260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_R0010 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_R0010  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0037  tRNA-His  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.28441  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0023  tRNA-His  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000017569  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0023  tRNA-His  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000859824  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tHis01  tRNA-His  86.84 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000397081  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-His-1  tRNA-His  89.29 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000011209  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0024  tRNA-His  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.77166  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-His-1  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0505753  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0033  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000111459  hitchhiker  0.00510408 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0048  tRNA-Lys  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00154367  hitchhiker  0.0000000000357409 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0021  tRNA-His  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000695669 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0193  tRNA-Asn  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0018  tRNA-His  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.898186  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4162  tRNA-His  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244422  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00068  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000377895  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0123  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000064572  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0106  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.83328e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4212  tRNA-His  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000802937  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3788  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.99066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4649  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.241852  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4162  tRNA-His  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000163732  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0487  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.112524  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4261  tRNA-His  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00000854975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4711  tRNA-His  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.57467e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4158  tRNA-His  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000071707  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5231  tRNA-His  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000873931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4320  tRNA-His  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000321516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4143  tRNA-His  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000628475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5088  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000459439  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2558  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000105992  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2560  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615036  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14020  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0008  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0196539  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0016  tRNA-Lys  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.27479e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000321021  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0038  tRNA-His  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.650606  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0027  tRNA-Lys  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000236545  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0055  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000025235  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0002  tRNA-His  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.07426 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0053  tRNA-Lys  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.404904  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0016  tRNA-Lys  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000347926  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0015  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.176699  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0014  tRNA-Lys  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.4767600000000005e-29 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0082  tRNA-His  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000305827  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0011  tRNA-His  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0034  tRNA-His  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000064346  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06590  tRNA-His  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.435394 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00060  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0512928  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00072  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00919512  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0005  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00430225  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0076  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000601074  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t37  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295961  normal  0.0193801 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t39  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.304224  normal  0.0192594 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t41  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0706595  normal  0.0191352 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0346  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3906  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t004  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t063  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t095  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0038  tRNA-His  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0035  tRNA-His  85 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000246336  normal  0.0312371 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0002  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00133969  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0017  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0175356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0024  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.022651  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0082  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000141223  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0009  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000331872  normal  0.306257 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0009  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.441626  hitchhiker  0.00992497 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0022  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000187329  normal  0.052619 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0073  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0105913  normal  0.127939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0009  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00140514  normal  0.720887 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0071  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000469836  normal  0.108632 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0134  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000329737  normal  0.0145655 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0006  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0023212  hitchhiker  0.00319916 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0024  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000443957  unclonable  0.00000686591 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0052  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0311944  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0008  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00058082  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0018  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000122806  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0057  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0125445  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0096  tRNA-His  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000270279  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0066  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000458923  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0071  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.735221 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0073  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0075  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.555179 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0053  tRNA-His  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0028  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0031  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0034  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0039  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0042  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0045  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0032  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0035  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>