More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0937 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  100 
 
 		 244 aa  501  1e-141  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  69.8 
 
 		 245 aa  368  1e-101  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  67.35 
 
 		 245 aa  356  1.9999999999999998e-97  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  65.45 
 
 		 246 aa  328  5.0000000000000004e-89  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  57.14 
 
 		 245 aa  288  5.0000000000000004e-77  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  46.75 
 
 		 248 aa  209  3e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 245 aa  207  1e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 252 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 252 aa  194  1e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 252 aa  194  1e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 252 aa  194  1e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 247 aa  194  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 247 aa  192  4e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 247 aa  192  4e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 247 aa  192  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 247 aa  192  4e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 244 aa  192  4e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 252 aa  192  5e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 247 aa  186  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  43.32 
 
 		 258 aa  186  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  41.56 
 
 		 252 aa  186  4e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 248 aa  179  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  42 
 
 		 249 aa  180  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  44.18 
 
 		 256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 259 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 248 aa  179  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 244 aa  175  5e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 250 aa  175  7e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 244 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 256 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  37.2 
 
 		 244 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 245 aa  171  7.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 		 270 aa  171  1e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  42.68 
 
 		 246 aa  170  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  42.68 
 
 		 246 aa  170  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  41.46 
 
 		 247 aa  170  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  41.67 
 
 		 246 aa  170  2e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 264 aa  170  2e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 258 aa  169  4e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 247 aa  169  4e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.55 
 
 		 278 aa  169  5e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 264 aa  168  6e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 262 aa  168  9e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 273 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 245 aa  167  1e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 245 aa  166  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 261 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 278 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 264 aa  166  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 244 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 261 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  39.68 
 
 		 278 aa  163  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 245 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 249 aa  162  5.0000000000000005e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 260 aa  161  7e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  42 
 
 		 252 aa  161  7e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 247 aa  161  7e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 245 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 259 aa  161  8.000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 255 aa  161  8.000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 264 aa  161  9e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  41.43 
 
 		 255 aa  161  9e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 247 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 268 aa  160  2e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 255 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 245 aa  159  3e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 255 aa  159  3e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 250 aa  159  3e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 265 aa  159  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 244 aa  159  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 245 aa  159  4e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 245 aa  159  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 245 aa  159  4e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 		 255 aa  159  4e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.31 
 
 		 270 aa  159  5e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 262 aa  159  5e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 259 aa  159  5e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 245 aa  159  5e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 255 aa  158  6e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 253 aa  158  6e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>