241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0484 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_0484  phytoene desaturase  100 
 
 		 493 aa  961    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  44.81 
 
 		 509 aa  323  4e-87  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  45.61 
 
 		 502 aa  315  9.999999999999999e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  43.27 
 
 		 506 aa  313  4.999999999999999e-84  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  43.37 
 
 		 492 aa  297  3e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  42.04 
 
 		 503 aa  296  4e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  40.97 
 
 		 504 aa  295  8e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  39.88 
 
 		 519 aa  285  1.0000000000000001e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  41.04 
 
 		 512 aa  277  4e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  40.66 
 
 		 512 aa  275  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  40.66 
 
 		 512 aa  275  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  41.78 
 
 		 503 aa  273  4.0000000000000004e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  41.86 
 
 		 494 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  39.68 
 
 		 492 aa  265  1e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  38.88 
 
 		 492 aa  264  3e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  41.99 
 
 		 506 aa  261  2e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  40.08 
 
 		 507 aa  260  5.0000000000000005e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  41.12 
 
 		 494 aa  248  2e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  39.26 
 
 		 489 aa  238  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0470  phytoene desaturase  36.96 
 
 		 496 aa  206  6e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  27.24 
 
 		 492 aa  157  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  26.47 
 
 		 537 aa  156  7e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  26.07 
 
 		 502 aa  154  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  26.07 
 
 		 502 aa  154  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  28.35 
 
 		 492 aa  150  5e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  30.78 
 
 		 507 aa  149  9e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  31.91 
 
 		 498 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  28.88 
 
 		 504 aa  145  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  29.37 
 
 		 504 aa  145  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  27.69 
 
 		 497 aa  144  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  30.65 
 
 		 492 aa  144  3e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  29.43 
 
 		 505 aa  144  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  29.56 
 
 		 492 aa  142  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  27.29 
 
 		 493 aa  142  9.999999999999999e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  28.24 
 
 		 519 aa  141  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  30.43 
 
 		 525 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  29.82 
 
 		 498 aa  139  8.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  30.14 
 
 		 508 aa  139  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  27.97 
 
 		 491 aa  139  1e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  22.5 
 
 		 494 aa  138  2e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  30.23 
 
 		 530 aa  139  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  29.47 
 
 		 508 aa  137  4e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  26.82 
 
 		 511 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  30.16 
 
 		 530 aa  137  5e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  27.81 
 
 		 531 aa  136  7.000000000000001e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  29.01 
 
 		 499 aa  136  7.000000000000001e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  30.04 
 
 		 530 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  23.86 
 
 		 493 aa  133  6.999999999999999e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0703  phytoene desaturase  25.2 
 
 		 453 aa  132  9e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.687275  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  25.58 
 
 		 501 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  29.38 
 
 		 500 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  28.26 
 
 		 529 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  26.97 
 
 		 511 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  25.99 
 
 		 511 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  30 
 
 		 508 aa  126  7e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  29.94 
 
 		 527 aa  126  8.000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  28.1 
 
 		 518 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  28.85 
 
 		 508 aa  125  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  28.54 
 
 		 518 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  29.61 
 
 		 508 aa  125  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  28.54 
 
 		 518 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  27.05 
 
 		 519 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  26.33 
 
 		 507 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  25.25 
 
 		 511 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  29.58 
 
 		 495 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  27.38 
 
 		 512 aa  120  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  22.66 
 
 		 488 aa  117  3.9999999999999997e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  27.08 
 
 		 497 aa  117  5e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  25.48 
 
 		 504 aa  116  8.999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  27.44 
 
 		 495 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  28.51 
 
 		 492 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  26.38 
 
 		 512 aa  114  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  27.57 
 
 		 506 aa  114  5e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0318  phytoene desaturase  30.26 
 
 		 526 aa  114  5e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.158779  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  26.6 
 
 		 490 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21220  phytoene desaturase  30.87 
 
 		 566 aa  111  2.0000000000000002e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29222  predicted protein  25.42 
 
 		 521 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.821914  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1073  phytoene dehydrogenase-related protein  25.56 
 
 		 460 aa  111  3e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  22.2 
 
 		 488 aa  110  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  29.38 
 
 		 552 aa  109  9.000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  24.73 
 
 		 546 aa  109  9.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  26.19 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  29.32 
 
 		 495 aa  107  4e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  26 
 
 		 512 aa  107  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  25.75 
 
 		 490 aa  104  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04430  phytoene desaturase  28.92 
 
 		 548 aa  104  3e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  19.08 
 
 		 499 aa  103  5e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  23.93 
 
 		 549 aa  103  6e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  27.03 
 
 		 496 aa  103  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  27.42 
 
 		 524 aa  103  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  28.39 
 
 		 536 aa  102  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1606  phytoene desaturase  19.37 
 
 		 511 aa  102  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000200105  unclonable  6.43078e-23 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  25.95 
 
 		 553 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  28.37 
 
 		 500 aa  100  4e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  25.86 
 
 		 509 aa  100  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  24.7 
 
 		 553 aa  99.8  9e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  25.91 
 
 		 552 aa  99.8  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  27.78 
 
 		 475 aa  97.4  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  24.7 
 
 		 518 aa  96.7  8e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12770  phytoene desaturase  29.13 
 
 		 532 aa  94  6e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.500323 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>