96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_1021 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_1021  PHA accumulation regulator DNA-binding protein  100 
 
 
160 aa  310  4e-84  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1324  PHA accumulation regulator DNA-binding protein  75 
 
 
158 aa  240  5e-63  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0064  PHA accumulation regulator DNA-binding protein  50 
 
 
175 aa  59.7  2e-08  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.603944 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2163  PHA accumulation regulator DNA-binding protein  30.06 
 
 
169 aa  56.6  1e-07  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.520708  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0934  PHA accumulation regulator DNA-binding-like  22.22 
 
 
236 aa  55.5  3e-07  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.462024  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1143  PHA accumulation regulator DNA-binding protein  30.56 
 
 
168 aa  54.7  6e-07  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0916  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  35 
 
 
186 aa  54.3  6e-07  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.632682  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1197  PHA accumulation regulator DNA-binding protein  39.29 
 
 
169 aa  54.3  6e-07  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0298431  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1613  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  42.86 
 
 
186 aa  54.7  6e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.504413  normal  0.897508 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0991  PHA accumulation regulator DNA-binding protein  22.22 
 
 
210 aa  54.3  7e-07  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.454717  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0476  PHA accumulation regulator DNA-binding protein  53.19 
 
 
283 aa  54.3  7e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.856716 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0994  PHA accumulation regulator DNA-binding protein  22.22 
 
 
211 aa  54.3  8e-07  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00456314  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0975  PHA accumulation regulator DNA-binding protein  21.59 
 
 
199 aa  52.8  2e-06  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.227988  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0630  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  21.64 
 
 
186 aa  50.8  7e-06  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.893845 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0960  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  25.25 
 
 
195 aa  50.1  1e-05  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00987711  normal  0.327714 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1516  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  48 
 
 
173 aa  50.1  1e-05  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.064215  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1597  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  30.22 
 
 
179 aa  49.3  2e-05  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1119  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  26.26 
 
 
179 aa  49.3  2e-05  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.403474  normal  0.129361 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2034  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  40.38 
 
 
184 aa  48.9  3e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.768359  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0856  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  26.26 
 
 
184 aa  48.9  3e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4151  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  48.98 
 
 
190 aa  48.9  3e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.955639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3109  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  50 
 
 
212 aa  48.9  3e-05  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0380  hypothetical protein  40.38 
 
 
184 aa  48.9  3e-05  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0351  PHA accumulation regulator DNA-binding-like  42.86 
 
 
181 aa  48.5  3e-05  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.583326  normal  0.398285 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2995  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  50 
 
 
198 aa  48.5  3e-05  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.916035 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3823  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  48.98 
 
 
190 aa  48.9  3e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3687  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  47.92 
 
 
203 aa  48.5  4e-05  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1841  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  27.37 
 
 
185 aa  48.5  4e-05  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.126863  normal  0.68112 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3121  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  32.97 
 
 
197 aa  48.1  4e-05  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.961467  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1812  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  49.06 
 
 
188 aa  48.1  5e-05  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.352232 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1898  PHA accumulation regulator DNA-binding protein  39.22 
 
 
270 aa  48.1  5e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.771314  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1788  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  49.06 
 
 
188 aa  48.1  5e-05  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2385  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  46.94 
 
 
202 aa  48.1  5e-05  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.311987 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1699  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  49.06 
 
 
188 aa  48.1  5e-05  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6291  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  49.06 
 
 
188 aa  48.1  5e-05  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.789599  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1726  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  49.06 
 
 
188 aa  48.1  5e-05  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270477  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4343  hypothetical protein  48.98 
 
 
191 aa  47.8  6e-05  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1584  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  47.17 
 
 
184 aa  47.8  7e-05  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12068  normal  0.0154417 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1913  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  47.17 
 
 
184 aa  47.8  7e-05  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.120946  normal  0.0488571 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0972  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  50.94 
 
 
192 aa  47.8  7e-05  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.472127  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2495  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  31.58 
 
 
189 aa  47.8  7e-05  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.756407  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2340  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  50.94 
 
