More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_R0043 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_R0043  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000118909  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0024  tRNA-Tyr  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000291994  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0010  tRNA-Tyr  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000367926  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0013  tRNA-Tyr  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000223303  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0013  tRNA-Tyr  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000469327  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  92.31 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  97.78 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0047  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.460212  normal  0.496186 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0020  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0051  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0589159  unclonable  6.439e-24 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0047  tRNA-Tyr  88 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000137446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0015  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0008  tRNA-Tyr  87.18 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  87.18 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNATyrVIMSS1309080  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNATyrVIMSS1309112  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.722386  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNATyrVIMSS1309156  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  89.55 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  89.55 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0047  tRNA-Tyr  88.73 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0023  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000432297  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0006  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0090  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000426682  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0021  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0045  tRNA-Tyr  85.71 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000011189  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0013  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0046  tRNA-Tyr  95 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0043  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0008  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 82 bp  63.9  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0083  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000525158  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0044  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.760185  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0002  tRNA-Tyr  97.22 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0052  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.573549  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0054  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4549  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000121072 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5442  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000118281  hitchhiker  0.000431346 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0009  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0028  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0846245 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0006  tRNA-Tyr  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000152746  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0035  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.851315 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0042  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0005  tRNA-Tyr  97.14 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.434844  hitchhiker  0.00676871 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  85.9 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0022  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0313146  normal  0.1141 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna127  tRNA-Tyr  85.9 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000596133  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0010  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000473639  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2436  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2438  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNATyrVIMSS1309353  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna049  tRNA-Tyr  85.9 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000729989  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna126  tRNA-Tyr  85.9 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000620596  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna128  tRNA-Tyr  85.9 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000522671  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNATyrVIMSS1309201  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0854141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNATyrVIMSS1309298  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0675624 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0034  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0365863  normal  0.384153 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0068  tRNA-Tyr  97.14 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0004  tRNA-Tyr  97.06 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000171597  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0054  tRNA-Tyr  86.96 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.593906  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0035  tRNA-Tyr  87.14 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000283862  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0012  tRNA-Tyr  86.96 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0560  tRNA-Tyr  94.74 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000480165  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0002  tRNA-Tyr  88.41 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0003  tRNA-Tyr  88.41 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01440  tRNA-Tyr  86.96 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0015  tRNA-Tyr  87.14 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216156  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01442  tRNA-Tyr  86.96 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01441  tRNA-Tyr  86.96 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00236  tRNA-Tyr  86.96 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01443  tRNA-Tyr  86.96 
 
 		 82 bp  60  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0060  tRNA-Tyr  86.96 
 
 		 83 bp  58  0.0000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0007  tRNA-Tyr  100 
 
 		 83 bp  58  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0265739 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0033  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.392734 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0029  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0038  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 82 bp  58  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.105251 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>