65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0224 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_3014  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  100 
 
 
482 aa  975    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1868  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  100 
 
 
482 aa  975    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0224  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  100 
 
 
482 aa  975    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3229  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  100 
 
 
482 aa  975    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0009  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  60.57 
 
 
472 aa  472  1e-132  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1096  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  39.05 
 
 
467 aa  236  5.0000000000000005e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1826  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  58.29 
 
 
233 aa  233  6e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1138  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  33.57 
 
 
442 aa  174  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4625  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  33.71 
 
 
464 aa  170  5e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1606  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  34.77 
 
 
476 aa  169  1e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.77483  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5199  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  33.09 
 
 
471 aa  167  4e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6615  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  43.17 
 
 
561 aa  119  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1544  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  37.16 
 
 
390 aa  117  5e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.170767 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3347  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  35.23 
 
 
236 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1501  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  41.99 
 
 
181 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.124418  hitchhiker  0.00011346 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3209  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  35.23 
 
 
236 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000122349  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1556  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  40 
 
 
181 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.568333 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3350  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  37.37 
 
 
205 aa  106  9e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.579719 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2928  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  32.46 
 
 
197 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3157  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  36.84 
 
 
205 aa  103  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.660843  normal  0.490567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2989  plasmid pRiA4b ORF-3-like  34.44 
 
 
198 aa  103  5e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.176424  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5534  plasmid pRiA4b ORF-3-like  35.33 
 
 
196 aa  103  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1348  hypothetical protein  31.18 
 
 
189 aa  103  8e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.244032  normal  0.420719 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1894  YgfB and YecA  39.44 
 
 
432 aa  102  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00737905  normal  0.979127 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7639  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  34 
 
 
198 aa  102  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.836556 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6856  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  31.38 
 
 
198 aa  101  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424573  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4524  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  34.07 
 
 
192 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4882  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  34.21 
 
 
207 aa  97.1  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1350  hypothetical protein  30.53 
 
 
188 aa  94.7  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0718153  normal  0.422526 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0736  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  41.13 
 
 
200 aa  94  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1895  hypothetical protein  35.46 
 
 
198 aa  92.4  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.138614  normal  0.862724 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1546  ORF-3 family protein  34.41 
 
 
205 aa  92  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0403553 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5189  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  34.06 
 
 
189 aa  91.3  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0165882  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3702  hypothetical protein  39.44 
 
 
200 aa  90.5  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4396  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  39.44 
 
 
200 aa  90.5  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2272  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  32.32 
 
 
383 aa  89.7  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1473  hypothetical protein  34.01 
 
 
224 aa  88.6  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0966536  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4094  hypothetical protein  34.9 
 
 
180 aa  88.6  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7408  hypothetical protein  34.01 
 
 
219 aa  88.2  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2027  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  32.86 
 
 
522 aa  87.8  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000415443  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5433  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  32.18 
 
 
231 aa  88.2  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0270  hypothetical protein  34.01 
 
 
219 aa  88.2  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7311  hypothetical protein  34.01 
 
 
219 aa  88.2  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3332  hypothetical protein  34.01 
 
 
219 aa  88.2  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7710  hypothetical protein  34.01 
 
 
219 aa  88.2  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0533799 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1921  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  31.38 
 
 
196 aa  87  6e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0745  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  34.84 
 
 
211 aa  87  7e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3173  hypothetical protein  34.34 
 
 
237 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158168  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2884  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  34.03 
 
 
521 aa  84  0.000000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1222  hypothetical protein  29.32 
 
 
200 aa  82.8  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0351  hypothetical protein  33.14 
 
 
200 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0186  hypothetical protein  29.32 
 
 
200 aa  82.8  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4604  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  34.17 
 
 
220 aa  80.1  0.00000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04841  hypothetical protein  29.35 
 
 
196 aa  78.6  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4606  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  30.89 
 
 
205 aa  77.4  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0299276  normal  0.248208 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1254  hypothetical protein  28.86 
 
 
209 aa  61.6  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3019  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  22.35 
 
 
230 aa  57.4  0.0000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6051  hypothetical protein  33.66 
 
 
280 aa  53.5  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4150  hypothetical protein  33.94 
 
 
221 aa  50.4  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.038459  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5922  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  42.86 
 
 
114 aa  48.9  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0548  hypothetical protein  28.1 
 
 
212 aa  48.5  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1853  hypothetical protein  30.36 
 
 
169 aa  47.8  0.0004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1536  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  27.89 
 
 
512 aa  45.4  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3905  hypothetical protein  31.78 
 
 
453 aa  45.1  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5295  hypothetical protein  39.62 
 
 
164 aa  43.5  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>