More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmz1t_R0002 on replicon NC_011662
Organism: Thauera sp. MZ1T



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_R0056  16S ribosomal RNA  86.76 
 
 
1529 bp  957  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000107545  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0180  16S ribosomal RNA  86.72 
 
 
1535 bp  938  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00832211  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0176  16S ribosomal RNA  86.72 
 
 
1535 bp  938  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00122609  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0164  16S ribosomal RNA  86.72 
 
 
1535 bp  938  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000116469  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0086  16S ribosomal RNA  86.72 
 
 
1535 bp  938  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00429371  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0035  16S ribosomal RNA  86.72 
 
 
1535 bp  938  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00917467  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0019  16S ribosomal RNA  86.72 
 
 
1535 bp  938  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  3.23634e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0016  16S ribosomal RNA  86.72 
 
 
1535 bp  938  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0663603  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0007  16S ribosomal RNA  86.72 
 
 
1535 bp  938  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  3.66744e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0004  16S ribosomal RNA  86.72 
 
 
1535 bp  938  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0208562  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0001  16S ribosomal RNA  86.72 
 
 
1535 bp  938  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000171195  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0165  16S ribosomal RNA  86.58 
 
 
1535 bp  1140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000523059  hitchhiker  6.88054e-08 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0162  16S ribosomal RNA  86.64 
 
 
1535 bp  932  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00604242  hitchhiker  6.81639e-08 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0158  16S ribosomal RNA  86.64 
 
 
1535 bp  932  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000510494  hitchhiker  2.47002e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0149  16S ribosomal RNA  86.64 
 
 
1535 bp  932  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.071936  normal  0.0509525 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0050  16S ribosomal RNA  86.48 
 
 
1535 bp  1150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.78151e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0020  16S ribosomal RNA  86.64 
 
 
1535 bp  932  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00279939  hitchhiker  0.00693289 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0008  16S ribosomal RNA  91.16 
 
 
1526 bp  1340  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00875237  normal  0.0127066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0013  16S ribosomal RNA  91.16 
 
 
1526 bp  1340  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152184  decreased coverage  0.00167903 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0030  16S ribosomal RNA  91.16 
 
 
1526 bp  1340  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0013  16S ribosomal RNA  86.76 
 
 
1529 bp  957  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  8.82287e-05  hitchhiker  0.00137418 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0006  16S ribosomal RNA  86.66 
 
 
1529 bp  950  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  2.03235e-05  hitchhiker  5.391e-05 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0095  16S ribosomal RNA  86.76 
 
 
1529 bp  957  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  2.26987e-07  hitchhiker  5.01486e-06 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0090  16S ribosomal RNA  86.66 
 
 
1529 bp  950  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  1.37166e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0058  16S ribosomal RNA  86.76 
 
 
1529 bp  957  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  2.07326e-06  normal  0.764569 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0021  16S ribosomal RNA  86.76 
 
 
1529 bp  957  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  1.42158e-06  hitchhiker  0.000111868 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0014  16S ribosomal RNA  86.76 
 
 
1529 bp  957  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  2.81309e-07  normal  0.538779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0004  16S ribosomal RNA  86.76 
 
 
1529 bp  957  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  5.34371e-08  normal  0.567436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0001  16S ribosomal RNA  86.76 
 
 
1529 bp  957  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  1.66692e-10  normal  0.414119 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_R0079  16S ribosomal RNA  88.85 
 
 
1526 bp  1629  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  2.32909e-09  normal  0.0762445 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0072  16S ribosomal RNA  88.85 
 
 
1526 bp  1616  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  6.72312e-10  normal  0.125016 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0069  16S ribosomal RNA  88.85 
 
 
1526 bp  1616  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  2.48353e-07  normal  0.741458 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0019  16S ribosomal RNA  88.85 
 
 
1526 bp  1629  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  unclonable  9.89523e-11  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0004  16S ribosomal RNA  88.85 
 
 
1526 bp  1629  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  4.23503e-07  hitchhiker  0.00389756 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0098  16S ribosomal RNA  91.16 
 
 
1526 bp  1340  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00051751 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0093  16S ribosomal RNA  91.16 
 
 
1526 bp  1340  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  9.57527e-05 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0015  16S ribosomal RNA  86.64 
 
 
1535 bp  932  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  7.18595e-07  hitchhiker  0.0010461 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0010  16S ribosomal RNA  86.64 
 
 
1535 bp  932  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0022303  hitchhiker  0.000320852 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0007  16S ribosomal RNA  86.64 
 
 
1535 bp  932  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000169782  hitchhiker  4.6317e-08 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0068  16S ribosomal RNA  84.33 
 
 
1555 bp  1055  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  8.2841e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0021  16S ribosomal RNA  84.2 
 
 
1555 bp  1039  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267003  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0009  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 
1555 bp  1047  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.07076e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0005  16S ribosomal RNA  85.31 
 
 
1555 bp  1043  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000520718  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0001  16S ribosomal RNA  84.42 
 
 
1555 bp  1055  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000995354  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0002  16S ribosomal RNA  89.47 
 
 
1536 bp  1106  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  2.13564e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3540  16S ribosomal RNA  89.09 
 
 
1534 bp  1663  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  6.97615e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0450  16S ribosomal RNA  89.09 
 
 
1534 bp  1663  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  3.75277e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1898  16S ribosomal RNA  89.09 
 
