More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1280 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_29270  DNA helicase, Rad3  64.12 
 
 		 684 aa  803    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11361  ATP-dependent helicase dinG  59.73 
 
 		 664 aa  687    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00520548  normal  0.0965757 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2167  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  58.65 
 
 		 706 aa  690    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0995  helicase c2  63.34 
 
 		 681 aa  823    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.900844  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2205  helicase c2  62.48 
 
 		 676 aa  701    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.632178  normal  0.363279 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1812  helicase c2  54.23 
 
 		 706 aa  664    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2347  helicase c2  62.28 
 
 		 670 aa  728    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.490547  normal  0.859108 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3855  helicase c2  62.42 
 
 		 665 aa  736    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.210682  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1280  helicase c2  100 
 
 		 677 aa  1337    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0225088  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1504  helicase c2  54.91 
 
 		 672 aa  643    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328202  normal  0.416282 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17400  DNA helicase, Rad3  54.6 
 
 		 765 aa  646    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0589917  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3929  helicase c2  62.42 
 
 		 665 aa  736    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0336304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1957  helicase c2  66.14 
 
 		 699 aa  856    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0276528  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4298  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.19 
 
 		 666 aa  744    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.641288 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6530  putative ATP-dependent helicase  61.65 
 
 		 674 aa  751    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.290122  normal  0.0410108 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3841  helicase c2  62.42 
 
 		 665 aa  736    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.478709  normal  0.0359375 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3345  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.89 
 
 		 694 aa  758    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.127637  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23060  DNA helicase, Rad3  51.74 
 
 		 692 aa  581  1e-164  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0774743 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1467  helicase c2  50.71 
 
 		 690 aa  580  1e-164  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0659778  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1469  helicase c2  50 
 
 		 685 aa  573  1.0000000000000001e-162  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000142659 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10610  DNA helicase, Rad3  51.19 
 
 		 673 aa  571  1e-161  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.382167  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1563  helicase c2  52.2 
 
 		 728 aa  566  1e-160  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.192384  decreased coverage  0.00181092 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1256  helicase c2  51 
 
 		 696 aa  558  1e-157  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0280  helicase c2  49.85 
 
 		 683 aa  557  1e-157  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0332575 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0323  helicase c2  50.51 
 
 		 699 aa  555  1e-156  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000323796 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0239  helicase c2  47.42 
 
 		 664 aa  550  1e-155  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3824  helicase c2  51.53 
 
 		 676 aa  545  1e-153  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00296278  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07310  putative glutamate--cysteine ligase/putative amino acid ligase  48.36 
 
 		 699 aa  521  1e-146  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1052  helicase c2  48.12 
 
 		 669 aa  506  9.999999999999999e-143  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.325194 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2435  helicase c2  49.49 
 
 		 679 aa  501  1e-140  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.184328  normal  0.864461 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1566  helicase c2  59.14 
 
 		 844 aa  451  1e-125  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.102401  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1480  helicase c2  51.31 
 
 		 710 aa  420  1e-116  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.124092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.87 
 
 		 960 aa  297  3e-79  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1593  helicase c2  33.91 
 
 		 725 aa  296  8e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601772  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  34.2 
 
 		 725 aa  295  1e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  34.02 
 
 		 674 aa  296  1e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4323  helicase c2  36.14 
 
 		 631 aa  295  2e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4459  helicase c2  36.34 
 
 		 633 aa  295  3e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157065  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4478  helicase c2  35.63 
 
 		 633 aa  294  4e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.647625  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1626  ATP-dependent DNA helicase-related protein  33.86 
 
 		 713 aa  294  4e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  32.89 
 
 		 646 aa  293  9e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1106  helicase c2  30.67 
 
 		 636 aa  288  2e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.243566 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0709  helicase c2  34.56 
 
 		 650 aa  287  4e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.968194 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0820  helicase c2  34.25 
 
 		 650 aa  286  1.0000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.932295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  32.78 
 
 		 646 aa  285  2.0000000000000002e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  33.84 
 
 		 660 aa  284  3.0000000000000004e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01778  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  31.96 
 
 		 636 aa  282  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.548012  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1825  helicase c2  31.96 
 
