190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1157 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  100 
 
 
189 aa  381  1e-105  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  58.51 
 
 
190 aa  251  3e-66  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  56.76 
 
 
187 aa  216  2e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  55.68 
 
 
187 aa  214  8e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  42.7 
 
 
202 aa  164  5e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  38.83 
 
 
183 aa  96.7  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  32.77 
 
 
184 aa  95.1  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  26.6 
 
 
193 aa  93.6  2e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  31.07 
 
 
184 aa  87.4  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  31.67 
 
 
184 aa  81.3  0.000000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  27.66 
 
 
193 aa  80.9  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  29.32 
 
 
195 aa  79.7  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  30.89 
 
 
188 aa  80.1  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 
186 aa  79.7  0.00000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  30.11 
 
 
189 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.308422 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  30.43 
 
 
194 aa  78.2  0.00000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 
192 aa  78.2  0.00000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  29.67 
 
 
179 aa  78.2  0.00000000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  29.94 
 
 
185 aa  77.4  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  32.79 
 
 
194 aa  77.4  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  32.79 
 
 
187 aa  77  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  29.95 
 
 
186 aa  75.9  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  32.42 
 
 
187 aa  75.5  0.0000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  28.8 
 
 
180 aa  75.5  0.0000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  29.03 
 
 
184 aa  75.5  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  32.98 
 
 
181 aa  75.9  0.0000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  32.04 
 
 
186 aa  74.3  0.0000000000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  29.73 
 
 
183 aa  73.9  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  26.46 
 
 
193 aa  73.9  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  30.56 
 
 
190 aa  73.2  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  28.34 
 
 
190 aa  72.4  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  26.46 
 
 
200 aa  72.8  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 
186 aa  72.4  0.000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  30.34 
 
 
184 aa  71.6  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  28.96 
 
 
183 aa  70.9  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 
189 aa  70.1  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  29.61 
 
 
189 aa  70.1  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  34.59 
 
 
187 aa  69.3  0.00000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  25.79 
 
 
201 aa  69.3  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 
174 aa  68.9  0.00000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  25 
 
 
193 aa  68.6  0.00000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0679  2'-5' RNA ligase  28.48 
 
 
192 aa  68.6  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  26.52 
 
 
184 aa  68.2  0.00000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  26.52 
 
 
184 aa  68.2  0.00000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  28.26 
 
 
181 aa  67.8  0.00000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  29.53 
 
 
183 aa  67.4  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  31.15 
 
 
180 aa  67.4  0.0000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  30.37 
 
 
184 aa  66.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  27.27 
 
 
185 aa  66.6  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  29.84 
 
 
184 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  29.94 
 
 
182 aa  66.2  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 
179 aa  65.9  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  28.65 
 
 
174 aa  65.5  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  30.3 
 
 
195 aa  65.1  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  28.65 
 
 
199 aa  64.7  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  26.63 
 
 
179 aa  63.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  28.47 
 
 
183 aa  63.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19240  2'-5' RNA ligase  27.68 
 
 
174 aa  63.9  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0390929 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  28.81 
 
 
182 aa  64.3  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  25.82 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  27.32 
 
 
174 aa  63.5  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0184  2',5' RNA ligase  26.52 
 
 
185 aa  62.8  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  29.19 
 
 
171 aa  62.8  0.000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1707  2'-5' RNA ligase  25.27 
 
 
183 aa  62.8  0.000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.553995  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  32.84 
 
 
176 aa  62.8  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  30.39 
 
 
171 aa  62.4  0.000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  27.92 
 
 
182 aa  62  0.000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4838  putative 2'-5' RNA ligase family protein  25.53 
 
 
181 aa  62  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  28.49 
 
 
178 aa  61.6  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  27.37 
 
 
179 aa  61.6  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4598  2'-5' RNA ligase family protein  26.26 
 
 
181 aa  61.2  0.000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  26.26 
 
 
181 aa  61.2  0.000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  26.26 
 
 
181 aa  61.2  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  26.26 
 
 
181 aa  61.2  0.000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  30.08 
 
 
190 aa  60.5  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  26.26 
 
 
181 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  29.1 
 
 
189 aa  60.1  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  27.93 
 
 
188 aa  58.9  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  28.02 
 
 
180 aa  58.9  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  26.22 
 
 
181 aa  58.9  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  28.09 
 
 
179 aa  58.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  26.7 
 
 
178 aa  58.9  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  25 
 
 
188 aa  58.9  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  27.37 
 
 
184 aa  58.5  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  31.94 
 
 
194 aa  58.9  0.00000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  27.27 
 
 
178 aa  58.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 
197 aa  58.2  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 
197 aa  58.2  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  30.94 
 
 
176 aa  58.2  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  29.22 
 
 
193 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  26.82 
 
 
178 aa  57.4  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  28.1 
 
 
186 aa  57.4  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  27.84 
 
 
178 aa  56.6  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1659  2'-5' RNA ligase  23.63 
 
 
192 aa  57  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000321406  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  31.13 
 
 
196 aa  56.2  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  25.13 
 
 
194 aa  56.2  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  30.43 
 
 
179 aa  56.2  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  27.12 
 
 
177 aa  55.8  0.0000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  31.13 
 
 
196 aa  56.2  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0857  2'-5' RNA ligase  28.38 
 
 
172 aa  55.8  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.358243  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>