More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tneu_0080 on replicon NC_010525
Organism: Thermoproteus neutrophilus V24Sta



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  100 
 
 
331 aa  666  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  87.77 
 
 
328 aa  605  1e-172  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  7.87218e-06 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  86.1 
 
 
333 aa  594  1e-169  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  83.99 
 
 
331 aa  581  1e-165  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  53.94 
 
 
335 aa  378  1e-104  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  52.76 
 
 
338 aa  355  8e-97  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  49.68 
 
 
338 aa  331  1e-89  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  49.36 
 
 
321 aa  325  6e-88  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.44 
 
 
331 aa  297  2e-79  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44 
 
 
333 aa  291  8e-78  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44 
 
 
333 aa  291  1e-77  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44 
 
 
333 aa  291  1e-77  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.52 
 
 
359 aa  286  3e-76  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.16 
 
 
331 aa  284  2e-75  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  47.4 
 
 
286 aa  278  1e-73  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  41.4 
 
 
332 aa  265  1e-69  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  41.74 
 
 
484 aa  252  8e-66  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  42.22 
 
 
503 aa  243  4e-63  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  42.02 
 
 
481 aa  241  1e-62  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  44.79 
 
 
310 aa  240  3e-62  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  46.02 
 
 
302 aa  238  8e-62  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  40.2 
 
 
475 aa  234  2e-60  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1369  pseudouridylate synthase TruB domain protein  44.18 
 
 
251 aa  230  2e-59  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.862548  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  42.96 
 
 
299 aa  226  3e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  41.69 
 
 
322 aa  224  1e-57  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  40.5 
 
 
411 aa  224  2e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0057  PUA domain-containing protein  46.35 
 
 
233 aa  219  7e-56  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.510728 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  40.82 
 
 
295 aa  218  1e-55  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  42.91 
 
 
282 aa  217  3e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  39.58 
 
 
304 aa  208  1e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  37.66 
 
 
343 aa  206  3e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  34.63 
 
 
314 aa  197  2e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  35.97 
 
 
299 aa  191  2e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  30.62 
 
 
317 aa  129  6e-29  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  31.76 
 
 
292 aa  126  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  3.66042e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  31.27 
 
 
305 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  31.86 
 
 
309 aa  124  3e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  31.86 
 
 
309 aa  124  3e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  31.27 
 
 
305 aa  121  1e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  30.83 
 
 
318 aa  121  2e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  32.49 
 
 
318 aa  121  2e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  31.12 
 
 
306 aa  121  2e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  33.45 
 
 
302 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  31.18 
 
 
305 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  31.18 
 
 
305 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  33.6 
 
 
304 aa  120  4e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  8.95381e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  30.93 
 
 
305 aa  119  5e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  32.58 
 
 
312 aa  120  5e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  31.19 
 
 
318 aa  119  5e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  30.65 
 
 
314 aa  119  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  30.58 
 
 
305 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  31.06 
 
 
303 aa  117  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  29.2 
 
 
309 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  29.9 
 
 
307 aa  117  4e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  29.67 
 
 
309 aa  116  5e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  30.27 
 
 
324 aa  116  6e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  31.64 
 
 
314 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  30.27 
 
 
324 aa  116  6e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  30.27 
 
 
324 aa  116  6e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  30.84 
 
 
314 aa  115  8e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  35 
 
 
314 aa  115  1e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  31.62 
 
 
314 aa  114  2e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  31.48 
 
 
314 aa  114  2e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  29.2 
 
 
314 aa  114  2e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  31.02 
 
 
314 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  31.18 
 
 
328 aa  114  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  31.64 
 
 
315 aa  114  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  31.02 
 
 
314 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  27.46 
 
 
310 aa  113  4e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  29.51 
 
 
309 aa  113  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  30.66 
 
 
314 aa  113  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  30.19 
 
 
310 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  30.66 
 
 
310 aa  112  7e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  30.07 
 
 
305 aa  112  7e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  32.28 
 
 
313 aa  112  7e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  32.32 
 
 
314 aa  112  8e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  31.06 
 
 
321 aa  112  8e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  31.56 
 
 
314 aa  112  9e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  31.56 
 
 
314 aa  112  9e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  31.56 
 
 
314 aa  112  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  31.56 
 
 
314 aa  112  9e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  31.56 
 
 
314 aa  112  9e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  31.56 
 
 
314 aa  112  9e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  31.56 
 
 
314 aa  112  1e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  30.22 
 
 
303 aa  111  2e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  30.66 
 
 
310 aa  111  2e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  30.3 
 
 
304 aa  111  2e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  35.1 
 
 
314 aa  111  2e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  30.31 
 
 
310 aa  111  2e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  29.66 
 
 
304 aa  111  2e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  31.58 
 
 
313 aa  111  2e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  30.18 
 
 
302 aa  110  3e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  8.01793e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  31.55 
 
 
308 aa  110  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  31.42 
 
 
307 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  26.12 
 
 
303 aa  110  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  26.12 
 
 
303 aa  110  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  31.76 
 
 
304 aa  110  4e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.48729e-10  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  29.86 
 
 
317 aa  110  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  9.61174e-07 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  28.33 
 
 
301 aa  109  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  29.09 
 
 
299 aa  109  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>