More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2177 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
256 aa  497  1e-140  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.108863  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.75 
 
 
252 aa  295  3e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.907428  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22830  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  56.08 
 
 
247 aa  268  8.999999999999999e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.702609 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.52 
 
 
249 aa  265  5e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.220031  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.23 
 
 
260 aa  265  5.999999999999999e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.257102  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.23 
 
 
260 aa  265  5.999999999999999e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.362714  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.23 
 
 
260 aa  265  5.999999999999999e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.59 
 
 
246 aa  262  4e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 
247 aa  249  3e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0680281  normal  0.231101 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12109  short-chain type dehydrogenase  55.78 
 
 
249 aa  246  2e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0969854  normal  0.809118 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.94 
 
 
247 aa  226  3e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0286474  normal  0.0317437 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.57 
 
 
249 aa  224  1e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
251 aa  180  2.9999999999999997e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.150929 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.46 
 
 
250 aa  179  4e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2462  putative short chain dehydrogenase  44.53 
 
 
255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01390  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  43.31 
 
 
251 aa  172  3.9999999999999995e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.253341 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5628  short chain dehydrogenase  41.41 
 
 
260 aa  159  4e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391011  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5382  short chain dehydrogenase  41.41 
 
 
256 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5001  short chain dehydrogenase  41.41 
 
 
256 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5089  short chain dehydrogenase  41.41 
 
 
256 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1177  short chain dehydrogenase  40.86 
 
 
260 aa  154  1e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.56412  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
257 aa  148  8e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00422733 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13825  short chain dehydrogenase  39.53 
 
 
254 aa  145  9e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1219  short chain dehydrogenase  32.54 
 
 
243 aa  126  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2832  short chain dehydrogenase  32.14 
 
 
244 aa  123  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0580098  normal  0.214495 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  32.93 
 
 
246 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  32.4 
 
 
246 aa  116  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0143  short chain dehydrogenase  31.47 
 
 
243 aa  115  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.896795 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  31.73 
 
 
246 aa  113  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4050  short chain dehydrogenase  30.47 
 
 
243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119249  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
248 aa  109  5e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  31.2 
 
 
245 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1597  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
245 aa  100  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.109463 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  28 
 
 
245 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  30.8 
 
 
246 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1026  short chain dehydrogenase  31.1 
 
 
270 aa  98.2  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.969015  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3976  short chain dehydrogenase  34.93 
 
 
245 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00930617  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1950  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
246 aa  95.9  6e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  30.56 
 
 
243 aa  95.9  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5791  short chain dehydrogenase  32.68 
 
 
249 aa  95.1  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.42 
 
 
254 aa  94.4  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2164  short chain dehydrogenase  32.41 
 
 
247 aa  94.7  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7180  short chain dehydrogenase  32.68 
 
 
248 aa  92.8  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367118  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.92 
 
 
247 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.35 
 
 
252 aa  85.9  6e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1708  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25 
 
 
250 aa  82.4  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.361807  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.02 
 
 
255 aa  81.6  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.376241  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03335  putative oxidoreductase  28.32 
 
 
240 aa  80.5  0.00000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.472323  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.51 
 
 
244 aa  79.3  0.00000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.64 
 
 
247 aa  73.6  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.24 
 
 
241 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.914636  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
254 aa  69.7  0.00000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.05 
 
 
266 aa  67.4  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
257 aa  67.8  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 
254 aa  66.6  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.19 
 
 
249 aa  66.2  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.02 
 
 
245 aa  65.5  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
272 aa  65.5  0.0000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.05 
 
 
230 aa  64.3  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224966  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.19 
 
 
249 aa  64.3  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.786749  normal  0.588294 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2218  short chain dehydrogenase  25.19 
 
 
249 aa  63.2  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2380  gluconate 5-dehydrogenase  28.78 
 
 
256 aa  62.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667021  decreased coverage  0.0022048 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.44 
 
 
245 aa  62.8  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.19 
 
 
249 aa  62  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2596  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
287 aa  60.8  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.7335  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.1 
 
 
269 aa  60.8  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2136  gluconate 5-dehydrogenase  28.29 
 
 
256 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510387  normal  0.0477177 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.24 
 
 
271 aa  59.7  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.68 
 
 
298 aa  59.7  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
272 aa  58.9  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0397  oxidoreductase  29.82 
 
 
248 aa  58.2  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.290459 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  27.34 
 
 
250 aa  58.5  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.42 
 
 
266 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.871012  hitchhiker  0.000000000383418 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.76 
 
 
259 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  25.59 
 
 
261 aa  57.4  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.68 
 
 
292 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.858349  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.29 
 
 
249 aa  56.6  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.726547  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.68 
 
 
266 aa  56.6  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.99 
 
 
247 aa  56.6  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
248 aa  56.6  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.464003 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.91 
 
 
247 aa  56.2  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38500  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  29.13 
 
 
253 aa  56.2  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  29.13 
 
 
261 aa  56.2  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
248 aa  56.2  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.23 
 
 
260 aa  56.2  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  29.13 
 
 
261 aa  56.2  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.98 
 
 
252 aa  55.8  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0095  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.98 
 
 
249 aa  55.8  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.29 
 
 
269 aa  55.8  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  25.9 
 
 
250 aa  55.8  0.0000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.75 
 
 
240 aa  55.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.243265  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  24.26 
 
 
246 aa  55.1  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.47 
 
 
250 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  26.74 
 
 
261 aa  55.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.64 
 
 
237 aa  53.9  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62919  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 
285 aa  53.9  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.2 
 
 
231 aa  54.3  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>