 
1534 bp  1663  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  6.77569e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0903  16S ribosomal RNA  89.09 
 
 
1534 bp  1663  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  9.0356e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0494  16S ribosomal RNA  89.03 
 
 
1508 bp  1635  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.016135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3833  16S ribosomal RNA  88.93 
 
 
1488 bp  1610  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0238714  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3569  16S ribosomal RNA  88.93 
 
 
1488 bp  1610  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0185399  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1337  16S ribosomal RNA  88.94 
 
 
1489 bp  1612  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.189427  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0591  16S ribosomal RNA  89.09 
 
 
1534 bp  1663  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  1.09926e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3772  16S ribosomal RNA  89.09 
 
 
1534 bp  1663  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  2.60729e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0115  16S ribosomal RNA  84.42 
 
 
1555 bp  1055  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  3.62636e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0123  16S ribosomal RNA  84.35 
 
 
1555 bp  1047  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0112353  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0130  16S ribosomal RNA  84.27 
 
 
1555 bp  1047  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0256321  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0004  16S ribosomal RNA  86.64 
 
 
1535 bp  932  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0846799  hitchhiker  4.08163e-09 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0001  16S ribosomal RNA  86.64 
 
 
1535 bp  932  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0810962  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6153  16S ribosomal RNA  87.2 
 
 
1497 bp  936  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0118528  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5403  16S ribosomal RNA  87.2 
 
 
1497 bp  936  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00231209  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4846  16S ribosomal RNA  87.2 
 
 
1497 bp  936  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0349073  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0811  16S ribosomal RNA  87.2 
 
 
1497 bp  936  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00289135  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0093  16S ribosomal RNA  86.76 
 
 
1538 bp  957  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  8.12377e-06  hitchhiker  0.0037636 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0064  16S ribosomal RNA  86.66 
 
 
1538 bp  950  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  1.60038e-06  normal  0.787377 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0031  16S ribosomal RNA  86.66 
 
 
1549 bp  950  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  1.43019e-06  normal  0.620108 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0018  16S ribosomal RNA  86.66 
 
 
1549 bp  950  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  7.71769e-05  normal  0.359976 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0009  16S ribosomal RNA  86.66 
 
 
1549 bp  950  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  8.05602e-06  hitchhiker  0.000585754 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0001  16S ribosomal RNA  86.66 
 
 
1549 bp  950  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  5.84792e-06  normal  0.761928 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0082  16S ribosomal RNA  87.06 
 
 
1537 bp  950  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  5.64092e-05  normal  0.151299 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0074  16S ribosomal RNA  87.06 
 
 
1537 bp  950  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  1.52418e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0034  16S ribosomal RNA  87.06 
 
 
1548 bp  950  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000185236  normal  0.225155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0008  16S ribosomal RNA  87.06 
 
 
1548 bp  950  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00185105  hitchhiker  0.000712257 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3543  16S ribosomal RNA  89.09 
 
 
1534 bp  1663  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  3.04839e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna158  16S ribosomal RNA  84.42 
 
 
1546 bp  936  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00164008  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0043  16S ribosomal RNA  87.46 
 
 
1526 bp  1017  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  8.09065e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0074  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1527 bp  3027  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  unclonable  2.32355e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0059  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1527 bp  3027  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  1.214e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0016  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1527 bp  3027  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  unclonable  1.14051e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0002  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1527 bp  3027  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00839807  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0052  16S ribosomal RNA  86.74 
 
 
1459 bp  942  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000233456  normal  0.528995 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0009  16S ribosomal RNA  86.74 
 
 
1459 bp  942  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000834644  hitchhiker  0.00771881 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0090  16S ribosomal RNA  85.64 
 
 
1540 bp  1241  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  1.61015e-06  normal  0.0579728 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0085  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 
1540 bp  1249  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  7.70905e-07  normal  0.127075 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0007  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 
1540 bp  1249  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  unclonable  4.43158e-10  hitchhiker  0.00339751 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0002  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 
1540 bp  1249  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  1.53302e-05  normal  0.0205506 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0055  16S ribosomal RNA  88.48 
 
 
1531 bp  1011  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000102106  normal  0.30249 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0045  16S ribosomal RNA  88.48 
 
 
1531 bp  1011  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  2.07325e-06  normal  0.0326207 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0064  16S ribosomal RNA  89.83 
 
 
1524 bp  1739  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  1.73327e-06  hitchhiker  1.83849e-06 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0054  16S ribosomal RNA  89.83 
 
 
1524 bp  1739  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000258242  hitchhiker  0.000153267 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0011  16S ribosomal RNA  89.83 
 
 
1524 bp  1739  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000328654  hitchhiker  0.00165858 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0011  16S ribosomal RNA  88.75 
 
 
1517 bp  1606  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.205887  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0058  16S ribosomal RNA  88.75 
 
 
1517 bp  1606  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.355674  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0069  16S ribosomal RNA  88.75 
 
 
1517 bp  1606  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166986  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna078  16S ribosomal RNA  84.66 
 
 
1546 bp  959  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000401471  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna074  16S ribosomal RNA  84.66 
 
 
1546 bp  959  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.20652e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna055  16S ribosomal RNA  84.59 
 
 
1546 bp  938  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0052  16S ribosomal RNA  88.42 
 
 
1525 bp  1067  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00180214  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0016  16S ribosomal RNA  88.42 
 
 
1525 bp  1067  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.70161  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>