More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0005 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 401 aa  790    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  61.24 
 
 		 389 aa  439  9.999999999999999e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  60.67 
 
 		 386 aa  438  9.999999999999999e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  58.52 
 
 		 397 aa  427  1e-118  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  58.97 
 
 		 380 aa  419  1e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  58.97 
 
 		 380 aa  419  1e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  58.72 
 
 		 380 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  60.7 
 
 		 371 aa  407  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.02 
 
 		 377 aa  394  1e-108  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  56.19 
 
 		 390 aa  389  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  58.82 
 
 		 380 aa  390  1e-107  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  57.56 
 
 		 385 aa  388  1e-106  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  56.72 
 
 		 390 aa  382  1e-105  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.01 
 
 		 378 aa  377  1e-103  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  56.68 
 
 		 377 aa  373  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  50.61 
 
 		 401 aa  369  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.41 
 
 		 399 aa  367  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  57.22 
 
 		 376 aa  366  1e-100  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  52.12 
 
 		 402 aa  367  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  51 
 
 		 414 aa  363  4e-99  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  50.12 
 
 		 420 aa  361  1e-98  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  52.82 
 
 		 397 aa  360  3e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  53.18 
 
 		 399 aa  358  9.999999999999999e-98  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  57.29 
 
 		 379 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  55.7 
 
 		 377 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  52.27 
 
 		 381 aa  355  6.999999999999999e-97  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  52.67 
 
 		 390 aa  352  1e-95  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  53.02 
 
 		 401 aa  350  3e-95  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.71 
 
 		 391 aa  348  9e-95  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  47.77 
 
 		 415 aa  334  1e-90  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  52.97 
 
 		 398 aa  332  1e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  47.67 
 
 		 414 aa  319  5e-86  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  47.09 
 
 		 371 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  52.25 
 
 		 485 aa  296  3e-79  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  48.26 
 
 		 404 aa  292  7e-78  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  39.11 
 
 		 395 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  31.03 
 
 		 433 aa  213  7e-54  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  53.62 
 
 		 457 aa  209  7e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  32.01 
 
 		 361 aa  209  8e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  32.01 
 
 		 361 aa  209  8e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  33.16 
 
 		 375 aa  206  5e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  32.91 
 
 		 375 aa  204  2e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  32.66 
 
 		 375 aa  204  3e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  32.66 
 
 		 375 aa  204  3e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  32.91 
 
 		 375 aa  204  3e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  32.66 
 
 		 375 aa  204  3e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  32.66 
 
 		 375 aa  202  7e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  32.66 
 
 		 375 aa  202  7e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  32.66 
 
 		 375 aa  202  7e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  36.39 
 
 		 375 aa  202  8e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  32.83 
 
 		 373 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  33.16 
 
 		 375 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  35.1 
 
 		 371 aa  195  1e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.97 
 
 		 365 aa  195  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  33.69 
 
 		 374 aa  195  1e-48  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  32.43 
 
 		 374 aa  191  2e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  31.15 
 
 		 369 aa  188  1e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.57 
 
 		 386 aa  189  1e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  31.48 
 
 		 369 aa  188  2e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  31.02 
 
 		 366 aa  187  2e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.2 
 
 		 360 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.83 
 
 		 372 aa  182  6e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  30.47 
 
 		 374 aa  182  6e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  31.61 
 
 		 371 aa  181  2e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.44 
 
 		 373 aa  181  2e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  33.61 
 
 		 372 aa  179  7e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  31.59 
 
 		 370 aa  179  8e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  31.59 
 
 		 370 aa  179  8e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  36.62 
 
 		 398 aa  178  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.59 
 
 		 376 aa  176  5e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.89 
 
 		 382 aa  174  2.9999999999999996e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  31.34 
 
 		 374 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  31.08 
 
 		 371 aa  170  4e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.09 
 
 		 371 aa  168  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.67 
 
 		 370 aa  166  6.9999999999999995e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  28.61 
 
 		 364 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  32.33 
 
 		 384 aa  163  6e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.69 
 
 		 364 aa  161  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  33.67 
 
 		 392 aa  160  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  31.14 
 
 		 359 aa  160  4e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  32.72 
 
 		 376 aa  160  5e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.97 
 
 		 369 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  35.95 
 
 		 394 aa  158  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  34.62 
 
 		 387 aa  158  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  31.5 
 
 		 364 aa  157  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  33.33 
 
 		 365 aa  157  4e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.99 
 
 		 372 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  33.67 
 
 		 385 aa  155  9e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.54 
 
 		 372 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  36.11 
 
 		 387 aa  154  2e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.11 
 
 		 363 aa  154  2.9999999999999998e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.89 
 
 		 374 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  30.92 
 
 		 365 aa  151  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  27.52 
 
 		 377 aa  151  2e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  32.42 
 
 		 370 aa  151  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  31.81 
 
 		 368 aa  150  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.23 
 
 		 359 aa  150  4e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2998  DNA replication and repair protein RecF  34.08 
 
 		 357 aa  149  7e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0957887  normal  0.356139 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  29 
 
 		 378 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  26.95 
 
 		 362 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>