More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_1028 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 
323 aa  635    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  78.68 
 
 
321 aa  465  9.999999999999999e-131  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  69.57 
 
 
323 aa  390  1e-107  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  63.55 
 
 
322 aa  373  1e-102  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  63.24 
 
 
324 aa  366  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  63.86 
 
 
324 aa  360  2e-98  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3494  Helix-turn-helix type 11 domain protein  57.81 
 
 
344 aa  294  1e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  42.86 
 
 
328 aa  202  9e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0766  Helix-turn-helix type 11 domain protein  43.35 
 
 
303 aa  191  2e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.57 
 
 
321 aa  171  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.12 
 
 
318 aa  165  8e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.47 
 
 
321 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  33.96 
 
 
326 aa  152  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  38.48 
 
 
327 aa  152  8e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.23 
 
 
328 aa  152  8e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  44.3 
 
 
324 aa  151  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.94 
 
 
324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  36.06 
 
 
323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  37.88 
 
 
326 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0312  putative transcriptional regulator  36.46 
 
 
388 aa  144  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
314 aa  141  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.15 
 
 
321 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  38.06 
 
 
324 aa  141  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.29 
 
 
328 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.86 
 
 
323 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.84 
 
 
313 aa  136  5e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.7 
 
 
325 aa  135  9e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.04 
 
 
332 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5791  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.07 
 
 
339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.18 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  40.96 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  37.62 
 
 
317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  39.22 
 
 
321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  32.93 
 
 
327 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  33.97 
 
 
327 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.26 
 
 
330 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  40.26 
 
 
321 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.02 
 
 
335 aa  118  9.999999999999999e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.66 
 
 
366 aa  116  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242588  normal  0.121155 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3752  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.49 
 
 
327 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0372442  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.75 
 
 
336 aa  93.6  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1870  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.91 
 
 
337 aa  85.5  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.199317 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.61 
 
 
324 aa  85.1  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  28.94 
 
 
313 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.49 
 
 
303 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  25.78 
 
 
320 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.95 
 
 
230 aa  82  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  24.46 
 
 
313 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.44 
 
 
299 aa  82  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2304  helix-turn-helix, type 11  41.27 
 
 
208 aa  82.4  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  21.9 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  25.11 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  25.11 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  36.99 
 
 
230 aa  79.7  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  36.99 
 
 
230 aa  79.7  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  28.09 
 
 
313 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  28.09 
 
 
313 aa  79.3  0.00000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.25 
 
 
316 aa  79.3  0.00000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  25.11 
 
 
320 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1336  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.74 
 
 
314 aa  78.6  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30 
 
 
319 aa  78.2  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.72 
 
 
229 aa  78.2  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  25 
 
 
304 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.45 
 
 
313 aa  77.8  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  36.53 
 
 
230 aa  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.44 
 
 
302 aa  76.6  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.04 
 
 
307 aa  76.6  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.87 
 
 
317 aa  76.6  0.0000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
318 aa  75.9  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  23.81 
 
 
317 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.23 
 
 
315 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  23.51 
 
 
317 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  25.79 
 
 
229 aa  73.6  0.000000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.75 
 
 
235 aa  73.6  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.76 
 
 
298 aa  73.2  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  23.51 
 
 
317 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0716  hypothetical protein  23.15 
 
 
348 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.129876  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.26 
 
 
335 aa  73.2  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  22.53 
 
 
317 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.48 
 
 
317 aa  72.8  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  27.86 
 
 
316 aa  72.4  0.000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  27.66 
 
 
323 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  23.21 
 
 
317 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.17 
 
 
318 aa  72.4  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  33.65 
 
 
318 aa  71.6  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
360 aa  71.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  23.46 
 
 
311 aa  70.9  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
230 aa  70.5  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.69 
 
 
232 aa  70.1  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.1 
 
 
318 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2626  helix-turn-helix, type 11  59.68 
 
 
230 aa  69.7  0.00000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.182787  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2670  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  59.68 
 
 
230 aa  69.7  0.00000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.750457  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.92 
 
 
302 aa  69.7  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  30.84 
 
 
226 aa  69.3  0.00000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  20.82 
 
 
322 aa  69.3  0.00000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  32.53 
 
 
306 aa  69.3  0.00000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  22.87 
 
 
317 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  22.87 
 
 
317 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.15 
 
 
321 aa  68.6  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7049  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  33.92 
 
 
233 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.135487  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>