More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2617 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  100 
 
 
206 aa  399  9.999999999999999e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  57.14 
 
 
220 aa  180  2e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  55.36 
 
 
220 aa  179  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  57.31 
 
 
176 aa  174  7e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  54.39 
 
 
235 aa  171  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  54.39 
 
 
235 aa  171  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  54.39 
 
 
235 aa  171  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  49.7 
 
 
180 aa  158  4e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  53.01 
 
 
172 aa  156  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  51.23 
 
 
171 aa  154  8e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  51.23 
 
 
172 aa  149  2e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  53.7 
 
 
185 aa  147  8e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  50 
 
 
179 aa  137  8.999999999999999e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  46.78 
 
 
171 aa  134  7.000000000000001e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  45.4 
 
 
204 aa  134  9.999999999999999e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  47.56 
 
 
165 aa  133  9.999999999999999e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  44.32 
 
 
577 aa  132  3e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  46.99 
 
 
167 aa  128  7.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  45.61 
 
 
172 aa  127  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  45.61 
 
 
172 aa  127  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  44.97 
 
 
172 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  46.15 
 
 
172 aa  125  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  44.97 
 
 
172 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  43.21 
 
 
519 aa  125  5e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  44.97 
 
 
172 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  44.97 
 
 
172 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  42.94 
 
 
183 aa  122  4e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  42.77 
 
 
166 aa  122  5e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  44.64 
 
 
180 aa  121  8e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  45.68 
 
 
173 aa  120  9.999999999999999e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  44.79 
 
 
163 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  46.01 
 
 
163 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  41.38 
 
 
176 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  44.79 
 
 
163 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  43.03 
 
 
169 aa  119  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  44.24 
 
 
177 aa  118  7e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  42.68 
 
 
167 aa  118  7e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  43.75 
 
 
179 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  42.2 
 
 
187 aa  117  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  41.07 
 
 
187 aa  117  9.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  43.2 
 
 
172 aa  117  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  41.88 
 
 
171 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  40.12 
 
 
182 aa  115  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  41.46 
 
 
170 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  42.07 
 
 
171 aa  115  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  41.57 
 
 
190 aa  114  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  41.07 
 
 
182 aa  114  7.999999999999999e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  42.05 
 
 
190 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  41.21 
 
 
171 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  40.96 
 
 
174 aa  112  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  112  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  44.52 
 
 
167 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  42.08 
 
 
182 aa  111  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  39.76 
 
 
174 aa  111  7.000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  37.72 
 
 
540 aa  111  9e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  44.17 
 
 
183 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3208  shikimate kinase  44.44 
 
 
225 aa  110  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.181986  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  40.36 
 
 
172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  40.83 
 
 
192 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  40.99 
 
 
173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0380  3-dehydroquinate synthase  34.6 
 
 
560 aa  109  2.0000000000000002e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  40.99 
 
 
173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  40.99 
 
 
173 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  40.99 
 
 
173 aa  109  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  40.61 
 
 
172 aa  109  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  39.76 
 
 
172 aa  108  6e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  38.75 
 
 
171 aa  108  6e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  40.61 
 
 
189 aa  107  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  44.67 
 
 
182 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  40.24 
 
 
171 aa  107  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1335  shikimate kinase  38.37 
 
 
181 aa  107  1e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.89172  normal  0.76234 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0280  Shikimate kinase  41.42 
 
 
180 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.129636  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  43.21 
 
 
180 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  37.85 
 
 
195 aa  106  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  42.86 
 
 
179 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  40.37 
 
 
173 aa  106  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.29 
 
 
539 aa  105  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17860  shikimate kinase  40 
 
 
188 aa  105  5e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.114511  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  44 
 
 
203 aa  104  7e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  39.75 
 
 
173 aa  104  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  39.75 
 
 
173 aa  104  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  41.62 
 
 
181 aa  104  8e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  39.75 
 
 
173 aa  104  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  39.75 
 
 
173 aa  104  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  39.75 
 
 
173 aa  104  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  38.6 
 
 
179 aa  104  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  38.6 
 
 
179 aa  104  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>