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  30.63 
 
 
282 aa  108  9.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  38.11 
 
 
289 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  27.14 
 
 
284 aa  107  2e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  32.59 
 
 
273 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>