More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0046 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_0046  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
209 aa  413  1e-114  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1225  TetR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
208 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.657492  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3938  transcriptional regulator, TetR family  41.74 
 
 
231 aa  77  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00284915  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1751  TetR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
206 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6341  TetR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
206 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0497044  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1738  TetR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
206 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5034  TetR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
206 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.553825 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2373  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
205 aa  72.8  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30610  transcriptional regulator  39.69 
 
 
201 aa  69.7  0.00000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1264  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 
206 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599329  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1521  TetR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
206 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.375612 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2996  TetR family transcriptional regulator  34.53 
 
 
237 aa  65.5  0.0000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3524  TetR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
187 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4364  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 
206 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9154  putative transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 
226 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231214  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2291  transcriptional regulator, TetR family  41.11 
 
 
205 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.857741  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1969  TetR family transcriptional regulator  41.11 
 
 
205 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0320964 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5812  TetR family transcriptional regulator  49.21 
 
 
188 aa  62  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0159111 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0955  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
212 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2294  TetR family regulatory protein  31.06 
 
 
206 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2102  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
206 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.526616  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2161  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
206 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.720901  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1659  TetR family transcriptional regulator  48.81 
 
 
206 aa  61.6  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1428  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
204 aa  61.2  0.000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.530378  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1659  TetR family transcriptional regulator  59.26 
 
 
206 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5987  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 
204 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5045  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 
206 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906168  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5815  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 
206 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28480  transcriptional regulator  43.01 
 
 
326 aa  60.1  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.552525 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6268  TetR family transcriptional regulator  41.57 
 
 
182 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.700387  normal  0.409486 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4194  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
201 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4654  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 
199 aa  58.5  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.416931  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24710  transcriptional regulator, tetR family  35.48 
 
 
198 aa  58.5  0.00000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2460  TetR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
201 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.315446  normal  0.37249 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  40 
 
 
196 aa  58.5  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0235  transcriptional regulator, TetR family  44.78 
 
 
199 aa  58.2  0.00000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0309861  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  30.97 
 
 
221 aa  58.2  0.00000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3783  TetR family transcriptional regulator  38.37 
 
 
197 aa  58.2  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.539516 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2845  TetR family transcriptional regulator  39.56 
 
 
197 aa  57.8  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.735257  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5280  TetR family transcriptional regulator  45.07 
 
 
175 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2508  TetR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
195 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332011  normal  0.924216 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2799  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
217 aa  56.6  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.364827  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2290  TetR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
206 aa  57  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.721121  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 
219 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0312  TetR family transcriptional regulator  43.21 
 
 
182 aa  56.6  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
196 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1116  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
209 aa  55.8  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.863597  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0425  transcriptional regulator, TetR family  47.14 
 
 
195 aa  55.5  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.752712  normal  0.122961 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1052  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 
215 aa  55.5  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.857726  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0191  TetR family transcriptional regulator  23.5 
 
 
210 aa  54.7  0.0000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3960  TetR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
201 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110455  normal  0.471806 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5710  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
222 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1866  TetR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
201 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.115406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
198 aa  54.7  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2461  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
234 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.460998  normal  0.536684 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1709  transcriptional regulator, TetR family  29.92 
 
 
198 aa  53.5  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 
224 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3550  putative transcriptional regulator, TetR family  43.18 
 
 
374 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0101342  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1415  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 
224 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4193  TetR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
200 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1451  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 
224 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3734  TetR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
202 aa  53.5  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0165853  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6828  TetR family transcriptional regulator  45.59 
 
 
225 aa  53.1  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196798  normal  0.216852 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2939  transcriptional regulator, TetR family  46.88 
 
 
360 aa  53.1  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0355871  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4359  regulatory protein, TetR  44.07 
 
 
196 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3722  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 
202 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.869277  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  29.77 
 
 
226 aa  53.1  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3795  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 
202 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796114  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  47.14 
 
 
224 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  50.85 
 
 
202 aa  52.8  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6397  TetR family transcriptional regulator  40.26 
 
 
218 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.467706 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1632  transcriptional regulator, TetR family  56.25 
 
 
239 aa  52.8  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5717  transcriptional regulator, TetR family  45.31 
 
 
197 aa  52.8  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.985195 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4804  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
210 aa  52.8  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0360919  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  46.67 
 
 
213 aa  52.4  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
210 aa  52  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  39.36 
 
 
195 aa  52  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  51.72 
 
 
216 aa  52  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2788  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 
201 aa  51.6  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 
210 aa  51.6  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4588  transcriptional regulator, TetR family  48.28 
 
 
206 aa  51.6  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.112472 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13232  TetR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
228 aa  51.6  0.000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.414971 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2580  TetR family transcriptional regulator  27.12 
 
 
211 aa  51.6  0.000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.257801 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  40.45 
 
 
255 aa  51.6  0.000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0972  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 
233 aa  51.2  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.93446  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  52.83 
 
 
217 aa  51.2  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2482  transcriptional regulator, TetR family  40.22 
 
 
196 aa  51.2  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1467  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 
217 aa  50.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  40.45 
 
 
247 aa  51.2  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  50.88 
 
 
212 aa  50.8  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2613  transcriptional regulator, TetR family  42.37 
 
 
212 aa  50.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.443179 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 
219 aa  50.8  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.190126 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  47.14 
 
 
222 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22310  transcriptional regulator, tetR family  32.04 
 
 
202 aa  50.4  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009565  TBFG_10078  transcriptional regulator  38.55 
 
 
201 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.105796 
 
 
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NC_007777  Francci3_0828  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
225 aa  50.4  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  50.88 
 
 
212 aa  50.4  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
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NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 
207 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
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NC_013204  Elen_2311  transcriptional regulator, TetR family  43.59 
 
 
235 aa  50.8  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  39.33 
 
 
220 aa  50.8  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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