 		 636 aa  282  1e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979985  normal  0.491186 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1896  hypothetical protein  31.96 
 
 		 636 aa  282  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01766  hypothetical protein  31.96 
 
 		 636 aa  282  1e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479225  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2535  hypothetical protein  31.96 
 
 		 636 aa  282  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2034  hypothetical protein  31.96 
 
 		 636 aa  282  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2763  helicase c2  32.79 
 
 		 634 aa  283  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0359097  hitchhiker  0.00537714 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1380  hypothetical protein  31.96 
 
 		 636 aa  282  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.434814  normal  0.350106 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1835  helicase c2  31.96 
 
 		 636 aa  281  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00837342  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0532  helicase c2  36.29 
 
 		 649 aa  282  2e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  33 
 
 		 930 aa  279  1e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2068  hypothetical protein  31.81 
 
 		 636 aa  279  1e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  26.99 
 
 		 832 aa  279  1e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  32.43 
 
 		 651 aa  279  1e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  33.69 
 
 		 643 aa  276  7e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  31.91 
 
 		 658 aa  276  7e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2147  helicase c2  33.83 
 
 		 641 aa  276  8e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0303331  hitchhiker  0.00135971 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2517  ATP-dependent helicase, DEXD family  33.83 
 
 		 641 aa  276  8e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.764826  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2017  hypothetical protein  32.89 
 
 		 634 aa  276  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.451998  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2406  hypothetical protein  32.89 
 
 		 634 aa  276  1.0000000000000001e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00282147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2128  helicase c2  32.89 
 
 		 634 aa  276  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  34.17 
 
 		 729 aa  275  2.0000000000000002e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004095  DinG family ATP-dependent helicase YoaA  31.95 
 
 		 646 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2809  helicase c2  31.42 
 
 		 707 aa  275  3e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2877  helicase c2  35.74 
 
 		 658 aa  273  7e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  31.74 
 
 		 639 aa  273  7e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4468  helicase c2  34.81 
 
 		 635 aa  273  9e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.261313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0897  helicase c2  33.69 
 
 		 647 aa  272  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01374  ATP-dependent helicase  31.57 
 
 		 644 aa  271  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01597  ATP-dependent helicase  35.33 
 
 		 675 aa  271  2e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  31.85 
 
 		 640 aa  271  2e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1933  helicase c2  31.98 
 
 		 639 aa  272  2e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  32.43 
 
 		 659 aa  270  5.9999999999999995e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1940  ATP-dependent helicase DinG  33.28 
 
 		 665 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.497186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2196  helicase c2  31.42 
 
 		 641 aa  270  7e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456377 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2013  helicase c2  32.43 
 
 		 639 aa  270  8e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.479282  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3093  helicase c2  34.84 
 
 		 681 aa  269  1e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.649657 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1965  hypothetical protein  30.9 
 
 		 636 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2022  hypothetical protein  30.9 
 
 		 636 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.6889  normal  0.891564 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1961  hypothetical protein  30.9 
 
 		 636 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.915388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  33.85 
 
 		 651 aa  269  2e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1310  hypothetical protein  30.9 
 
 		 636 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.027986  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.67 
 
 		 921 aa  268  2.9999999999999995e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1235  helicase c2  31.35 
 
 		 743 aa  268  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895293  normal  0.149585 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2378  helicase c2  31.67 
 
 		 636 aa  266  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1495  hypothetical protein  30.75 
 
 		 636 aa  266  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2228  helicase c2  31.98 
 
 		 639 aa  266  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.232993  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2455  helicase c2  29.93 
 
 		 641 aa  263  6e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1990  helicase c2  32.83 
 
 		 649 aa  263  1e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1859  helicase c2  29.93 
 
 		 674 aa  261  4e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1824  helicase c2  29.9 
 
 		 664 aa  260  5.0000000000000005e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.678424  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3886  ATP-dependent helicase  30.53 
 
 		 647 aa  259  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1619  helicase c2  28.78 
 
 		 629 aa  259  1e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1934  helicase c2  29.27 
 
 		 640 aa  258  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101214  normal  0.540234 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>