 
209 aa  47.8  7e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00453819  normal  0.0800739 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3148  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  31.58 
 
 
189 aa  47.8  7e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.343006  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3059  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  47.92 
 
 
197 aa  47.8  7e-05  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.256849  normal  0.0674373 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1846  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  50.94 
 
 
209 aa  47.4  8e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.829425  normal  0.0981596 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1350  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  47.17 
 
 
183 aa  47.4  9e-05  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1486  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  49.06 
 
 
188 aa  47.4  9e-05  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.106631  normal  0.0507461 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1634  hypothetical protein  47.17 
 
 
184 aa  47.4  9e-05  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.374685 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0428  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  47.92 
 
 
205 aa  47  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.233498 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1229  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  47.92 
 
 
177 aa  46.6  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0791822  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0531  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  47.92 
 
 
196 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0908  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  42.59 
 
 
151 aa  46.6  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1359  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  47.17 
 
 
183 aa  47  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0088  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  49.06 
 
 
190 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0925  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  29.63 
 
 
186 aa  47  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.647369  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2200  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  49.06 
 
 
190 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161647  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2163  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  49.06 
 
 
190 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.270361  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1319  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  49.06 
 
 
190 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.054545  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1167  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  38.64 
 
 
157 aa  47  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.787915  normal  0.108151 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23680  polyhydroxyalkanoate synthesis regulator  50 
 
 
174 aa  46.6  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  1.98631e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1808  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  49.06 
 
 
190 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0420746  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3118  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  48.98 
 
 
192 aa  47  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2328  hypothetical protein  49.06 
 
 
190 aa  46.6  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32321  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1079  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  49.06 
 
 
190 aa  46.6  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.928735  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0307  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  47.92 
 
 
202 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.724282  normal  0.278491 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0503  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  47.92 
 
 
212 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0209357 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5117  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  44.9 
 
 
198 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.681232 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5089  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  47.17 
 
 
188 aa  46.2  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.76788  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0510  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  47.92 
 
 
202 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2258  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  49.06 
 
 
234 aa  46.2  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00494805  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3666  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  44.9 
 
 
202 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.29385  normal  0.295873 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7615  putative polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR-like protein  47.92 
 
 
197 aa  45.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.572467  normal  0.167398 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2230  putative polyhydroxyalkonate synthesis repressor  36.54 
 
 
186 aa  45.4  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5279  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  44.9 
 
 
199 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5918  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  44.9 
 
 
202 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.847004  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0605  hypothetical protein  45.28 
 
 
132 aa  44.7  0.0005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3776  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  44.9 
 
 
203 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3067  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  44.9 
 
 
218 aa  44.7  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00103441  hitchhiker  0.00858929 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2866  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  43.4 
 
 
179 aa  44.7  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0893299  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0622  hypothetical protein  45.28 
 
 
132 aa  44.7  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3468  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  44.9 
 
 
203 aa  44.7  0.0006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  0.82296 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1951  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  46.94 
 
 
189 aa  44.3  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1974  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  43.4 
 
 
177 aa  43.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  2.24748e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2252  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  40.82 
 
 
197 aa  43.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.958398  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2751  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  41.51 
 
 
181 aa  43.1  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.577074  normal  0.556604 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1613  hypothetical protein  39.68 
 
 
195 aa  43.1  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.647779  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1572  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  42.86 
 
 
206 aa  42.7  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.291766  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3373  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  42.86 
 
 
203 aa  42.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3231  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  30.7 
 
 
177 aa  42.4  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.431872  normal  0.149923 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0276  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  42.86 
 
 
201 aa  42  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0703624  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00407  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  38.89 
 
 
213 aa  42.4  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.556278  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1900  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  38.89 
 
 
195 aa  41.6  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0266708 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2487  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  44.44 
 
 
177 aa  41.6  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2589  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  29.67 
 
 
198 aa  41.6  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.696628  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2206  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  31.63 
 
 
176 aa  40.8  0.008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  4.32262e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4516  polyhydroxyalkonate synthesis repressor, PhaR  40.82 
 
 
226 aa  40.4  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.60729 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>