More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmz1t_1062 on replicon NC_011662
Organism: Thauera sp. MZ1T



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
283 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  67.96 
 
 
286 aa  394  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  69.72 
 
 
281 aa  390  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  65.38 
 
 
309 aa  374  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  63.35 
 
 
281 aa  371  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  65.14 
 
 
311 aa  373  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0230  RNA polymerase factor sigma-32  64.56 
 
 
309 aa  364  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0249  RNA polymerase factor sigma-32  64.21 
 
 
309 aa  363  2e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  61.84 
 
 
285 aa  361  7.0000000000000005e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0374  RNA polymerase factor sigma-32  64.21 
 
 
306 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.391616  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0547  RNA polymerase factor sigma-32  62.91 
 
 
311 aa  352  5e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.118318  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0731  RNA polymerase factor sigma-32  62.91 
 
 
311 aa  352  5e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0988064  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0563  RNA polymerase factor sigma-32  62.91 
 
 
311 aa  352  5e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2909  RNA polymerase factor sigma-32  62.91 
 
 
311 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0107  RNA polymerase factor sigma-32  62.91 
 
 
311 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.811048  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3138  RNA polymerase factor sigma-32  62.91 
 
 
311 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1481  RNA polymerase factor sigma-32  62.91 
 
 
311 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3171  RNA polymerase sigma-32 factor  60.93 
 
 
319 aa  351  8.999999999999999e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171654  normal  0.223351 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0456  RNA polymerase factor sigma-32  62.91 
 
 
311 aa  349  3e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2733  RNA polymerase factor sigma-32  62.18 
 
 
311 aa  348  4e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.328689  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  62.12 
 
 
313 aa  349  4e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2875  RNA polymerase factor sigma-32  62.18 
 
 
311 aa  348  4e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  62.18 
 
 
311 aa  348  7e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  61.82 
 
 
307 aa  346  3e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2826  RNA polymerase factor sigma-32  61.82 
 
 
311 aa  345  5e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2201  RNA polymerase factor sigma-32  61.82 
 
 
311 aa  345  5e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.66943  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3542  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  60.49 
 
 
313 aa  345  5e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000381173 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2815  RNA polymerase factor sigma-32  61.82 
 
 
311 aa  345  5e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4476  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  61.43 
 
 
313 aa  343  2.9999999999999997e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  61.09 
 
 
311 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  61.09 
 
 
311 aa  342  5e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2845  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  60.82 
 
 
311 aa  339  2e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6145  RNA polymerase factor sigma-32  60.73 
 
 
311 aa  339  4e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1929  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  61.21 
 
 
309 aa  338  5e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3522  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  60.48 
 
 
321 aa  338  5.9999999999999996e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1634  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  60.57 
 
 
307 aa  338  7e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.201615  normal  0.773763 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3894  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  59.73 
 
 
313 aa  338  8e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1692  sigma 32 (RpoH)  59.04 
 
 
313 aa  335  5e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.645597  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1694  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  59.18 
 
 
314 aa  334  1e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0889  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  58.62 
 
 
322 aa  332  4e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0236612  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1256  sigma 32 (RpoH)  59.31 
 
 
322 aa  332  4e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  59.43 
 
 
282 aa  324  9e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  60 
 
 
287 aa  323  2e-87  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  57.79 
 
 
287 aa  319  3e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  57.3 
 
 
283 aa  317  1e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  58.72 
 
 
291 aa  317  1e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0222  RNA polymerase factor sigma-32  57.65 
 
 
285 aa  317  1e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2986  RNA polymerase factor sigma-32  62.69 
 
 
288 aa  316  3e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  55.32 
 
 
285 aa  315  5e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5108  RNA polymerase factor sigma-32  58.91 
 
 
284 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149866  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  55.76 
 
 
285 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0357  RNA polymerase factor sigma-32  58.91 
 
 
284 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108013  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  55.71 
 
 
284 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  51.59 
 
 
285 aa  312  3.9999999999999997e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4981  RNA polymerase factor sigma-32  58.55 
 
 
284 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0356  RNA polymerase factor sigma-32  59.09 
 
 
372 aa  311  5.999999999999999e-84  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000321506  hitchhiker  0.000547654 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5158  RNA polymerase factor sigma-32  58.76 
 
 
284 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900853  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  55.67 
 
 
285 aa  310  2e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  57.97 
 
 
285 aa  310  2e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0136  RNA polymerase factor sigma-32  58.19 
 
 
286 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.27298  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2371  RNA polymerase factor sigma-32  55.76 
 
 
286 aa  309  2.9999999999999997e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115405  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3743  RNA polymerase factor sigma-32  58.48 
 
 
286 aa  308  5e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  54.84 
 
 
289 aa  308  9e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  55.52 
 
 
285 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  55.52 
 
 
285 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  55.52 
 
 
285 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  55.52 
 
 
285 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  58.27 
 
 
285 aa  307  2.0000000000000002e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0227  RNA polymerase factor sigma-32  58.33 
 
 
287 aa  306  2.0000000000000002e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0140317  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  55.52 
 
 
285 aa  306  3e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  55.52 
 
 
285 aa  306  3e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  55.52 
 
 
285 aa  306  3e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  55.52 
 
 
285 aa  306  3e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  55.16 
 
 
285 aa  306  3e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4748  RNA polymerase factor sigma-32  57.45 
 
 
284 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294089  normal  0.0445386 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0207  RNA polymerase factor sigma-32  58.33 
 
 
341 aa  306  4.0000000000000004e-82  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00507389  hitchhiker  0.000595744 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  57.76 
 
 
288 aa  305  4.0000000000000004e-82  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5334  RNA polymerase factor sigma-32  57.45 
 
 
284 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.020248  normal  0.458128 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  57.4 
 
 
288 aa  305  5.0000000000000004e-82  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0430  RNA polymerase sigma-32 factor  57.45 
 
 
284 aa  305  7e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  57.52 
 
 
285 aa  304  9.000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  54.32 
 
 
277 aa  303  2.0000000000000002e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0278  RNA polymerase factor sigma-32  54.09 
 
 
285 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000247348  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  52.86 
 
 
286 aa  300  2e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  54.1 
 
 
280 aa  300  2e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4172  RNA polymerase factor sigma-32  58.18 
 
 
284 aa  300  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00647174  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2113  RNA polymerase factor sigma-32  55.21 
 
 
288 aa  298  7e-80  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3594  RNA polymerase factor sigma-32  55.93 
 
 
284 aa  297  1e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000215308  normal  0.0848762 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0210  RNA polymerase factor sigma-32  55.21 
 
 
288 aa  297  1e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000219279  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48070  RNA polymerase factor sigma-32  56.58 
 
 
284 aa  296  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.254094  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0471  RNA polymerase factor sigma-32  57.45 
 
 
284 aa  296  4e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60439  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04930  RNA polymerase factor sigma-32  57.45 
 
 
284 aa  296  4e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.119593  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4062  RNA polymerase factor sigma-32  52.33 
 
 
285 aa  294  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2991  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  57.35 
 
 
281 aa  292  4e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.965699  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3874  RNA polymerase factor sigma-32  52.33 
 
 
285 aa  291  6e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.81201  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0626  RNA polymerase sigma-32 factor RpoH  57.46 
 
 
283 aa  289  4e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148614  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0167  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  55.4 
 
 
289 aa  289  4e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0254  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  52.16 
 
 
284 aa  288  6e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3744  RNA polymerase factor sigma-32  52.16 
 
 
284 aa  288  6e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3660  RNA polymerase factor sigma-32  52.16 
 
 
284 aa  288  6e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>