More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3189 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1148 aa  648    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  37.38 
 
 		 1164 aa  646    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  38.21 
 
 		 1148 aa  695    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  41.44 
 
 		 1157 aa  687    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  58.79 
 
 		 1218 aa  1318    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  38.64 
 
 		 1176 aa  716    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  34.2 
 
 		 1169 aa  660    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  41.76 
 
 		 1169 aa  791    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  35.77 
 
 		 1179 aa  652    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.84 
 
 		 1176 aa  717    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  35.94 
 
 		 1207 aa  672    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  51.83 
 
 		 1194 aa  1087    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  37.83 
 
 		 1155 aa  647    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  36.7 
 
 		 1164 aa  644    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.65 
 
 		 1157 aa  659    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.93 
 
 		 1176 aa  719    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  38.84 
 
 		 1178 aa  717    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  38.75 
 
 		 1176 aa  715    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.25 
 
 		 1153 aa  645    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.34 
 
 		 1153 aa  649    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  68.59 
 
 		 1212 aa  1597    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  41.43 
 
 		 1246 aa  753    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  56.75 
 
 		 1210 aa  1280    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  40.45 
 
 		 1157 aa  700    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1176 aa  657    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1148 aa  645    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  36.62 
 
 		 1188 aa  660    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  67.9 
 
 		 1198 aa  1540    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  38.84 
 
 		 1176 aa  717    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1174 aa  681    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  39.01 
 
 		 1161 aa  664    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  56.79 
 
 		 1193 aa  1240    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1148 aa  645    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  58.47 
 
 		 1216 aa  1317    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  37.13 
 
 		 1148 aa  638    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  38.81 
 
 		 1192 aa  641    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41.05 
 
 		 1158 aa  734    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  39.77 
 
 		 1159 aa  720    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  39.09 
 
 		 1197 aa  726    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.93 
 
 		 1176 aa  719    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1148 aa  645    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.71 
 
 		 1176 aa  731    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  41.07 
 
 		 1182 aa  750    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  40.26 
 
 		 1183 aa  737    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1148 aa  645    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  57.07 
 
 		 1208 aa  1257    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  37.6 
 
 		 1148 aa  647    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  67.35 
 
 		 1234 aa  1575    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  35.9 
 
 		 1196 aa  705    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  37.19 
 
 		 1179 aa  707    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  35.86 
 
 		 1153 aa  650    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  38.93 
 
 		 1176 aa  717    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  36.74 
 
 		 1151 aa  641    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  38.5 
 
 		 1165 aa  730    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  35.65 
 
 		 1168 aa  689    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  36.89 
 
 		 1179 aa  644    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  58.63 
 
 		 1188 aa  1253    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  37.57 
 
 		 1148 aa  642    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1148 aa  645    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  39.25 
 
 		 1207 aa  712    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  37.69 
 
 		 1148 aa  646    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  36.46 
 
 		 1160 aa  641    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1148 aa  645    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  38.84 
 
 		 1176 aa  717    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  35.65 
 
 		 1168 aa  689    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  67.76 
 
 		 1211 aa  1606    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  38.47 
 
 		 1169 aa  674    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  35.79 
 
 		 1160 aa  636    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  39.79 
 
 		 1165 aa  689    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  38.35 
 
 		 1176 aa  716    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  36.93 
 
 		 1162 aa  738    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  36.34 
 
 		 1162 aa  731    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1143 aa  664    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  38.39 
 
 		 1178 aa  757    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  36.78 
 
 		 1160 aa  640    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  36.78 
 
 		 1160 aa  644    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  38.56 
 
 		 1147 aa  636    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 		 1162 aa  646    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  38.98 
 
 		 1176 aa  717    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.65 
 
 		 1157 aa  661    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  36.5 
 
 		 1157 aa  640    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  36.82 
 
 		 1157 aa  644    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  36.65 
 
 		 1162 aa  667    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1148 aa  645    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  35.99 
 
 		 1165 aa  671    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  37.73 
 
 		 1168 aa  672    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  36.06 
 
 		 1168 aa  641    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  56.01 
 
 		 1222 aa  1249    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  39.8 
 
 		 1265 aa  759    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  36.65 
 
 		 1189 aa  657    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  39.3 
 
 		 1198 aa  671    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  36.51 
 
 		 1160 aa  637    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  55.27 
 
 		 1192 aa  1153    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  40.59 
 
 		 1177 aa  711    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  67.84 
 
 		 1211 aa  1609    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  38.61 
 
 		 1148 aa  701    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  55.6 
 
 		 1224 aa  1236    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  37.67 
 
 		 1155 aa  638    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  67.76 
 
 		 1211 aa  1606    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1164 aa  645    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>